新型冠状病毒感染疫情下深圳...种呼吸道病原体流行病学分析_钟小珍.pdf
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1、论 著D O I:1 0.3 9 6 9/j.i s s n.1 6 7 2-9 4 5 5.2 0 2 3.0 4.0 1 0新型冠状病毒感染疫情下深圳地区患儿1 3种呼吸道病原体流行病学分析*钟小珍1,2,豆小文2,阚丽娟2,汤花梅2,张水兰2,韦洁宏2,张秀明2,熊 丹1,21.汕头大学医学院,广东汕头 5 1 5 0 4 1;2.深圳市罗湖区人民医院医学检验科,广东深圳 5 1 8 0 0 0 摘 要:目的 探讨新型冠状病毒感染疫情下深圳地区儿童1 3种呼吸道病原体感染的分布特点及流行病学特征,为临床诊疗提供病原学依据。方法 联合多重反转录聚合酶链反应(R T-P C R)与毛细电泳技
2、术检测2 0 2 0年2月至2 0 2 2年1月4 7 2 4例急性呼吸道感染(A R I)患儿1 3种呼吸道病原体,统计分析1 3种呼吸道病原体在不同性别、年龄、季节间的分布差异,同步分析痰培养检出细菌阳性的情况。结果 4 7 2 4例A R I患儿1 3种呼吸道病原体总阳性率为6 8.8 0%,混合阳性率为6.9 6%;检出呼吸道病原体以鼻病毒(2 7.7 7%)、呼吸道合胞病毒(1 9.7 5%)和副流感病毒(1 0.6 9%)为主;上述3种呼吸道病原体合并痰培养细菌阳性以金黄色葡萄球菌(2 3.2 9%)、卡他莫拉菌(1 3.2 1%)、肺炎链球菌(1 1.4 5%)、流感嗜血杆菌(6
3、.4 6%)为主;秋季病原体阳性率最高(7 5.8 2%),幼儿(13岁)病原体阳性率最高(7 3.2 8%),均以鼻病毒及呼吸道合胞病毒检出为主。结论 新型冠状病毒感染疫情下,儿童感染的呼吸道病原体区别于疫情前。关键词:儿童;呼吸道感染;呼吸道病原体;痰培养中图法分类号:R 4 4 6.5文献标志码:A文章编号:1 6 7 2-9 4 5 5(2 0 2 3)0 4-0 4 7 5-0 6E p i d e m i o l o g i c a l a n a l y s i s o f 1 3 r e s p i r a t o r y p a t h o g e n s i n c h i
4、 l d r e n i n S h e n z h e n u n d e r C O V I D-1 9*ZHONG X i a o z h e n1,2,D O U X i a o w e n2,KAN L i j u a n2,T ANG H u a m e i2,ZHANG S h u i l a n2,WE I J i e h o n g2,ZHANG X i u m i n g2,X I ONG D a n1,21.S h a n t o u U n i v e r s i t y M e d i c a l C o l l e g e,S h a n t o u,G u a n
5、 g d o n g 5 1 5 0 4 1,C h i n a;2.D e p a r t m e n t o f C l i n i c a l L a b o r a t o r y,S h e n z h e n L u o h u P e o p l e s H o s p i t a l,S h e n z h e n,G u a n g d o n g 5 1 8 0 0 0,C h i n aA b s t r a c t:O b j e c t i v e T o i n v e s t i g a t e t h e d i s t r i b u t i o n a n
6、d e p i d e m i o l o g i c a l c h a r a c t e r i s t i c s o f 1 3 r e s p i r a t o r y p a t h o g e n s i n c h i l d r e n i n S h e n z h e n u n d e r t h e i n f l u e n c e o f C OV I D-1 9,p r o v i d i n g e t i o l o g i c a l b a s i s f o r c l i n i c a l d i-a g n o s i s a n d t r
7、 e a t m e n t.M e t h o d s A t o t a l o f 1 3 r e s p i r a t o r y p a t h o g e n s w e r e d e t e c t e d b y m u l t i p l e r e v e r s e t r a n-s c r i p t i o n p o l y m e r a s e c h a i n r e a c t i o n(R T-P C R)c o m b i n e d w i t h c a p i l l a r y e l e c t r o p h o r e s i s
8、 i n 4 7 2 4 c h i l d r e n w i t h a c u t e r e s p i r a t o r y i n f e c t i o n(A R I)f r o m F e b r u a r y 2 0 2 0 t o J a n u a r y 2 0 2 2.T h e d i s t r i b u t i o n d i f f e r e n c e s o f r e s p i r a-t o r y p a t h o g e n s i n d i f f e r e n t g e n d e r,a g e a n d s e a s
9、 o n w e r e s t a t i s t i c a l l y a n a l y z e d,a n d s p u t u m c u l t u r e c o m p l i c a t e d w i t h p o s i t i v e b a c t e r i a w e r e a n a l y z e d s i m u l t a n e o u s l y.R e s u l t s T h e p o s i t i v e r a t e o f r e s p i r a t o r y p a t h o g e n s i n A R I c
10、 h i l d r e n w a s 6 8.8 0%,w h i c h w a s 6.9 6%i n m i x e d i n f e c t i o n.R h i n o v i r u s(2 7.7 7%),r e s p i r a t o r y s y n c y t i a l v i r u s(1 9.7 5%)a n d p a r a i n f l u e n z a v i r u s(1 0.6 9%)w e r e t h e m a i n p a t h o g e n s o f r e s p i r a t o r y t r a c t.
11、S t a p h y l o c o c-c u s a u r e u s(2 3.2 9%),M o r a x e l l a c a t a r r h a l a(1 3.2 1%),S t r e p t o c o c c u s p n e u m o n i a e(1 1.4 5%)a n d H a e m o p h i-l u s i n f l u e n z a e(6.4 6%)w e r e t h e m a i n p o s i t i v e b a c t e r i a f o r t h e t h r e e m a i n r e s p
12、i r a t o r y v i r u s e s w h i c h c o m b i n e d w i t h p o s i t i v e s p u t u m c u l t u r e.T h e p a t h o g e n p o s i t i v e r a t e w a s t h e h i g h e s t i n a u t u m n(7 5.8 2%),a n d t h e h i g h-e s t i n c h i l d r e n w i t h 1-3 y e a r s o l d(7 3.2 8%),w h i c h w e
13、r e m a i n l y r h i n o v i r u s a n d r e s p i r a t o r y s y n c y t i a l v i r u s.C o n c l u s i o n C h i l d r e n a r e i n f e c t e d w i t h d i f f e r e n t r e s p i r a t o r y p a t h o g e n s d u r i n g C OV I D-1 9 c o m p a r e d t h a t b e f o r e t h e p a n d e m i c.K
14、 e y w o r d s:c h i l d r e n;r e s p i r a t o r y t r a c t i n f e c t i o n;r e s p i r a t o r y p a t h o g e n s;s p u t u m c u l t u r e 急性呼吸道疾病(A R D)以急性病毒性呼吸道感染为首,占全球所有急性发病及死亡人数的很大比例1-2。儿童社区获得性肺炎中约5 0%为A R D,成人社区获得性肺炎中约2 5%为A R D3。在5岁以下的574检验医学与临床2 0 2 3年2月第2 0卷第4期 L a b M e d C l i n,F
15、e b r u a r y 2 0 2 3,V o l.2 0,N o.4*基金项目:广东省深圳市科技计划项目(J C Y J 2 0 1 9 0 8 1 2 1 7 1 8 1 6 8 5 7);广东省深圳市医学重点学科建设经费项目(S Z X K 0 5 4);广东省深圳市罗湖区软科学研究计划项目(L X 2 0 2 0 0 5 1 2)。作者简介:钟小珍,女,主管技师,主要从事分子遗传及临床微生物检验研究。通信作者,E-m a i l:s u n n y 5 4 31 2 6.c o m。儿童 中,全 球 每 年 仅 流 感 病 毒 和 呼 吸 道 合 胞 病 毒(HR S V)感染的病
16、死人数就达到3 0万人4,其他呼吸道病毒感染,如鼻病毒(HR V)和腺病毒(HA D V)等,虽然引起的病死率较低,但发病率较高,给社会及患儿家庭带来了巨大的经济负担5-6。了解常见呼吸道病毒的感染情况及流行特征,可为临床诊疗提供参考依据,有助于公共卫生政策的制订7。儿童急性呼吸道感染(A R I)中,病毒合并细菌感染时有发生,研究指出,呼吸道病毒合并细菌感染时,二者存在协同作用8。同时感染病毒和细菌的患儿往往住院时间更长,疾病严重程度更高9。了解新型冠状病毒感染疫情下,本地区儿童病毒、细菌合并感染情况,可能为儿科A R I提供新的治疗和预防策略,改善患儿预后。本研究对2 0 2 0年2月至2
17、 0 2 2年1月于深圳市罗湖医院集团(包括深圳市罗湖区人民医院、深圳市罗湖区中医院、深圳市罗湖区妇幼保健院,均送至深圳市罗湖区人民医院检验)就诊的4 7 2 4例A R I患儿的1 3种呼吸道病原体检测结果进行了性别、年龄、季节分布等情况分析,现报道如下。1 资料与方法1.1 一般资料 选取2 0 2 0年2月至2 0 2 2年1月于深圳市罗湖医院集团因A R I就诊的4 7 2 4例住院患儿为研究对象,其中男2 8 1 5例,女1 9 0 9例,年龄1 d至1 8岁。纳入标准:符合A R I诊断标准1 0;患儿入院当天均进行咽拭子、痰液标本等采集。同一患儿因A R I多次住院的,以每次入院
18、首次采集送检标本为准。排除标准:住院期间接受免疫抑制剂治疗或放化疗;合并其他器质性病变、先天性遗传病等。依据年龄将研究对象分为婴儿组(36岁)1 6 6 7例,学龄期组(6岁)4 8 1例。本研究通过深圳市罗湖医院集团医学伦理委员会批准。1.2 仪器与试剂 1 3种呼吸道病原体检测仪器为D x基因测序仪(美国A B I公司),试剂为核酸提取试剂盒(宁波海尔施基因科技有限公司)及1 3种呼吸道病原体多重检测试剂盒(宁波海尔施基因科技有限公司);细菌鉴定采用德国布鲁克公司的基质辅助激光解吸飞行时间质谱(MA L D I-TO F M S)系统。1.3 方法1.3.1 咽拭子标本采集 左手用压舌板压
19、住患儿舌头,右手将植绒拭子伸至咽峡处,适度用力擦拭咽后壁和两侧扁桃体部位数次,并旋转拭子以增加接触面,应避免接触舌及口腔黏膜等处。取样后迅速将拭子放入装有3 m L采样液的采样管中,靠近采样管顶端处折断并弃去尾部,盖紧管盖。1.3.2 病原体检测 将临床咽拭子标本,以及试剂盒提供的阴阳性对照样品通过核酸提取试剂盒及全自动核酸提取仪(S m a r t L a b A s s i s t-3 2磁珠法)提取核酸,采用1 3种呼吸道病原体多重检测试剂盒进行扩增,联合多重反转录聚合酶链反应(R T-P C R)与毛细电泳技术进行检测。以常见的1 3种呼吸道病原体的高度保守序列为靶区域,通过1 3组特
20、异性引物,在一个扩增管中进行一步法R T-P C R扩增;采用毛细电泳分离不同长度的扩增产物,从而得到病原体的检测结果。试剂盒带有 R T-P C R内参,可用于对核酸提取、R T-P C R和毛细电泳等整个检测过程的监控,同时通过对样品中的人R NA和人D NA进行检测,对样品质量进行监测。检测病原体包括甲型流感病毒(I n f A)、HA D V、博 卡 病 毒(B o c a)、HR V、(2 0 0 9)甲 型H 1 N 1流感病毒(0 9 H 1)、副流感病毒(H P I V)、衣原体(C h)、偏肺病毒(HMP V)、乙型流感病毒(I n f B)、肺炎支原体(M p)、甲型H 3
21、 N 2流感病毒(简称H 3)、冠状病毒(HC o V)、HR S V。1.3.3 细菌检测 将痰标本分别接种于血琼脂平板、巧克力血琼脂平板、麦康凯平板(郑州瑞贝特智能科技有限公司),置于5%C O2培养箱3 5 培养2 44 8 h。采用MA L D I-TO F M S系统进行菌种鉴定。1.4 统计学处理 采用S P S S 2 4.0统计软件进行数据处理及统计分析。计数资料以例数或百分率表示,组间比较采用2检验。以P0.0 5)。男性患儿HR V阳性率高于女性患儿,女性患儿B o c a阳性率 高 于 男 性 患 儿,差 异 有 统 计 学 意 义(2=5.7 3 9、4.4 8 0,P
22、0.0 5)。见表2。2.3 不同季节1 3种呼吸道病原体检出情况比较 不同季节1 3种呼吸道病原体总阳性率由高到低依次为秋季(7 5.8 2%)、夏季(6 8.6 8%)、冬季(6 3.9 5%)、春季(6 1.7 8%),不同季节病原体阳性率比较,差异有统计学意义(P0.0 5)外,其余病原体阳性率在不同季节间比 较,差异均有 统计学意义(P0.0 5)外,其余病原体阳性率在不同年龄组间比 较,差异均有 统计学意义(P0.0 5)。见表4。表2 不同性别患儿1 3种呼吸道病原体检出情况n(%)性别n总阳性HR VHR S VH P I VHMP VHA D VI n f B男2 8 1 5
23、1 9 4 9(6 9.2 4)8 1 8(2 9.0 6)5 6 0(1 9.8 9)2 9 6(1 0.5 2)1 2 9(4.5 8)7 3(2.5 9)8 5(3.0 2)女1 9 0 91 3 0 1(6 8.1 5)4 9 4(2 5.8 8)3 7 3(1 9.5 4)2 0 9(1 0.9 5)9 9(5.1 9)6 3(3.3 0)4 8(2.5 1)20.6 2 45.7 3 90.0 9 00.2 2 30.9 0 22.0 3 31.0 6 1P0.4 2 90.0 1 70.7 6 40.6 3 60.3 4 20.1 5 40.3 0 3性别nHC o VB o c
24、 aM pI n f AH 3C h0 9 H 1男2 8 1 56 7(2.3 8)3 9(1.3 9)3 6(1.2 8)2 2(0.7 8)1 4(0.5 0)9(0.3 2)7(0.2 5)女1 9 0 94 1(2.1 5)4 2(2.2 0)1 9(1.0 0)1 8(0.9 4)1 6(0.8 4)8(0.4 2)2(0.1 0)20.2 7 54.4 8 00.7 9 50.3 5 32.0 9 40.3 1 31.2 3 9P0.6 0 00.0 3 40.3 7 30.5 5 30.1 4 80.5 7 60.2 6 6表3 不同季节1 3种呼吸道病原体检出情况n(%)季节
25、n总阳性HR VHR S VH P I VHMP VHA D VI n f B春季8 1 15 0 1(6 1.7 8)3 1 4(3 8.7 2)6 7(8.2 6)8 5(1 0.4 8)1 2(1.4 8)3 7(4.5 6)4(0.4 9)夏季9 2 96 3 8(6 8.6 8)1 6 1(1 7.3 3)4 1 3(4 4.4 6)2 8(3.0 1)4(0.4 3)1 3(1.4 0)2 8(3.0 1)秋季1 7 0 81 2 9 5(7 5.8 2)5 6 3(3 2.9 6)4 1 1(2 4.0 6)2 4 5(1 4.3 4)2 8(1.6 4)2 6(1.5 2)6
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