不同种植年限及覆膜栽培防风根际土壤微生物多样性研究_寇佩雯.pdf
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1、寇佩雯,刘长乐,李 铂,等 不同种植年限及覆膜栽培防风根际土壤微生物多样性研究 江苏农业科学,():,:不不同同种种植植年年限限及及覆覆膜膜栽栽培培防防风风根根际际土土壤壤微微生生物物多多样样性性研研究究寇佩雯,刘长乐,李 铂,王 楠,宋忠兴,张永生,黄文静,唐志书,陕西中医药大学 陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心 秦药特色资源研究开发国家重点实验室(培育),陕西咸阳;内蒙古海天制药有限公司,内蒙通辽;中国中医科学院,北京 摘要:为探究防风生长发育及栽培方式对其根际微生物群落结构的影响,采用 高通量测序技术对非根际土壤()、年生()、年生()和覆膜栽培 年()的防风根际土壤中细菌 和真菌
2、 序列进行测序分析。研究发现各处理的微生物总数、菌群丰富度和复杂程度表现为 年生组 非根际土壤组,年生组 年生组、覆膜组。覆膜栽培后微生物 多样性以及小囊菌科和丛赤壳科真菌丰度整体下降,假球壳科真菌丰度急剧增加。各处理土壤样品中微生物的群落组成虽存在差异,但其优势菌门相对稳定,细菌丰度最大的 个门始终是放线菌门和变形菌门,真菌丰度最大的门为子囊菌门和担子菌门。分析和 聚类分析显示,处理中独有细菌的 数少于 处理,独有真菌的 数则多于 处理,和 处理在菌落结构组成上较为相近。相关性分析发现,土壤全钾、硝态氮和铵态氮含量是驱动根际微生物群落的主要因子,但其与各优势菌群的相关性不显著。利用 进行菌群
3、功能预测发现,年生组较其余组菌群功能差异最大。综上可知,生长年限和覆膜均会影响防风土壤细菌群落结构和生态功能,而生长年限对其影响更加明显,该结果可为防风栽培技术体系的构建提供科学参考。关键词:防风;根际土壤;微生物群落;多样性;功能预测 中图分类号:文献标志码:文章编号:()收稿日期:基金项目:内蒙古自治区重大科技专项(编号:);现代农业产业技术体系建设专项(编号:);陕西中医药管理局资助项目(编号:);陕西中医药大学“思邈人才专项 思邈新星”项目(编号:)。作者简介:寇佩雯(),女,陕西商洛人,硕士研究生,主要从事药用植物资源开发与利用研究。:。通信作者:黄文静,博士,副教授,主要从事中药资
4、源开发与综合利用研究,:;唐志书,博士,教授,主要从事中药资源开发与质量分析研究,:。根际是植物 微生物 土壤三者相互作用并紧密影响的局域生态系统,其在生物和化学特性上与周围的大块土壤不同。在此系统中,根际微生物参与了众多生化反应,在促进植物矿质元素吸收、刺激根系生长、加速土壤腐殖质形成和有机物分解等方面起到至关重要的作用。因此,根际微生物常被认为是衡量土壤肥力和土壤健康的生物学指标,被誉为“植物的第二个基因组”。植物在生长发育过程中所产生的萜类、黄酮和生物碱等次生代谢物常通过根系的分泌作用释放至土壤中,在改变根际土壤理化性质的同时也影响着根际微生物群落的结构特征。研究发现,根际土壤微生物群落
5、结构主要受 方面因素影响:在生物因素中,以植物种类、生长阶段和次生代谢差异 为主;在非生物因素中,土壤类型、矿质元素、温度及栽培方式等对其影响较大。近年来,细菌 和真菌 基因测序技术不断发展,利用第三代 高通量测序系统可同时对样品中的微生物进行检测并获得其生物群落结构特征。该方法获得的数据量大,能够产生覆盖深度较高的测序数据用来估计微生物群落的组成,由于其时间短和精准度高等特点,在微生物群落多样性研究等方面的应用越来越多。药材防风为伞形科植物防风 ()的干燥根,具有解表祛风、胜湿、止痉等作用,在我国历代本草文献中均有详细记载,属常用大宗药材。现已从防风中得到色原酮、香豆素、多糖和挥发油类成分,
6、临床常用其治疗风湿、风疹、炎症引起的急症,外感风寒引起的感冒头疼和脾胃等方面的相关疾病,因市场需求量大,现流通的防风多为人工栽培品。内蒙古东部地区是目前我国防风的主产区之一,通过遥感影江苏农业科学 年第 卷第 期像解译防风的分布范围及种植面积发现,仅 年内蒙古通辽市奈曼旗的防风种植面积就超过 。在之后的 年中通辽市科尔沁区及开鲁县的防风种植面积也在不断扩大,目前全市的防风在地面积预计已超 。种植防风通常 年采收,但在其主产区也有栽培 年便收获的现象,而不同生长年份的防风在根生物产量及有效成分积累上有一定差异。此外,蒙东地区冬季冻土期长,常年昼夜温差较大,春季干旱少雨且时常伴有大风,土壤肥力低、
7、沙化现象较为严重。因此,确定合理的栽培制度及采取相关保墒、提温的栽培措施对于确保防风的产量与质量显得至关重要。本研究以 年生、年生和覆膜栽培的防风根际土壤为样本,通过高通量测序技术对根际细菌和真菌多样性的变化进行系统分析,探讨防风生长发育、栽培措施以及土壤理化性质对其根际微生物群落组成和多样性的影响,旨在为防风栽培技术体系的建立提供科学建议。材料与方法 根际土壤样品的采集与处理土壤样品于 年 月 日采自内蒙古通辽市科尔沁区庆和镇林场 号地的防风试验田(、,海拔 ),前茬作物为玉米。采用多点混合取样法,分别采集从未种植过防风的非根际土壤(,距防风试验田采样点 左右)和 年生()、年生()、覆黑膜
8、栽培 年()的防风根际土壤。每种处理在其小区随机选 个取样点,每个取样点选取生长健康、大小一致的防风 株,除去落叶和表层土()后,收集附着于根系表面 的土壤作为根际土。将混匀后的土壤分为 份,一份装入无菌自封袋中经液氮速冻后放入干冰盒,由上海派森诺生物科技股份有限公司进行根际土壤分离、提取和高通量测序,剩余土壤称量后带回实验室风干,研磨过筛后进行土壤含水量()、值、总有机碳()、全氮()、全磷()、全钾()、硝态氮()和铵态氮()等土壤理化因子的测定。土壤微生物 提取、扩增和文库制备采用土壤 提取试剂盒()提取总,使用 对 进行定量,并通过 琼脂糖凝胶电泳检测 提取质量。扩增采用全式金公司的
9、高保真 聚合酶进行,利用通用引物()和()对细菌 区进行扩增;采用()和()对真菌 区进行扩增。扩增产 物 经 磁 珠 纯 化 回 收 后 采 用 进行荧光定量检测,根据荧光定量结果,按照每个样本的测序量需求,对各样本按相应比例等摩尔混合。混合后的扩增产物以 公司的 制备测序文库。高通量测序及土壤微生物组成分析对制备好的文库在 上进行质检,合格的文库采用 测序仪进行双端测序,原始下机数据根据序列质量进行初步筛查后按照 和 信息,进行文库和样本划分。按照 分析流程和 软件的分析流程进行序列去噪及操作分类单元(,)聚 类,对 比 数 据 库(,:)进行物种分类学注释,并采用 贝叶斯算法对在相似水平
10、下的 进行丰度分析,揭示样品的物种组成。根据 在不同样本中的分布,评估每个样本的 多样性水平,包括覆盖度(指数)、丰富度(指数和 指数)和香农指数(指数)等分析。根际土壤理化性质测定土壤理化性质测定按照土壤农化分析进行:土壤含水量采用称重法测定;土壤 值使用浸提法利用 酸度计测定;土壤有机碳含量采用重铬酸钾水合加热法测定;全氮含量采用浓硫酸消解 凯式定氮法测定;全磷含量采用钼锑显色法测定;全钾含量采用火焰光度法测定;硝态氮含量采用酚二磺酸比色法测定;氨态氮含量采用 浸提 靛酚蓝比色法测定。数据统计与分析使用 软件对数据进行单因素方差分析(),采用新复极差法()比较数据组间差异。使用 语言包 等
11、进行群落多 样 性 分 析、()分析和主成分分析(江苏农业科学 年第 卷第 期,)等分析,并利用 对数据进行整理和制表。采用 语言 包的 函数计算 多样性距离矩阵,计算结果以平均连接聚类法(,)进行分析。物种差异分析使用 包进行,所有结果采用 脚本进行可视化。采用 相关系数对各个指标进行相关性分析,将获得的数值矩阵通过 图直观展示。结果与分析 防风根际土壤微生物群落多样性分析对 种处理下的 份土壤样品进行细菌 高通量测序,共得到有效序列 条,对其进行聚类共获得属水平上的 样本 个。由表 可知,各样本 覆盖度均在 以上,说明测序结果能反映样品中的绝大部分信息。在 种处理中,、和 处理下的 均高于
12、,处理组显著高于,可见 处理下细菌的物种总数较多。多样性指数是反映样本内微生物群落丰富度和均匀度的综合指标,其中 指数和 指数能够反映物种的丰富度,指数越高说明物种数量越多;指数反映群落物种的多样性,该指数越大说明物种的多样性越高。处理下 种 多样性指数均高于其他处理,其中 指数与 差异显著。处理下 指数、指数、指 数 均 显 著 低 于 处 理,其 中 指数显著低于。处理下细菌群落 指数、指数、指数较 处理均显著降低,其中 指数和 指数分别为 处理的 和 。可见防风根际土壤(、和)细菌的 数均高于非根际土壤(),在防风根际土壤各处里组中,年生()和覆膜()较 年生()细菌多样性指数降低。表
13、防风根际土壤细菌群落 多样性指数处理分类单元覆盖度 指数 指数 指数 注:同列数据后不同小写字母表示处理间差异显著()。下表同。对测序后防风根际土壤真菌进行聚类 分析,结果(表)表明,各样本的覆盖度均在 以上,各样本组间 数差异不显著。处理组真菌群落的 指数、指数、指数均高于 处理、处理和 组,其与 处理组和 组在 指数中差异显著,其与 和 处理组在 指数和 指数中差异显著。可见,防风根际土壤各处理组(、和)中真菌较非根际土壤()真菌在物种种类上丰富度更高,防风根际土壤各处理组中 年生()较 年生()组和覆膜()组真菌多样性高。表 防风根际土壤真菌群落 多样性指数处理分类单元覆盖度 指数 指数
14、 指数 防风根际土壤微生物群落组成分析测序后在非根际土壤中共获得 门 纲 目 科 属的细菌,在防风根际土壤中共获得 门 纲 目 科 属的细菌。从细菌门水平上分析,门和 门仅在防风根际土壤中检测到。由图 可知,总体来看在所有样本中放线菌门()丰度最高(.),其 次 是 变 形 菌 门()()、酸杆菌门()()、绿 弯 菌 门()()、厚 壁 菌 门()()和 拟 杆 菌 门()()。这 个优势菌门所占相对比例均在 以上,约占细菌总丰度的江苏农业科学 年第 卷第 期左右。在不同样本中各个菌门的占比不同,变形菌门在 组的相对丰度为 ,在 和 处理中占比分别上升至 和 ,在 处理中的占比()超过放线菌
15、门的占比(.),变形菌门成为 处理组中丰度最高的优势菌群。和 处理较 处理酸杆菌门和拟杆菌门的占比增加,放线菌门和绿弯菌门的占比降低。从细菌科水平上分析(图 ),防风根际土壤 细 菌 主 要 由 、伯 克 氏 菌 科()、微球菌科()、微单 孢 菌 科()、念 珠 藻 科()和鞘脂单胞菌科()等组成。其中 在 处理中丰度最高,为 ,分别是 和 处理的 倍和 倍。和 处理较 处理伯克 氏 菌 科、鞘 脂 单 胞 菌 科、芽 单 胞 菌 科()和 亚 硝 化 单 胞 菌 科()的占比增加,微球菌科、微单孢菌科、念珠藻科、地嗜皮菌科()和红色杆菌科()的细菌丰度则有所 下 降。处 理 较处 理 黄
16、杆 菌 科()和链霉菌科()细菌丰度分别增加了 倍和 倍。可见覆膜能够使原本丰度极低的一些细菌占比迅速增加。种处理的土壤样本中共检测到真菌 门 纲 目 科 属 种,其 中 芽 枝 霉 门()仅在防风根际土壤中被检测到。由图 可知,从真菌门分类水平上看,平均相对丰度较高的菌门为子囊菌门()(.)、担子菌门()()和江苏农业科学 年第 卷第 期被孢霉门()(),其他门的丰度均在 以下。子囊菌门在 处理中的丰度最高,为,其次是 和 处理,在 处理中的丰度最低,为 ,较 处理的占比下降了。担子菌门在 中的丰度最高,分别是、和 处理的 倍、倍和 倍。被孢霉门真菌在 处理中较 处理占比更高,在 处理中较
17、处理增加了 倍。由图 可知,从 真 菌 科 分 类 水 平 上 看,小 囊 菌 科()、丛赤壳科()、假球壳科()、被孢霉科()、小双腔菌 科()和 暗 壳 腔 菌 科()为优势真菌科,各科在不同处理中的丰度不同。小囊菌科在各处理中的占比由大到小依次为、和,各根际土壤处理组分别为 的 、和 。赤壳菌科在 和 处理中较 处理的丰度降低。鬼伞菌科()在 中丰度为 ,在 和 处理中丰度下降,处理中的丰度(.)是 处理中丰度()的 倍。假球壳菌科在 处理中丰度较高,分别是、处理的 、倍。防风根际土壤微生物群落结构相关性和差异性分析去除各处理组中未明确分类()的微生物群落 后,以科一级水平细菌和种一级真
18、菌的 制作韦恩图。由图 可知,不同处理土壤中共有的细菌 数为 个,分别占、江苏农业科学 年第 卷第 期 和 处理的 、和.。年生和对照组共有 个,年生和对照组共有 个,覆膜组和对照组共有 个,年生和覆膜组共有 个。各处理独有 数由高到低依次为:对照组(个)、年生(个)、覆膜组(个)、年生(个)。可见,共有 数在、处理中占 ,每 组处理的共有 数在 个,对照组独有的 数最多。年生独有 数最少,仅分别为 和 处理的 和 。由图 可知,不同处理土壤中共有的真菌 数 为 个,分 别 占、和 的.、和 。与土壤中独有的细菌 数在 处理中最低相反,处理中独有的真菌 数在 个处理中最高,为 个,其次为、和
19、处理。整体看来,与 相比,无论在细菌还是真菌的总 数上都逐渐减小,说明土壤中微生物群落的整体多样性在不断减少。中独有的细菌 数远小于,而独有真菌的 数则高于,从侧面说明了土壤有从“细菌型”向“真菌型”转变的趋势。为探明土壤微生物群落结构的差异性,对不同处理土壤样品的细菌和真菌群落组成相似度进行 聚类分析。由图 可以看出,个处理的土壤细菌群落大致可分成 类:非根际土壤 归为一类,与其他 个防风根际土壤的细菌群落组成相似度最低;和 归为一类,表明 年生和覆膜栽培防风根际土壤中细菌群落组成相似度最高;年生防风则介于前两类之间。由图 可以看出,土壤真菌群落的组成也可大致分为 类:和 归为一类,两者的组
20、成相似度最高;和 各归为一类,其中 的真菌群落结构相似度距离与其他 个处理的最远,表明覆膜栽培后其土壤中真菌群落结构经历了比较剧烈的变化。防风根际土壤理化因子分析通过对各处理土壤的理化因子分析发现(表),除总有机碳()、含水量()和 值外,作为对照的非根际土壤各项理化因子均与 年生和 年生防风有显著差异。除全氮()外,土壤中的全磷()、全钾()、硝态氮()和铵态氮()江苏农业科学 年第 卷第 期的含量均高于 和,随着生长年限的增加防风根际土壤中的 和 含量显著减少,和 含量无显著变化。虽然覆膜组较 年生组对土壤的 和 无显著影响,但其能够在一定程度上增加土壤的、和,其中对 和 的影响达显著水平
21、。此外覆膜后土壤的 值降低,与非根际土壤组、年生组和 年生组处理差异显著。土壤 含量在各处理间的差异均不显著,含量虽然在防风根际土壤中无显著差异,但其在、处理中的含量却远高于,分别为 的.、倍。表 各处理土壤的理化性质处理总有机碳含量()全氮含量()全磷含量()全钾含量()硝态氮含量()铵态氮含量()含水量()值 土壤微生物群落种类与理化因子的相关性分析为进一步探明不同处理土壤微生物群落种类与其理化因子之间的关系,对土壤中相对丰度前 的细菌和全部真菌(门水平)与土壤理化因子进行 相关性分析。如图 所示,在土壤中为优 势 菌 群 的 几 个 细 菌 门 中 除 变 形 菌 门()的丰度与、和 达
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