基于缺氧相关长链非编码RNA基因集的食管鳞癌预后模型.pdf
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1、文章编号:():./.基于缺氧相关长链非编码 基因集的食管鳞癌预后模型任 敏张嘉宁宗荣荣孙会茹摘 要:目的 利用 数据库()中食管鳞癌患者的转录组数据和临床数据构建基于缺氧相关长链非编码()的食管鳞癌预后模型并分析模型的预测效能为食管鳞癌的个性化治疗提供依据 方法 下载 例食管鳞癌患者的转录组数据和对应的临床资料利用 语言分析包鉴定肿瘤组织和癌旁正常组织数据间差异表达的基因并计算缺氧相关基因集与表达差异的 基因集间的相关性随后使用单因素 回归分析和 ()回归分析对相关的基因进行筛选最后利用多因素 回归构建基于基因表达量和回归系数的风险打分模型并分析模型的预后效能和肿瘤免疫微环境等 结果 获得由
2、 个基因组成的风险打分模型高风险组的生存时间明显低于低风险组(证明模型有较好的预后预测能力 回归分析显示打分模型有独立的预后预测能力肿瘤免疫微环境分析显示高低风险组在免疫细胞组成、通路等方面差异显著结论 食管鳞癌 基因风险打分模型能较好地预测患者的预后风险这些基因可作为食管鳞癌缺氧相关调控通路研究的潜在靶点免疫微环境可能导致了不同风险组的生存差异关键词:食管鳞癌缺氧预后模型中图分类号:.文献标志码:():.(为 差 异 倍数)和 的 作为与缺氧相关().缺氧相关 预后模型的构建 使用 包 对 进行单因素 回归分析选择 的基因作为与生存显著相关的 使用 包 对这些基因进行 ()回归分析剔除冗余基
3、因后利用 包 进行多因素 回归分析获得风险打分模型 依据基因的表达量和回归系数对样本进行风险打分计算公式为:()()其中 为每个患者的风险值 为模型中基因的数目 为基因的顺序号 为基因的回归系数 为基因的表达量.模型效能验证 利用 包 分析所有患者风险值的受试者工作曲线()和曲线下面积()评估模型对患者预后的预测能力并比较其与其他临床指标预测能力之间的差异 依照所有患者风险值的中位数将患者分为高风险组和低风险组利用 包 绘制了两组间 生存曲线并使用 检测两组间的生存差异 利用 包 进行单因素和多因素 回归分析检测打分模型的预后预测独立性.肿瘤免疫微环境分析 利用 包 进行单样本基因富集分析分析
4、所有患者的 种免疫细胞的浸润得分和 种免疫相关通路的激活程度利用 包 估算患者肿瘤组织的基质细胞、免疫细胞和肿瘤纯度的评分基因集参考 等的总结并用 检验检测高低风险组患者间的差异 结果.数据整理及差异基因鉴定本研究共包含 例患者男性 例女性 例 分期:期 例 期 例 分期:期 例 期 例 分期:期 例期 例吸烟:吸烟 例不吸烟 例饮酒:饮酒 例不饮酒 例 通过对表达信息的整理获得由 个基因组成的表达矩阵获得差异基因 个其中 个在肿瘤组织中表达水平上调(包含 个)个为下调(包含 个 图、):差异基因热图(前 个基因):差异表达基因火山图红点代表差异表达基因图 差异基因热图和火山图.与缺氧相关的差
5、异 鉴定通过与 数据库中的缺氧相关基因集取交集肿瘤样本的表达矩阵中存在 个与缺氧相关的基因与 个差异的 进行相关性分析后获得 个与缺氧相关的.缺氧相关 预后模型的构建对肿瘤样本的基因表达矩阵进行风险模型的构建 单因素 回归分析获得了 个与食管鳞癌患者的整体生存率()显著相关(说明模型有较好的预测能力(图)高风险组和低风险组的 曲线显示高风险组的生存能力显著低于低风险组(图)随后展示了所有患者的生存状态、风险得分分布和模型相关基因的表达情况(图、)相较于高风险组低风险组拥有更长的生存时间和更低的风险得分(图、)和 分析显示风险分组能将患者分开为两类(图、)风险值与临床指标的 的 分析结果显示其
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