乳腺癌中LAMC2表达及临床意义的生物信息学分析.pdf
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1、书书书论著乳腺癌中 表达及临床意义的生物信息学分析赵硕,张庆雪,李靖若(郑州大学第一附属医院 乳腺外科,河南 郑州 )通信作者:李靖若,:摘要:目的探讨层粘连蛋白亚基 ()基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法通过 、数据库分析乳腺癌中 的表达及其与临床病理、免疫细胞和肿瘤干细胞的关系。通过 数据库分析 表达与乳腺癌患者预后的关系。结果 在乳腺癌患者中表达下调,在 型、过表达型及淋巴结 的患者中表达更低();表达水平和乳腺癌微环境中 细胞浸润水平及干细胞标志物 、的表达水平呈正相关,与 细胞、树突状细胞、中性粒细胞浸润水平呈负相关();低表达的乳腺癌患者总生存期更短,且 低表达的 型、组织学级、
2、级和淋巴结未转移患者的预后更差;在肿瘤微环境 细胞浸润减少型、细胞减少型、富含巨噬细胞型或巨噬细胞减少型中,低表达患者预后更差。结论 在乳腺癌患者中表达下调且与不良预后有关,可以作为乳腺癌患者预后评估及指导治疗的潜在分子标志物。关键词:乳腺癌;层粘连蛋白亚基 ;数据库分析;预后中图分类号:,(,):(),(),(),:;乳腺癌是常见的癌症,约占女性癌症的 。乳腺癌具有异质性,根据激素受体、人表皮生长因子受体 (,)和 的状态可以分为 种亚型,不同分型乳腺癌的治疗方案不同,遵循个体化治疗原则 。随着乳腺癌综合治疗的完善,乳腺癌患者的生存率已经逐年提高。但是仍有部分患者对化疗、免疫治疗存在耐药且部
3、分年轻患者出现早期转移 。因此,挖掘新型生物标志物对乳腺癌早期诊断、靶向治疗及预后评估有着重要的临床意义。层粘连蛋白亚基 (,)基因编码层粘连蛋白(,)链,位于人类染色体 上,是 蛋白的重要组成成分。参与组成基底膜,对细胞分化和运动、维持组织表型和促进组织存活起重要作用 。已有研究表明 在肺腺癌、食管鳞状细胞癌和肝癌等肿瘤中表达异常 。等 发现 在良性乳腺上皮基底膜中连续性表达,在浸润性乳腺癌中河南医学研究 年 月第 卷第 期 ,表达缺失。本文将通过生物信息学分析进一步挖掘 在乳腺癌中的表达及临床意义,为研究 基因在乳腺癌发生中的作用机制及潜在价值提供线索。资料与方法 数据库 数据库(:)是对
4、来源于 和 数据库中的肿瘤和正常样本数据进行在线分析及可视化的工具。本研究利用 工具中“”的“”功能,探索目标基因 在乳腺癌和正常乳腺组织中的表达差异,设置条件:选择“”,为“”,为“”,正常样本选择 以及 数据库。利用 工具中“”的“”功能,探索 和肿瘤干细胞标志物 、之间的关系,设 置 条 件:为“”,为“”。数据库 数据库(:)用来补充验证 在乳腺癌中不同淋巴结转移状态、不同分期、不同分子分型中的表达差异,并探究 表达与基因甲基化水平的关系。设置筛选条件:()为“”;()为“”;()为“”;()为“”。数据库 数据库网址为 :。通过深度测序转录和免疫组织化学,提供了包含 个组织和 个细胞
5、系的 和蛋白质水平的基因表达数据,提供了蛋白质在每个组织和器官的亚细胞中的定位。本研究在 数据库中输入目的蛋白 ,在“”“”和“”个模块处分别获取 蛋白在正常乳腺组织、乳腺癌组织中的免疫组织化学图片及亚细胞定位。数据库 数据库(:)提供对肿瘤浸润性免疫细胞的全面分析和可视化功能。本研究用 数据库中的“”和“”模块,探索 基因的表达及突变状态和乳腺癌肿瘤微环境中的 种免疫细胞(细胞、细胞、细胞、巨噬细胞、树突状细胞、中性粒细胞)浸润的关系。数据库 数据库(:)是一种可以分析基因与癌症患者预后关系的在线分析工具,其数据来源于 、和 数据库。本研究首先选择 中的“”,设置条件:为“()”,为“”,选
6、择“”为最佳截断值,根据目标表达量将乳腺癌患者分为高低表达两组,分别选择不同的临床病理参数(分子分型、组织学分级、淋巴结状态),对其进行总生存期分析。其次选择“”中的“”,设置条件:为“”,选择“”,选择不同的免疫细胞状态对其进行总生存期分析。获得生存曲线风险比(,)、可信区间(,)和 值。统计学方法两组数据间的比较,若数据服从正态分布,使用独立样本比 检验,若不服从正态分布,则使用 检验。数据库中,使用 秩相关分析探索 基因表达量及突变状态与免疫细胞浸润水平的关系;工具中 基因的表达与乳腺癌患者预后关系的生存曲线采用 法绘制,并使用 检验对两组生存曲线进行比较。为差异有统计学意义。结果 基因
7、相对表达量与正常组织相比,在乳腺癌组织中表达下调,差异有统计学意义()(图 、)。进一步分析乳腺癌中 的表达和临床病理的关系,发现三阴性乳腺癌与 型和 过表达型乳腺癌相比 的表达上调,差异有统计学意义()(图 )。的表达水平和淋巴结状态相关(图 ),分别与 及 相比,表达下调,差异有统计学意义()。在不同乳腺癌分期中,的表达差异无统计学意义()(图 )。数据库中,属于人类疾病相关基因。免疫组织化学染色示 蛋白在乳腺癌组织中相对于正常乳腺组织中低表达,亚细胞定位示 在内质网和高尔基体中的表达并且被认为是分泌蛋白(图 )。河南医学研究 年 月第 卷第 期 ,为 数据库中 的差异表达;为 数据库中
8、的差异表达;为 在不同分子分型中的表达;为 在不同淋巴结转移状态下的表达;为 在不同分期中的表达。图 在乳腺癌组织和正常组织中的表达及其与临床病理的关系为正常乳腺组织;为乳腺癌组织;为亚细胞定位。图 数据库中 蛋白的免疫组织化学图像()基因与甲基化之间的关系 是 个超甲基化基因,且在乳腺癌和正常乳腺中甲基化水平不同,差异有统计学意义()(图 )。与乳腺癌干细胞及免疫细胞浸润之间的关系利用 数据库在线分析,基因的表达和乳腺癌干细胞标志物 、的表达水平均呈正相关(图 )。通过 数据库探索 基因表达与乳腺癌肿瘤微环境中 种免疫细胞浸润水平的关系,见图 。基因的表达水平与 细胞浸润水平呈正相关,与 细
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