钩状木霉和哈茨木霉菌对人参土壤理化性质及真菌群落结构的影响.pdf
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1、 200中国土壤与肥料2023(7)doi:10.11838/sfsc.1673-6257.22370钩状木霉和哈茨木霉菌对人参土壤理化性质及 真菌群落结构的影响马莹莹1,2,金桥1,2,关一鸣1,2,张鹏3,潘晓曦1,2,张悦1,2,刘政波1,2,张舒娜1,2,闻正顺4,王秋霞1,2*1中国农业科学院特产研究所,吉林长春130112;2吉林省中药材种植(养殖)重点实验室,吉林长春130112;3吉林敖东世航药业股份有限公司,吉林敦化133700;4浙江海洋大学食品与药学学院,浙江舟山316022摘要:为研究不同木霉菌对栽培人参土壤的改良作用,分析木霉菌对土壤养分和土壤真菌群落结构与功能特征的
2、影响。采用人参盆栽试验,添加外源木霉菌(钩状木霉 DH3、MM3、MM4、Q74 种菌株和哈茨木霉 MM6 菌种)后,分析土壤理化性质以及土壤微生物群落多样性变化。添加不同外源木霉菌处理后人参土壤理化性质发生变化,土壤 pH 值无显著变化,土壤全氮、有机质、铵态氮、硝态氮、有效磷、速效钾含量显著增加(P0.05),而碳氮比(C/N)在添加木霉菌处理中降低,其中钩状木霉 MM3 和哈茨木霉 MM6 两株菌的理化性质表现最好。ITS 测序分析获得 703 个 OTUs,涵盖了 8 门、26 纲、46 目、86 科、141 属。木霉菌处理后土壤真菌微生物 多样性指数(ACE、Chao1)增加,尤其是
3、钩状木霉 MM3;钩状木霉 MM3 中的主要特征种群是肉座菌科(Hypocreaceae)和木霉菌属(Trichoderma),哈茨木霉 MM6 的主要特征种群是毛壳菌科(Chaetomiaceae)。冗余分析(RDA)发现,土壤C/N和硝态氮是影响土壤环境中微生物多样性的主要因素;相关分析表明,刺球菌属(Chaetosphaeria)与土壤全氮含量呈显著正相关,与 C/N 呈显著负相关。本结果为栽培人参土壤微生物改良和生物防治提供理论依据。关键词:人参;木霉菌属;土壤理化性质;冗余分析;真菌群落多样性;Spearman 分析人参(Panax ginsengC.A.Meyer)为五加科人参属多
4、年生草本植物,其干燥根是我国名贵的中草药1。人参种植主要分布在中国、韩国及朝鲜等地,吉林省东部是我国人参主产区2。伐林栽参是人参的主要栽培模式,严重破坏了生态平衡,现在国家严令禁止伐林栽参,近几年,栽培模式逐渐转向农田栽参3,农田土栽参的关键技术是土壤改良,人参的生长和品质形成对土壤环境要求严格,而普通农田土(前茬作物是玉米、大豆等)存在土壤容重低、易板结、养分低、次生盐渍化等问题4-5,有学者通过绿肥作物间作或轮作改良土壤质量,有效提高了人参的产量和皂苷含量6。人参根系与根际土壤微生物的相互影响作用被广泛关注。木霉菌(Trichodermaspp.)是一类土壤中广泛存在的真菌,适应性强,通过
5、拮抗其他植物病原菌抑菌,从而有效防治多种植物病害。木霉是最常用的生防真菌之一,如 T.virens、T.atoviride、T.harzianum7-9。人参栽培土壤中存在丰富的木霉菌资源,目前木霉菌生物菌肥已成为研究热点,为了进一步探索不同木霉菌对人参栽培土壤理化性质及微生物群落结构组成的影响,本研究以添加不同外源木霉菌处理栽培人参土壤为研究对象,通过土壤理化性质的不同以及利用 ITS 序列高通量测序技术研究不同木霉菌对农田土壤组成、真菌微生物群落结构的影响,旨在为人参栽培土壤改良技术和人参连作障碍提供科学依据和理论指导。1材料与方法1.1木霉菌株的获得木霉菌株均由中国农业科学院特产研究所提
6、供,于吉林省长白市抚松县万良镇地区采集的人参根部分离获得,经过形态学和分子生物学鉴定:收稿日期:2022-06-16;录用日期:2022-10-14基金项目:吉林省科技厅重点研发项目(20220202114NC);长春市科技发展计划项目(21ZGY17);舟山市科技合作项目(2021C13044);延边州科技发展计划项目(2021NS10)。作者简介:马莹莹(1988-),助理研究员,硕士,研究方向为药用植物病理学研究。E-mail:。通讯作者:王秋霞,E-mail:。201中国土壤与肥料2023(7)依次为哈茨木霉菌株 MM6、钩状木霉菌株 MM3、MM4、DH3、Q7。钩状木霉 MM3、哈
7、茨木霉 MM6已保存在中国普通微生物菌种保藏中心,保藏编号分别是 CGMCCNO.:19937、CGMCCNO.:19938;钩状木霉 MM3 菌株已经获得专利,授权专利号是ZL202011023723.5。将菌株在 PDA 培养基活化,于25恒温培养,备用。将菌株接种在 90mmPDA 平板上,7d 后待孢子长满板加入适量无菌水轻轻将孢子洗下,将孢子悬浮液分散至 6g/L 羧甲基纤维素钠(CMC)溶液中,获得孢子悬浮液,孢子含量为 1107个/mL。1.2试验设计及土壤样品的准备将农田土(未栽参的普通玉米田土壤,使用前用 0.25mm 网筛筛除秸秆石头等杂质)装入直径为 20cm 的花盆中,
8、选择大小一致且生长良好的一年生人参幼苗进行移栽,每盆 6 株,6 个处理即 MM3、MM4、DH3、Q7、MM6 的孢子悬浮液以及无菌水对照(CK),每个处理 3 次重复。将制备好的孢子悬浮液用无菌水稀释 50 倍液,人参幼苗先用孢子悬浮液蘸根处理,培土栽好后取 30mL孢子悬浮液灌根处理。盆栽放置人工气候室内,温度为 1728,相对湿度为 70%80%,定期浇水。从 2019 年 10 月至 2020 年 3 月,盆栽人参的一个生育期结束,收集每棵人参的根际土,每盆的根际土混和为一次重复。所有土壤样品一部分用于理化指标分析,另一部分留存在-80超低温冰箱中,用于土壤微生物总基因组提取鉴定。1
9、.3测定指标及方法土壤 pH 值采用 pH/ORP 酸度计测定;土壤全碳、全氮含量采用土壤碳氮元素分析仪测定;铵态氮、硝态氮通过连续流动分析仪(SEALAA3)测定;全磷采用碱熔-钼锑抗比色法测定10;有效磷采用 NaHCO3浸提法测定;速效钾采用火焰光度法测定11。1.4土壤真菌的高通量测序称取 0.2g 土壤样品,按照土壤基因组 DNA 提取试剂盒(天根生化科技有限公司,DP812)完成核酸的提取,通过酶标仪(synergyHTX)检测DNA 浓度。真菌核糖体编码基因相应区段的扩增及高通量测序服务由百迈克生物科技有限公司独立完成12,真菌多样性测序基于 IlluminaNovaSeq平台测
10、定。1.5数据统计和分析数 据 统 计 和 相 关 性 分 析 通过 Excel2013 和SAS9.0 完成;对测序得到的 RawReads 进行质量过滤,使用 Cutadapt(V1.9.1)进行引物序列的识别和去除,通过 overlap 进行双端序列拼接,使用 UCHIMEV8.1 鉴定并去除嵌合体,得到高质量数据。按照相似性 97%进行聚类分析(UPARSEpipeline,V7.0),将聚类结果同物种注释结合起来,最终结果显示出样品的 OTUs 和分类谱系13。Alpha 多样性指数分析:通过 QIIME2 计算 Shannon、Chao1 等多样性指数;通过 Canoco5.0 进
11、行理化因子和微生物多样性的冗余分析;采用 SPSS23.0 进行 Spearman 相关性分析。2结果与分析2.1土壤理化性质不同木霉菌处理的土壤种植人参经过一个生育期后,土壤样品理化性质见表 1。不同木霉菌处理的土壤 pH 和有机质含量与 CK 无明显差异。添加木霉菌(DH3、MM3、MM4、MM6 和 Q7)处理的土壤全氮含量均高于普通农田土 CK 处理(P0.05)。不 同 木 霉 菌 处 理 碳 氮 比(C/N)显 著 低 于 CK(P0.05);5 种处理土壤铵态氮、硝态氮含量均高于 CK,其中 MM3、MM6 差异显著,MM6 的铵态氮含量最高,MM3 的硝态氮含量最高;处理组的有
12、效磷和速效钾含量与 CK 差异显著,均高于 CK,MM4 处理的有效磷和速效钾含量最高,DH3 和MM3 次之。结果表明,栽培人参过程中,不同木霉菌处理能够改变土壤理化性质,使土壤中 C/N 下降,钩状木霉和哈茨木霉能提高土壤中的全氮、铵态氮、硝态氮、有效磷以及速效钾含量。2.2测序数据分析2.2.1不同木霉菌处理下土壤真菌 OTU 水平分析及多样性分析以不同生防菌处理的 18 个人参根际土壤样品为研究对象,真菌 ITS 区段测序得到 1440831 个双端 reads。以 97%相似性等参数评估,过滤处理获得高质量序列,过滤嵌合体后 ITS1 测序分析共得到 1410388 条序列,单个土壤
13、样品变化范围为70607 79397 条,以上序列被保留用作进一步分析。所有样品 ITS1 测序一共得到 703 个 OTUs,不同样品 OTU 数目变化范围为 241 405 个。202中国土壤与肥料2023(7)表 1土壤理化因子比较理化因子DH3MM3MM4MM6Q7CKpH5.430.21a5.390.04a5.430.07a5.420.06a5.440.02a5.440.03a全氮(g/kg)3.430.37bc3.700.36ab3.910.38ab4.040.39a3.620.33ab2.930.28c有机质(g/kg)43.344.27a42.914.33a44.321.91a
14、45.713.38a46.142.34a39.630.54aC/N12.660.72ab11.661.57b11.360.83b11.381.47b12.770.56ab13.581.42a全磷(g/kg)1.080.02b1.120.03ab1.120.02ab1.140.03a1.150.03a1.130.03ab全钾(g/kg)4.460.05ab4.480.11ab4.430.14b4.640.17ab4.500.36ab4.780.12aNH4+-N(mg/kg)89.732.22c104.076.69b86.314.26c120.804.68a85.666.98c82.992.32
15、cNO3-N(mg/kg)16.153.36b27.388.27a13.232.28b24.822.46a11.520.63b10.412.89b有效磷(mg/kg)9.801.15ab9.360.25b11.051.71a8.780.92b9.250.39b8.380.22b速效钾(mg/kg)112.9911.10a95.097.70b116.8912.39a93.523.29b82.250.95bc74.074.04c注:小写字母不同表示处理间差异显著(P0.05)。下同。从图 1 中可看出,随着测序量的增加,所有样品的稀释曲线呈先上升后趋于平缓的趋势,当序列数目大于 25000 条后进
16、入平台期,说明测序数据量合理,测序深度足够覆盖土壤样品中的真菌群落。不同处理下土壤真菌群落的 Alpha 多样性表现出不同差异,Chao1 和 ACE 指数反映物种丰富度,从表 2 看出,两项指数除 Q7 与 CK 差异较小外,MM3、MM6、DH3、MM4 的土壤样品真菌物种丰富程度高于 CK,其中 Chao1 指数差异性显著;Simpson 和 Shannon 指数用于衡量菌群多样性,指数越大,菌群多样性越高。表 2 的数据显示,MM3、MM6、Q7 土壤样品的真菌菌群多样性较高,DH3 和 MM4 的真菌菌群多样性低于普通农田土。图 1不同处理土壤真菌的稀释曲线 203中国土壤与肥料20
17、23(7)表 2不同处理中真菌 Alpha 多样性指数处理OTUACE 指数Chao1 指数Simpson 指数Shannon 指数CK29144a299.5846.93a301.0347.38b0.92510.03a5.250.61aDH334779a355.8284.71a359.1683.28ab0.92550.02a5.210.77aMM338334a393.8034.01a403.1725.63a0.92560.05a5.470.58aMM4 3535a362.181.74a367.833.81ab0.88850.04a4.960.08aMM634585a351.5982.77a 3
18、58.0086.61ab0.92700.05a5.550.75aQ729237a300.9936.93a305.7238.82ab0.94840.03a5.870.63a2.2.2不同木霉菌处理下土壤真菌群落结构特征ITS1 所有序列中,除少数未知真菌序列未被分类外,在门的水平上以子囊菌门(Ascomycota)所占比例最大,为 50.36%67.47%,余下依次分别为被孢霉菌门(Mortierellomycota)(5.12%31.70%)、担 子 菌 门(Basidiomycota)(4.86%10.28%)、壶 菌门(Chytridiomycota)(0.61%5.76%)和 球 囊 菌
19、 门(Glomeromycota)(0.30%3.01%)。在纲的水平共鉴定 26 纲,前 6 位依次为粪壳菌纲(Sordariomycetes)(31.09%61.77%)、被孢霉纲(Mortierellomycetes)(5.12%31.70%)、银耳纲(Tremellomycetes)(0.74%5.24%)、散囊菌纲(Eurotiomycetes)(2.90%6.60%)、伞 菌 纲(Agaricomycetes)(0.67%9.54%)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)(1.19%2.16%)。在目的水平上,共鉴定 46 目,大于 1%的序列共 22 个目。在科水平上,共鉴定8
20、6 科,大于 1%的序列共 27 个科。在属水平上,共鉴定 141 属,大于 1%的序列共 17 个属。添加外源木霉菌后,栽培人参土壤微生物群落发生变化明显,在门的分类水平下,以子囊菌门为优势菌群,不同木霉菌处理土壤样品相对丰度均高于 CK,MM6 处理的相对丰度最高(图 2a);在属水平上(图 2b),木霉菌处理组和 CK 的共同优势真菌为被孢霉属(Mortierella),CK 的相对丰度较高的优势真菌分别为乳菇属(Lactarius)、圆孢霉属(Staphylotrichum)、镰刀菌属(Fusarium);处理组与 CK 相比较相对丰度差异较大的优势真菌分别为木霉菌属(Trichode
21、rma)、腐质霉属(Tausonia、Humicola)。图 2不同处理中真菌门水平和属水平系统分类 204中国土壤与肥料2023(7)图 4LEfSe 分析进化分枝图2.2.3不同样品中真菌群落结构的多样性分析根据 18 个土壤样品中不同真菌 OTU 的丰度值,利用非度量多维尺度法(NMDS)通过降维排序方法进行多样性分析。结果显示,钩状木霉MM3、MM4 和哈茨木霉 MM6 的距离相对较近,说明 3 种木霉菌处理的土壤真菌群落结构最为相似,与普通农田土位点相距较远,菌群结构存在明显差异;Q7 处理的土壤样品距离其他木霉菌处理的土壤样品距离较远,说明 Q7 与其他处理的真菌群落结构差异较大。
22、在 NMDS 可信度检验中,Stress=0.1541,说明此分析结果(图 3)可信。图 3不同样品中真菌群落多样性的 NMDS 分析2.2.4不同样品中组间真菌显著差异物种分析以所有样品的根际真菌类群为研究对象,利用LDAEffectSize(LEfSe)在不同组间不同分类水平分析具有统计学差异的微生物物种(图 4)。MM3处理中的标志性种群包括肉座菌科(hypocreaceae)和木霉菌属(Trichoderma),MM4 处理中的标志性种群是腐质霉属(Humicola),MM6 处理中的标志性种群是毛壳菌科(Chaetomiaceae),CK 的标志性种群是乳菇属(Lactarius)。
23、2.3土壤理化性质与微生物多样性的关联性分析对土壤理化因子与真菌门分类等级开展冗余分析(图 5),Axis1 和 Axis2 共同解释了变量的41.2%,前 4 个 Axis 解释度达到 98.98%,两个轴能够反映土壤理化因子对土壤真菌群落的影响。结果表明,C/N、硝态氮含量与真菌 Ascomycota、Basidiomycota 相关,其中 C/N 与 Basidiomycota 呈显著正相关,与 Ascomycota 呈显著负相关;硝态氮与 Chytridiomycota 呈显著正相关,与 Basidiomycota、Mortierellomycota 呈显著负相关;以上土壤理化因子和真
24、菌群落的关系受添加不同种类木霉菌影响。为探究土壤理化性质与土壤真菌群落组成之间的关系,对相对丰度前 20 位的真菌菌属和土壤环境因子测定值进行了相关性分析(图 6),结果表明,刺球菌属(Chaetosphaeria)与土壤全氮含量呈显著正相关,与 C/N 呈显著负相关;Tausonia 和镰刀菌属(Fusarium)与土壤速效钾含量呈显著正相关;Arcopilus 与土壤全磷含量呈负相关,与土壤速效钾含量呈显著正相关;青霉菌属(Penicillium)和毛壳菌属(Chaetomium)与土壤 C/N 呈负相关;乳菇属(Lactarius)、类球囊霉属(Paraglomus)、圆孢霉属(Stap
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