史继红-西南医科大学图书馆.ppt
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1、基于PubMed开发的医学文献分析工具 本地PubMed 史继红史继红史继红史继红 哈尔滨医科大学图书馆哈尔滨医科大学图书馆哈尔滨医科大学图书馆哈尔滨医科大学图书馆 2024/5/1 周三周三1 1.文献分析工具 2.本地PubMed 3.本地PubMed的特点 4.如何使用本地PubMed2024/5/1 周三周三2如果我们使用大数据分析工具,进行科研选题分析,结果会怎样?如果我们使用大数据分析工具,进行科研选题分析,结果会怎样?阿里巴巴公司本阿里巴巴公司本质上是一家数据公司,质上是一家数据公司,做淘宝的目的不是为做淘宝的目的不是为了卖货,而是获得所了卖货,而是获得所有零售的数据和制造有零售
2、的数据和制造业的数据;业的数据;做物流不是为了做物流不是为了送包裹,而是这些数送包裹,而是这些数据合在一起。据合在一起。阿里巴巴对一个阿里巴巴对一个人的了解程度远远超人的了解程度远远超过你自己,电脑会比过你自己,电脑会比你更了解你。你更了解你。1985年,芝加哥大学的年,芝加哥大学的Don.R Swanson教授,在研教授,在研究时偶然发现以雷诺氏病生理改变作为中间词,可将以鱼究时偶然发现以雷诺氏病生理改变作为中间词,可将以鱼油和雷诺氏病为主题词分别检索到的两组原本无联系的文油和雷诺氏病为主题词分别检索到的两组原本无联系的文献联系起来,得出鱼油有助于雷诺氏病的治疗结论。于是,献联系起来,得出鱼
3、油有助于雷诺氏病的治疗结论。于是,Swanson提出了提出了基于文献的知识发现基于文献的知识发现(Literature-based Discovery)理论。理论。事实证明,事实证明,Swanson开发的开发的Arrowsmith分析系统,分析系统,发现了大量的新知识。发现了大量的新知识。2000年,美国情报科学与技术学年,美国情报科学与技术学会会(ASIST)因为其独特的情报学方法授予他该学会的最因为其独特的情报学方法授予他该学会的最高成就奖。高成就奖。目前,除了目前,除了Arrowsmith分析系统外,常用的文献分析软件还分析系统外,常用的文献分析软件还有:有:HistCite;Bibex
4、cel;SATI;Thomson Data Analyzer;CiteSpace;Pajek;Ucinet;Vosviewer;SPSS;Aureka;RefViz等,以及完全基于等,以及完全基于PubMed开发的德国的开发的德国的GoPubMed;中国;中国的的bdPubMed;美国的;美国的Anne OTate、PubFocus以及欧洲的以及欧洲的CiteXplore等。等。基于共词分析技术的基于共词分析技术的Arrowsmith工具可以作工具可以作为专业人员的科研辅助工具,引导科研人员认识和发为专业人员的科研辅助工具,引导科研人员认识和发现不同科学、不同研究方向之间潜在的有科学价值的现不
5、同科学、不同研究方向之间潜在的有科学价值的信息,以便进一步证实科学假设的可行性。信息,以便进一步证实科学假设的可行性。http:/arrowsmith.psych.uic.edu/1.1.ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介在此,以在此,以“虫草素与肠虫草素与肠粘膜屏障功能稳定的潜粘膜屏障功能稳定的潜在相关性研究在相关性研究”为例,介为例,介绍绍Arrowsmith的使用方法。的使用方法。ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介以虫草素以虫草素“cordycepi
6、nab”的检索结果为文献的检索结果为文献A集合集合ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介以肠黏膜以肠黏膜“Intestinal MucosalTI”的检索结果为文献的检索结果为文献C集合集合ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介截至截至2014年年10月月25日日,文献文献A和和C的的检索结果分别为检索结果分别为795和和801篇,篇,A和和C之间没有共同的检索词出现,而运之间没有共同的检索词出现,而运用用Arrowsmith工具,则工具,则A和和C文献中文献中共
7、同出现的词语形成的共同出现的词语形成的B集合中共有集合中共有861个词。个词。ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介 利用利用Arrowsmith中语义过滤器以中语义过滤器以“Chemicals&Drugs”、“Genes&Molecular Sequences,and Gene&Protein Names”、“Physiology”进行进行语义过滤,去除不相关的词。语义过滤,去除不相关的词。ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介根据语义过滤,去除文献根据语义过滤
8、,去除文献B中中不相关或相关度小的词。不相关或相关度小的词。ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介结合文献全文发现,结合文献全文发现,蛹虫草对炎性肠蛹虫草对炎性肠病及消化系统疾病高度相关病及消化系统疾病高度相关,但用以,但用以治疗是否有效,需要在后续的临床研治疗是否有效,需要在后续的临床研究中加以验证。究中加以验证。ArrowsmithArrowsmith知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介知识发现系统简介参考:李文林参考:李文林,潘苏华潘苏华,关洪月关洪月.基于基于Arrowsmith 探讨虫草素与肠粘探讨虫草素与
9、肠粘膜屏障功能稳定的潜在相关性膜屏障功能稳定的潜在相关性.医学信息医学信息,2009,22(12):2684-2687.CiteSpace 是一种是一种基于基于JAVAJAVA的可视化文献分析软件的可视化文献分析软件,能够显示一能够显示一个学科或知识个学科或知识领域领域在一定时期在一定时期的的发展趋势、动向及发展趋势、动向及研究研究热热点,点,发现发现若干若干个个研究领域的演进历程。研究领域的演进历程。http:/cluster.cis.drexel.edu/cchen/citespace/http:/cluster.cis.drexel.edu/cchen/citespace/*2.Cite
10、Space3.SPSS SPSS是世界上最早采用图形菜单驱动界面的统计软件,是世界上最早采用图形菜单驱动界面的统计软件,最突出的特点就是操作界面极为友好,输出结果美观漂亮。最突出的特点就是操作界面极为友好,输出结果美观漂亮。4.GoPubMed系统系统GoPubMed 2006年年由德国由德国Transinsight公司公司和德国和德国Technical University Dresden合作开合作开发发,以以PubMed为为数据源、以数据源、以语义检语义检索索为为技技术术的的生命科学文献搜索引擎。生命科学文献搜索引擎。GoPubMed是利用生物信息学相关知识开发的一个可以对是利用生物信息学
11、相关知识开发的一个可以对PubMed检索结果进行聚类、分析的工具检索结果进行聚类、分析的工具/智能搜索引擎。智能搜索引擎。利用基因本体(利用基因本体(gene ontology)和医学主)和医学主题词题词表(表(mesh terms)对对文献文献进进行全面分析行全面分析。高度相关的概念高度相关的概念各类统计分析各类统计分析各类统计分析各类统计分析Top YearsTop CountriesTop CitiesTop JournalsTop AuthorsTop TermsGoPubMed系统系统课题发展趋势课题发展趋势GoPubMed系统系统地区分布图地区分布图GoPubMed系统系统作者合作
12、网络作者合作网络GoPubMed系统系统http:/arrowsmith.psych.uic.edu/cgi-bin/arrowsmith_uic/AnneOTate.cgi5.Anne OTate伊利诺伊大学芝加哥分校开发伊利诺伊大学芝加哥分校开发Anne OTate对对PubMed检索结果检索结果按照重要的单词、按照重要的单词、MeSH词、所词、所属单位、作者姓名、期刊和出版年属单位、作者姓名、期刊和出版年进行分组,点击给定的分组名称即进行分组,点击给定的分组名称即可显示该组别中的所有文章。可显示该组别中的所有文章。http:/cbdm.mdc-berlin.de/medlineranke
13、r/cms/medline-ranker6.medline-ranker 马克斯马克斯德尔布吕克分子医学中心德尔布吕克分子医学中心开发开发medline-ranker与用户输入的某个主题相比与用户输入的某个主题相比较,自动推断出一组非常有判断力的单词,较,自动推断出一组非常有判断力的单词,再再用用这些单词对相关的文章进行评分和排序。这些单词对相关的文章进行评分和排序。PubFocus按照按照PubMed期刊的影响因子、作者期刊的影响因子、作者贡献水平等多种因素对文献贡献水平等多种因素对文献结果结果进行排序,用户进行排序,用户可可以以找到某一学科或某领域内最有影响力或最多找到某一学科或某领域内最
14、有影响力或最多产出的作者,或了解某学校产出的作者,或了解某学校某某领域内哪领域内哪些些期刊期刊发表的文章最多。发表的文章最多。7.7.PubFocusPubFocus 南加州大学洛杉矶分校南加州大学洛杉矶分校开发开发 讲授内容讲授内容 1.关于大数据分析工具 2.什么是本地PubMed 3.本地PubMed的特点 4.如何使用本地PubMed2024/5/1 周三周三26 1.1.什么是本地什么是本地PubMedPubMed(bdPubMedbdPubMed)本地本地本地本地PubMedPubMedPubMedPubMed是华中科技大学同济医学院与是华中科技大学同济医学院与是华中科技大学同济医
15、学院与是华中科技大学同济医学院与济南泉方科技有限公司合作开发的济南泉方科技有限公司合作开发的济南泉方科技有限公司合作开发的济南泉方科技有限公司合作开发的本地化的数本地化的数本地化的数本地化的数据库系列产品据库系列产品据库系列产品据库系列产品,在,在,在,在PubMedPubMedPubMedPubMed基础上,参考基础上,参考基础上,参考基础上,参考Web of Web of Web of Web of ScienceScienceScienceScience、Google ScholarGoogle ScholarGoogle ScholarGoogle Scholar、GoPubMedGo
16、PubMedGoPubMedGoPubMed等,开等,开等,开等,开发出的发出的发出的发出的新一代多功能外文医学文献检索平台新一代多功能外文医学文献检索平台新一代多功能外文医学文献检索平台新一代多功能外文医学文献检索平台,可以可以可以可以准确、快速、高效、方便准确、快速、高效、方便准确、快速、高效、方便准确、快速、高效、方便地提供地提供地提供地提供最优质的最优质的最优质的最优质的医学文献资源服务医学文献资源服务医学文献资源服务医学文献资源服务。2024/5/1 周三周三272024/5/1 周三周三30为什么要本地化?为什么要本地化?为什么要本地化?为什么要本地化?理由理由1 1:当当PubM
17、edPubMed不能正常访问时,如不能正常访问时,如2 2011011年,年,20122012年,年,20132013年均出现过短暂的(有时长年均出现过短暂的(有时长达一个月以上)无法访问,本地化不受影响。达一个月以上)无法访问,本地化不受影响。理由理由2 2:医院内部局域网因为安全考虑,一般是不能医院内部局域网因为安全考虑,一般是不能访问外网的,本地访问外网的,本地P PubMedubMed可以安装在医院内可以安装在医院内网,方便院内不能访问外网时使用。网,方便院内不能访问外网时使用。讲授内容讲授内容 1.关于大数据分析工具 2.什么是本地PubMed 3.本地PubMed的特点 4.如何使
18、用本地PubMed2024/5/1 周三周三31 期刊影响因子参期刊影响因子参考考SCISCI发布的期发布的期刊引证报告刊引证报告JCRJCR 被引被引频次频次参考参考Google ScholarGoogle Scholar 检索方法、检索检索方法、检索界面及检索结果界面及检索结果与与PubMedPubMed一致一致PubMedG&G SCI 一般数据一般数据结果分析结果分析参考参考GoPubMedGoPubMed 2024/5/1 周三周三32与与PubMedPubMed相比具有以下特点相比具有以下特点:可以在可以在PubMedPubMed不能访问时不能访问时使用使用;部分文献可以部分文献可
19、以显示参考文献及引证文献显示参考文献及引证文献列表;列表;增加了增加了期刊影响因子或论文被引频次过滤功期刊影响因子或论文被引频次过滤功能能;增加了增加了知识图谱、共词分析、高知识图谱、共词分析、高IFIF论文、高论文、高TCTC论文论文等特殊数据分析功能;等特殊数据分析功能;增加了增加了一般数据统计分析功能;一般数据统计分析功能;(6)6)在线申请全文,在线申请全文,通过与本单位图书馆资源及馆际互通过与本单位图书馆资源及馆际互借系统相关联。借系统相关联。2024/5/1 周三周三33突出特色强大的数据分析功能快速了解某主题的文献分布情况快速定位某领域的快速定位某领域的高影响力文献高影响力文献快
20、速选择某领域的快速选择某领域的高质量期刊文献高质量期刊文献 快速分析某主题的快速分析某主题的发展趋势发展趋势揭示主题概念间的揭示主题概念间的内在联系内在联系特殊数据分析特殊数据分析特殊数据分析特殊数据分析PubMedPubMed检索检索检索检索过滤功能过滤功能过滤功能过滤功能统计分析统计分析统计分析统计分析 本地本地本地本地PubMedPubMedPubMedPubMed通过参考各种分析工具,通过参考各种分析工具,将将检索结果的深入分析检索结果的深入分析及全文获取及全文获取整合在一整合在一个平台下个平台下,比较适用于对比较适用于对PubMedPubMed检索结果有检索结果有深度分析需求深度分析
21、需求的用户(医学院校和大型医院)的用户(医学院校和大型医院),尤其适用于,尤其适用于不能提供不能提供SCISCI检索服务和外文检索服务和外文全文库比较少的机构全文库比较少的机构。2024/5/1 周三周三36 讲授内容讲授内容 1.关于大数据分析工具 2.什么是本地PubMed 3.本地PubMed的特点 4.如何使用本地PubMed2024/5/1 周三周三374.4.4.4.如何使用本地如何使用本地如何使用本地如何使用本地PubMedPubMedPubMedPubMed查找糖尿病肾病查找糖尿病肾病(Diabetic NephropathyDiabetic Nephropathy)方面的文献
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