EGFR突变对肺腺癌预后及治疗意义生物信息分析.pdf
《EGFR突变对肺腺癌预后及治疗意义生物信息分析.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《EGFR突变对肺腺癌预后及治疗意义生物信息分析.pdf(5页珍藏版)》请在咨信网上搜索。
1、第5 9卷 第4期2 0 2 3年0 8月青 岛 大 学 学 报(医 学 版)J OUR NA LO FQ I N G D AOUN I V E R S I T Y(ME D I C A LS C I E N C E S)V o l.5 9,N o.4A u g u s t 2 0 2 3 收稿日期2 0 2 2-0 4-0 3;修订日期2 0 2 3-0 5-2 6 基金项目国家自然科学基金项目(8 1 6 7 0 8 2 2,8 1 3 7 0 9 9 0);青岛市医疗卫生重点学科建设项目(青卫科教字2 0 1 99号)第一作者朱明雪(1 9 9 6-),女,硕士研究生。通信作者牟晓峰(1
2、 9 7 0-),男,硕士,主任技师,硕士生导师。E-m a i l:m u x i a o f e n g 2 0 0 51 2 6.c o m。E G F R突变对肺腺癌预后及治疗意义生物信息分析朱明雪1,闫清2,王鹏2,王晔2,牟晓峰2(青岛大学,山东 青岛 2 6 6 0 7 1 1 医学部;2 附属青岛市中心医院检验科)摘要 目的 探讨表皮生长因子受体(E G F R)突变对肺腺癌预后及治疗的意义。方法 从癌症基因组图谱(T C GA)数据库下载肺腺癌的R NA测序数据、基因表达矩阵及临床信息,应用基因突变景观分析了解E G F R在肺腺癌中的突变情况,分析与E G F R突变相关的
3、临床特征。利用差异分析得到差异表达基因(D E G s),基于D E G s的重叠基因构建L A S S O-C o x风险预后模型,依据模型风险评分中位值将样本分为高、低风险组进行K a p l a n-M e i e r生存分析。应用单因素C o x风险比例回归分析肺腺癌预后特征基因,并对其与E G F R突变相关性进行分析。分析E G F R突变与免疫细胞浸润和铁死亡基因的关系。结果 E G F R在肺腺癌中的突变率为1 1.6 4%,E G F R突变与性别(2=5.1 3 9,P0.0 5)和吸烟(2=3 6.8 2 2,P0.0 1)有关。生存分析显示,高风险组生存率较低(HR=1
4、.9 3 2,9 5%C I=1.4 3 32.6 0 6,P0.0 5)。G L B 1 L 3、TMEM 6 3 C、F AM 8 3 A基因与肺腺癌的预后相关,其中G L B 1 L 3、TMEM 6 3 C与E G F R突变呈正相关(r=0.3 8 31、0.3 8 26,P0.0 5)。肺腺癌组织中C D 8+T细胞比例较高,且与E G F R突变状态相关;在E G F R突变型和野生型肺腺癌中,有1 0个铁死亡基因表达差异具有统计学意义(t=1.8 9 6 3.7 6 5,P0.0 5)。结论 E G F R突变与肺腺癌的不良预后相关,且与肿瘤免疫细胞浸润和铁死亡存在紧密联系,这
5、为肺腺癌的治疗提供了新思路。关键词 肺腺癌;E r b B受体;突变;预后;治疗学;铁死亡;计算生物学 中图分类号 R 7 3 4.2 文献标志码 A 文章编号 2 0 9 6-5 5 3 2(2 0 2 3)0 4-0 5 2 2-0 5d o i:1 0.1 1 7 1 2/j m s.2 0 9 6-5 5 3 2.2 0 2 3.5 9.1 2 1 开放科学(资源服务)标识码(O S I D)网络出版 h t t p s:/l i n k.c n k i.n e t/u r l i d/3 7.1 5 1 7.R.2 0 2 3 0 9 2 0.0 9 3 1.0 0 4;2 0 2
6、3-0 9-2 1 1 2:1 1:4 2S I G N I F I C A N C EO FE P I D E RMA L G R OWT H F A C T O R R E C E P T O R MU T A T I O NI N T H E P R O G N O S I SA N D T R E A T ME N T O FL U N GA D E N O C A R C I N OMA:AB I O I N F O RMA T I C SA N A L Y S I S ZHU M i n g x u e,Y AN Q i n g,WANGP e n g,WANGY e,MUX i
7、a o f e n g(M e d i c a lC o l l e g eo fQ i n g d a oU n i v e r s i t y,Q i n g d a o2 6 6 0 7 1,C h i n a)A B S T R A C T O b j e c t i v e T o i n v e s t i g a t e t h es i g n i f i c a n c eo f e p i d e r m a l g r o w t h f a c t o r r e c e p t o r(E G F R)m u t a t i o n i nt h ep r o g-n
8、 o s i sa n dt r e a t m e n to f l u n ga d e n o c a r c i n o m a.M e t h o d s R NAs e q u e n c i n gd a t a,g e n ee x p r e s s i o nm a t r i x,a n dc l i n i c a l i n f o r m a t i o no f l u n ga d e n o c a r c i n o m aw e r ed o w n l o a d e df r o mt h eC a n c e rG e n o m eA t l a
9、sd a t a b a s e,ag e n em u t a t i o n l a n d s c a p ea n a l y s i sw a su s e d t oi n v e s t i g a t eE G F Rm u t a t i o n i n l u n ga d e n o c a r c i n o m a,a n d t h e c l i n i c a l f e a t u r e s a s s o c i a t e dw i t hE G F Rm u t a t i o nw e r e a n a l y z e d.Ad i f-f e r
10、 e n t i a l a n a l y s i sw a sp e r f o r m e dt oo b t a i nd i f f e r e n t i a l l ye x p r e s s e dg e n e s(D E G s),a n daL A S S O-C o xr i s kp r o g n o s t i cm o d e lw a sc o n s t r u c t e db a s e do nt h eo v e r l a p p i n gg e n e so fD E G s.T h e s a m p l e sw e r ed i v i
11、 d e d i n t oh i g h-a n d l o w-r i s kg r o u p sb a s e do nt h em e d i a nr i s ks c o r eo f t h em o d e l,a n dt h e nt h eK a p l a n-M e i e rm e t h o dw a su s e d t op e r f o r mt h e s u r v i v a l a n a l y s i s.Au n i v a r i a t eC o xp r o p o r t i o-n a l-h a z a r d s r e g
12、r e s s i o nm o d e l a n a l y s i sw a su s e dt o i n v e s t i g a t e t h ec h a r a c t e r i s t i cg e n e sa s s o c i a t e dw i t ht h ep r o g n o s i so f l u n ga d e n o-c a r c i n o m a,a n dt h e i r c o r r e l a t i o nw i t hE G F Rm u t a t i o nw a sa n a l y z e d.T h ea s s
13、 o c i a t i o no fE G F Rm u t a t i o nw i t h i mm u n e c e l l i n f i l t r a-t i o na n df e r r o p t o s i sg e n e sw a sa n a l y z e d.R e s u l t s T h e r a t eo fE G F Rm u t a t i o nw a s 1 1.6 4%i n l u n ga d e n o c a r c i n o m a,a n dE G F Rm u t a t i o nw a sa s s o c i a t
14、e dw i t hs e x(2=5.1 3 9,P0.0 5)a n ds m o k i n g(2=3 6.8 2 2,P0.0 1).T h eh i g h-r i s kg r o u ph a da r e l a t i v e l yl o ws u r v i v a l r a t e(HR=1.9 3 2,9 5%C I=1.4 3 3-2.6 0 6,P0.0 5).T h eG L B 1 L 3,TMEM 6 3 C,a n dF AM 8 3 Ag e n e sw e r ea s s o c i a-t e dw i t ht h ep r o g n o
15、 s i so f l u n ga d e n o c a r c i n o m a,a m o n gw h i c hG L B 1 L 3a n dTMEM 6 3 Cw e r ep o s i t i v e l yc o r r e l a t e dw i t hE G F Rm u-t a t i o n(r=0.3 8 31,0.3 8 26,P0.0 5).T h e r ew a sar e l a t i v e l yh i g hp r o p o r t i o no fC D 8+Tc e l l s i nl u n ga d e n o c a r c
16、i n o m at i s s u e,w h i c hw a sc o r r e l a t e dw i t ht h es t a t u so fE G F Rm u t a t i o n,a n dt h e r ew e r es i g n i f i c a n td i f f e r e n c e s i nt h ee x p r e s s i o no f1 0f e r r o p t o s i sg e n e sb e t w e e nE G F R-m u t a n t l u n ga d e n o c a r c i n o m aa n
17、 dw i l d-t y p e l u n ga d e n o c a r c i n o m a(t=1.8 9 6-3.7 6 5,P1、P0.0 5为筛选条件,筛选E G F R突变型、野生型肺腺癌和癌旁正常组织样本中两两比较的差异表达基因(D E G s)。然后利用V e n n图获取3组D E G s的重叠基因。1.4 预后模型构建及评价基于D E G s的重叠基因构建L A S S O-C o x风险预后模型,依据模型风险评分中位值将样本分为高、低风险组进行K a p l a n-M e i e r(KM)生存分析。R软件包g l m n e t用于s i g n a t u
18、 r e模型的分析,L o gr a n k检验用于比较高、低风险组的生存差异,时间依赖的受试者工作特征(R O C)曲线用于分析特征基因和风险评分预测的准确性,单因素C o x风险比例回归分析用于筛选对肺腺癌有预后意义的基因。采用S p e a r m a n相关性分析方法分析E G F R突变与关键基因之间的相关性,利用R软件包p h e a t m a p展示多基因相关性热图。1.5 肺腺癌E G F R突变与免疫细胞关系分析利用R软件包i mm u n e d e c o n v对E G F R突变组和野生组肺腺癌样本进行免疫评分评估,使用W i l c o x检验比较两组之间的差异。
19、采用S p e a r m a n相关性分析方法分析肺腺癌中E G F R突变与免疫细胞之间的相关性。利用R软件包p h e a t m a p绘制热图。1.6 肺腺癌E G F R突变与铁死亡基因关系分析分析肺腺癌中2 4个铁死亡相关基因在E G F R突变型、野生型肺腺癌组织中的差异表达。1.7 统计学方法本研究中所有分析均应用R软件(3.6.2版本)完成。正态分布计量数据以xs表示,组间比较采用t检验;计数数据组间比较采用卡方检验;两组之间生存差异比较采用L o gr a n k检验;相关性检验采用S p e a r m a n相关性分析。以P0.0 5为差异具有统计学意义。2 结 果2
20、.1 E G F R在肺腺癌中的突变率E G F R在肺腺癌中存在突变,体细胞突变率为1 1.6 4%(图1 A)。瀑布图显示,8 1.4 8%的样本出现突变(图1 B)。2.2 E G F R突变与临床特征的关系E G F R突变与性别(2=5.1 3 9,P0.0 5)和吸烟(2=3 6.8 2 2,P0.0 1)有关,而与其他临床特征无关。见表1。2.3 肺腺癌差异基因分析对E G F R突变型、野生型肺腺癌和癌旁正常组织样本进行两两比较,得到3组D E G s。火山图显示,E G F R突变型与野生型肺腺癌组织D E G s中有4 2个上调基因,3 0个下调基因(图2 A);E G F
21、 R突变型肺腺癌与癌旁正常组织D E G s中有18 0 9个上调基因,21 4 3个下调基因(图2 B);E G F R野生型肺腺癌和癌旁正常组织D E G s中有15 1 7个上调基因,23 8 8个下调基因(图2 C)。对这3组D E G s取交集,得到3 1个重叠基因(图2 D)。2.4 预后风险模型构建及评价用L A S S O回归分析从3 1个重叠基因中筛选出4个(G L B 1 L 3、TMEM 6 3 C、F AM 8 3 A、G PX 2)5 2 4青 岛 大 学 学 报(医 学 版)5 9卷A:E G F R在肺腺癌中突变的棒棒糖图;B:瀑布图显示了肺腺癌的体细胞突变景观。
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- EGFR 突变 腺癌 预后 治疗 意义 生物 信息 分析
1、咨信平台为文档C2C交易模式,即用户上传的文档直接被用户下载,收益归上传人(含作者)所有;本站仅是提供信息存储空间和展示预览,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿,我们不确定上传用户享有完全著作权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果侵犯了您的版权、权益或隐私,请联系我们,核实后会尽快下架及时删除,并可随时和客服了解处理情况,尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据,平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺,下载前须认真查看,确认无误后再购买,务必慎重购买;若有违法违纪将进行移交司法处理,若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传,付费前请自行鉴别,如您付费,意味着您已接受本站规则且自行承担风险,本站不进行额外附加服务,虚拟产品一经售出概不退款(未进行购买下载可退充值款),文档一经付费(服务费)、不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印,是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已,我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改,文档下载后都不会有水印标识(原文档上传前个别存留的除外),下载后原文更清晰;试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓;PPT和DOC文档可被视为“模板”,允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容;PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得,本站不作要求视为允许,下载前自行私信或留言给上传者【自信****多点】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用;网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽--等)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题,请及时私信或留言给本站上传会员【自信****多点】,需本站解决可联系【 微信客服】、【 QQ客服】,若有其他问题请点击或扫码反馈【 服务填表】;文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“【 版权申诉】”(推荐),意见反馈和侵权处理邮箱:1219186828@qq.com;也可以拔打客服电话:4008-655-100;投诉/维权电话:4009-655-100。