两个菜心CBL基因的克隆、生物信息学分析及其表达特性分析.pdf
《两个菜心CBL基因的克隆、生物信息学分析及其表达特性分析.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《两个菜心CBL基因的克隆、生物信息学分析及其表达特性分析.pdf(9页珍藏版)》请在咨信网上搜索。
1、 山 东 农 业 科 学():./.收稿日期:基金项目:国家自然科学基金项目()广东省自然科学基金项目()韶关市科技攻关项目()韶关学院博士科研启动项目()作者简介:朱云娜()女博士讲师主要从事蔬菜生理与分子生物学研究工作:.通信作者:刘建国()男博士研究生助理实验师主要从事园艺生理生态研究工作:.两个菜心 基因的克隆、生物信息学分析及其表达特性分析朱云娜符质冯慧敏王斌沈雪晴汤婉君刘建国(.广东省粤北食药资源利用与保护重点实验室广东 韶关.韶关学院英东生物与农业学院广东 韶关)摘要:本研究以油绿 菜心(.)为材料采用同源克隆方法对其、基因进行克隆运用 和 软件对其编码蛋白序列进行同源性分析和系
2、统进化分析并利用 技术分析二者在菜心组织中及不同氮素形态条件下的表达模式 结果表明:菜心、基因的 全长均为 编码 个氨基酸分别命名为 和 具有 蛋白结合 所必需的 型结构域()、编码的氨基酸序列与拟南芥()、大白菜()等物种的同源性均达 以上二者分别与大白菜的、遗传距离最近并与拟南芥、共同聚类为一支 和 在菜心各组织器官中均有表达前者在菜心叶片中表达水平较高后者在菜心荚果等组织中表达水平较高两者表达受氮素形态及水平影响前者在低浓度 或 处理后上调表达后者表达随 浓度增加而上调表达 该研究结果可为进一步研究菜心 和 在氮素吸收利用过程中的功能及其调控机制提供一定理论基础关键词:菜心氮素形态类钙调
3、磷酸酶 亚基蛋白基因克隆生物信息学分析表达分析中图分类号:.:文献标识号:文章编号:()(.)(.).().钙作为第二信使在植物信号转导中具有重要调控作用 钙调蛋白()、类钙调蛋白()、类钙调磷酸酶 亚基蛋白()和钙依赖型蛋白激酶()是植物体内常见的钙感受器种类 除 中含有蛋白激酶结构域外其他 个钙感受器都不含激酶结构域必须与靶蛋白结合形成复合体才能传递钙信号 起源于绿藻和苔藓现广泛存在于被子植物和裸子植物中是一种古老的钙感受器具有典型的结合 结构域 手臂()类钙调磷酸酶 亚基蛋白激酶()是 特异结合的蛋白激酶通过形成 复合体参与调控植物生长发育和非生物胁迫响应 不同植物 成员数量不同拟南芥、
4、烟草、黄瓜、大白菜中分别有、个 成员植物 参与种子发芽、花粉管萌发等生长发育过程也参与响应高盐、低温、干旱等逆境胁迫 在调控矿质营养转运蛋白方面具有重要作用 低钾胁迫下/可将 定位到质膜使其通过磷酸化激活钾离子通道蛋白()从而增加拟南芥细胞对的吸收 近年来的研究表明水稻早期氮响应因子在蛋白质磷酸化等方面富集而氮转运蛋白活性也依赖于外界氮信号所触发的磷酸化因此蛋白磷酸化在氮信号传导、氮代谢方面发挥重要作用 如:复合体通过调控氮转运蛋白磷酸化水平调控拟南芥氮信号通路/通过磷酸化修饰调控拟南芥硝态氮转运蛋白(.)亲和性的转变以适应不同浓度硝酸盐()条 件 下 对 的 吸 收 在 高 铵()胁迫下 可
5、调控铵态氮转运蛋白().和.的磷酸化使其失去活性避免吸收过量 我们最近研究发现菜心铵转运蛋白 可与 互作菜心 表达受氮素水平和氮素形态的影响(待发表)不同 可能参与同一种非生物胁迫相同 可能参与不同非生物胁迫响应 为此本文选择可与 互作的、为研究对象采用同源克隆法获得菜心 和 的全长序列并分析其生物学特性、组织表达特性以及对不同氮素形态的响应以期为提高菜心氮素吸收利用的作用机理研究提供一定的理论支撑 材料与方法.试验材料及样品处理供试菜心(.)品种为油绿(由广州市农业科学研究院选育)于 年 月在广东省韶关市韶关学院英东生物与农业学院生态园玻璃温室内培养 将菜心种子用.的 消毒 用无菌水清洗 次
6、然后播种于海绵块上进行育苗待幼苗长至三叶一心时移植到改良霍格兰营养液中进行培养 之后根据不同 山 东 农 业 科 学 第 卷试验要求进行处理、取样.基因表达组织特异性分析的样品采集菜心幼苗移栽后生长 待角果结荚后分别取根、茎、叶、花、叶柄、荚果、花蕾、薹茎等组织样品用于基因表达的组织特异性分析 每个样品设 个生物学重复每重复取 株液氮速冻后保存在冰箱中备用.不同水平氮素处理试验的样品处理菜心移苗后在 个剂量的改良霍格兰营养液中培养 取出用蒸馏水冲洗根部然后转移到缺氮营养液中再培养 将菜心苗分苗移栽到、/营养液中处理 分别对叶片和根系进行取样每个样品设 个生物学重复每重复取 株液氮速冻后置于冰箱
7、保存备用.总 提取及 合成采用 植物总 提取试剂盒普洛麦格(北京)生物技术有限公司 提取总采用 试剂盒宝生物工程(大连)有限公司反转录合成.菜心 基因克隆在 数据库(:/./.)查找拟南芥()、的基因序列然后在大白菜()基因组进行 比对得到与其同源性最高的 (.)、(.)基因序列 菜心是大白菜的一个 变 种 亲 缘 关 系 较 近 因 此 根 据 大 白 菜、基因序列设计同源引物用于克隆菜心相应的基因 利用 .软件设计引物引物序列见表 设置 反应体系:模板链 上下游引物各 加 补充至 反应程序:预变性 个循环延伸 回收扩增产物连接到 载体并转化大肠杆菌 感受态细胞将经 鉴定的阳性克隆送广州擎科
8、生物技术有限公司测序.生物信息学分析利用表 所列软件对菜心、基因编码蛋白及其氨基酸序列进行分析 表 所用引物及其序列引物序列()用途:基因克隆:荧光定量:荧光定量 内参 表 所用软件及其网址软件网址用途:/./蛋白质理化特性分析:/./蛋白疏水性分析.:/./.:/./.?蛋白亚细胞定位 .:/./.?.蛋白质跨膜结构分析.:/./磷酸化位点分析.:/./.?.蛋白质信号肽预测:/./蛋白质二级结构分析:/./蛋白质三维结构预测:/./保守结构域分析:/./蛋白互作分析.基因表达量的 分析按照.中的方法提取菜心样品的 并反转录为 样品用 稀释 倍后作为模板利用 进行荧光定量 分析 扩增体系:/
9、上下游引物各.模板 用 补充到.扩增程序:预变性 循环 次 以 和 为内参基因用 计算基因相对表达量.数据统计分析与作图用 整理数据用.进行统计分析用 法进行显著性分析用 .作图 结果与分析.菜心、基因的克隆以菜心叶片 为模板用、第 期 朱云娜等:两个菜心 基因的克隆、生物信息学分析及其表达特性分析 和、引物进行 扩增均获得约 的基因片段(图)经测序克隆得到的基因片段长度均为 通过 在线比对菜心 基因片段与拟南芥的(.)、甘蓝型油菜()的(.)、大白菜的(.)的核苷酸序列同源性分别为.、.、.而菜心 基因片段与 (.)、(.)、(.)的核苷酸序列同源性分别为.、.、.初步表明所克隆的两个基因片
10、段分别为菜心、基因序列 将这两个基因分别命名为、:基因扩增条带:基因扩增条带图 菜心、基因的 扩增图谱.、的氨基酸序列分析利 用 和 对、编码蛋白序列进行分析结果显示 编码 个氨基酸分子量为.原子组成为 理论等电点()为.平均疏水率为.脂肪酸系数为.不稳定系数为.编码 个氨基酸分子量为.原子组成为 为.平均疏水率为.脂肪酸系数为.不稳定系数为.、均为可溶性亲水蛋白 通过 .预测分析发现二者均无信号肽序列为非分泌型蛋白、均有多个丝氨酸磷酸位点()和苏氨酸磷酸位点()利用.和.预测、亚细胞定位均定位于细胞膜上 .分析结果表明二者均无跨膜结构.和 的二、三级结构分析运用 的 对、蛋白的二级结构进行预
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 两个 菜心 CBL 基因 克隆 生物 信息学 分析 及其 表达 特性
1、咨信平台为文档C2C交易模式,即用户上传的文档直接被用户下载,收益归上传人(含作者)所有;本站仅是提供信息存储空间和展示预览,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿,我们不确定上传用户享有完全著作权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果侵犯了您的版权、权益或隐私,请联系我们,核实后会尽快下架及时删除,并可随时和客服了解处理情况,尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据,平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺,下载前须认真查看,确认无误后再购买,务必慎重购买;若有违法违纪将进行移交司法处理,若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传,付费前请自行鉴别,如您付费,意味着您已接受本站规则且自行承担风险,本站不进行额外附加服务,虚拟产品一经售出概不退款(未进行购买下载可退充值款),文档一经付费(服务费)、不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印,是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已,我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改,文档下载后都不会有水印标识(原文档上传前个别存留的除外),下载后原文更清晰;试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓;PPT和DOC文档可被视为“模板”,允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容;PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得,本站不作要求视为允许,下载前自行私信或留言给上传者【自信****多点】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用;网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽--等)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题,请及时私信或留言给本站上传会员【自信****多点】,需本站解决可联系【 微信客服】、【 QQ客服】,若有其他问题请点击或扫码反馈【 服务填表】;文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“【 版权申诉】”(推荐),意见反馈和侵权处理邮箱:1219186828@qq.com;也可以拔打客服电话:4008-655-100;投诉/维权电话:4009-655-100。