《蛋白组学》.ppt
《《蛋白组学》.ppt》由会员分享,可在线阅读,更多相关《《蛋白组学》.ppt(103页珍藏版)》请在咨信网上搜索。
1、第三章第三章 蛋白质组与蛋白质组学蛋白质组与蛋白质组学1整理ppt 第第一节一节 蛋白质组与蛋白质组学的定义蛋白质组与蛋白质组学的定义 蛋白质组 protein+genome proteome 一种基因组所表达的全部蛋白质 一个细胞或一个机体的基因所表达的全部蛋白质2整理ppt蛋白质组学l阐明生物体全部蛋白质的表达模式与功能模式l从整体的角度分析、鉴定细胞内动态变化的蛋白质的组成、结构、性质、表达水平与修饰状态l了解蛋白质之间、蛋白质与大分子之间的相互作用与联系,揭示蛋白质的功能与细胞生命活动的规律 一、蛋白质组与蛋白质组学的定义一、蛋白质组与蛋白质组学的定义3整理ppt蛋白质组学研究意义和背
2、景 l目前功能基因组中所采用的策略,如基因芯片、基目前功能基因组中所采用的策略,如基因芯片、基因表达序列分析等,都是从细胞中因表达序列分析等,都是从细胞中mRNA的角度来的角度来考虑的,其前提是细胞中考虑的,其前提是细胞中mRNA的水平反映了蛋白的水平反映了蛋白质表达的水平。但事实并不完全如此,质表达的水平。但事实并不完全如此,4整理pptlDNA mRNA 蛋白质蛋白质转录水平调控转录水平调控翻译水平调控翻译水平调控翻译后修饰翻译后修饰蛋白质的亚细胞定位蛋白质的亚细胞定位蛋白质之间的互相作用蛋白质之间的互相作用蛋白质组学的研究意义和背景5整理pptDNAmRNA蛋白质转录翻译基因蛋白质细胞特
3、异性基因表达生理状态蛋白质相互作用温度应激状态培养条件药物作用数量有限结构相对稳定复杂性多变性直接反应生命现象复杂的调控6整理pptl蛋白质组学一经出现,就有两种研究策略。蛋白质组学一经出现,就有两种研究策略。l一种可称为一种可称为“竭泽法竭泽法”,即采用高通量的蛋白质,即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质。有的蛋白质。(全蛋白组的研究)(全蛋白组的研究)l另一种策略可称为另一种策略可称为“功能法功能法”,即研究不同时期,即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化,如蛋白质在不同环境细胞蛋白质组成的变化,如蛋白质在不同环境下的差
4、异表达,以发现有差异的蛋白质种类为下的差异表达,以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。为研究生命现象的手段和方法。(差异表达的(差异表达的蛋白质组)蛋白质组)蛋白质组学研究的策略蛋白质组学研究的策略7整理ppt蛋白质组学研究的范围蛋白质组学研究的范围l蛋白质的表达模式蛋白质的表达模式 l蛋白质翻译后修饰研究蛋白质翻译后修饰研究 l蛋白质蛋白质-蛋白质相互作用的研究蛋白质相互作用的研究8整理ppt二、蛋白质组学的研究方法二、蛋白质组学的研究方法 差异蛋白组学差异蛋白组学9整理ppt生物学问题生物学问题
5、的提出的提出实验模型实验模型的设计的设计实验组和对照组实验组和对照组样品的制备样品的制备蛋白样品的蛋白样品的IEF和和PAGE电泳分离电泳分离图像扫描和初步分析图像扫描和初步分析感兴趣感兴趣蛋白点蛋白点的切取的切取胰酶胰酶对脱色后蛋白质的消化对脱色后蛋白质的消化质谱质谱的多肽指纹图、微测序分析的多肽指纹图、微测序分析质谱结果的质谱结果的生物信息学生物信息学分析和比对分析和比对新蛋白质的发现新蛋白质的发现其它实验其它实验的进一步的进一步验证验证蛋白信息的蛋白信息的初步获得初步获得10整理ppt第一步、蛋白质分离蛋白质组分析的首要要求l将来自于全细胞、组织或生物体中所包含将来自于全细胞、组织或生物
6、体中所包含的多达几千种混合蛋白质进行分离、检测的多达几千种混合蛋白质进行分离、检测和分析和分析。Pellet and extract supernatant Sonicate in lysis buffer11整理ppt样品制备样品制备要求:重复性好要求:重复性好 蛋白质损失少蛋白质损失少 无核酸无核酸 去除高丰度或无关蛋白去除高丰度或无关蛋白 浓度浓度12整理ppt 以肿瘤蛋白质组学研究为例说明以肿瘤蛋白质组学研究为例说明肿瘤蛋白质的来源肿瘤蛋白质的来源(1)以肿瘤细胞为研究材料l不同的肿瘤细胞;l正常细胞与癌变细胞优点优点:易获得易获得缺点缺点:这些细胞系从组织中分离出来并经体这些细胞系从
7、组织中分离出来并经体 外培养后蛋白质会发生许多变化外培养后蛋白质会发生许多变化13整理ppt(2)外科手术切除的肿瘤组织外科手术切除的肿瘤组织优点优点:来源较为方便来源较为方便缺点缺点:整个组织包括基质,纤维原细胞,免疫整个组织包括基质,纤维原细胞,免疫细胞等,组织匀浆困难,不易分离总蛋白而蛋细胞等,组织匀浆困难,不易分离总蛋白而蛋白质组研究需要的通常是白质组研究需要的通常是单一单一的细胞类型。的细胞类型。14整理ppt(3)以激光捕获显微切割()以激光捕获显微切割(LCM)肿瘤)肿瘤细胞细胞LCM是直接从冰冻或石蜡包埋肿瘤组织切片中获是直接从冰冻或石蜡包埋肿瘤组织切片中获取细胞。它是用乙烯醋
8、酸盐聚合体膜覆盖在被选取细胞。它是用乙烯醋酸盐聚合体膜覆盖在被选择的细胞上,然后用红外激光熔化膜,这时膜与择的细胞上,然后用红外激光熔化膜,这时膜与组织在目标位置牢固结合,当膜被提起时,仅目组织在目标位置牢固结合,当膜被提起时,仅目的细胞留在膜上。的细胞留在膜上。优点:能准确切取肿瘤细胞优点:能准确切取肿瘤细胞缺点:需昂贵的仪器缺点:需昂贵的仪器15整理ppt第二步、蛋白质的分离第二步、蛋白质的分离二维色谱二维色谱毛细管电泳毛细管电泳 双向电泳双向电泳(2DE)Ettan DALTsixEttan IPGphor IEF unit16整理pptl2-DE技术依然是大多数蛋白质组研究中分离复杂蛋
9、白质混合物的首选技术。大鼠肝线粒体蛋白质组图谱大鼠肝线粒体蛋白质组图谱17整理ppt1、双向凝胶电泳、双向凝胶电泳(2DE)第一向第一向:等电聚焦(等电聚焦(IEF)第二向第二向:SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)Ettan IPGphor IEF unitEttan DALTsix18整理ppt等电聚焦等电聚焦是利用蛋白质分子的等电点不同,是利用蛋白质分子的等电点不同,在一个稳定的、连续的、线形在一个稳定的、连续的、线形pHpH梯度中进行梯度中进行蛋白质的分离和分析。蛋白质的分离和分析。pH3pH10+-+-+-+-+Time0+-+-+-+-+Time1-+T
10、ime219整理pptSDS-PAGESDS-PAGE电泳电泳是根据是根据SDSSDS和还原试剂将蛋和还原试剂将蛋白质分子解聚后亚基的大小,在恒定的白质分子解聚后亚基的大小,在恒定的pHpH缓冲系统中的分离。缓冲系统中的分离。20整理ppt21整理ppt2、2D DIGE22整理ppt2D-DIGEl差异凝胶电泳技术(difference gel electrophoresis,DIGE),其可以将三个样品用Cy2、Cy3、Cy5染料染色后,等量混合,在同一块胶上进行双向电泳分离,这样可以降低胶条和操作带来的误差。15 min,4 C in the darkQuench with lysine
11、30 min,4 Cin the darkAdd dye to protein400 pmol dyeper 50 mg proteinReconstitute the dyes23整理pptSeparate by 2D-PAGEPooled internal standardLabel with Cy2Protein extract 2Label with Cy5Protein extract 1Label with Cy3Mix labelled samplesVolumes expressed as ratios relative to pooled internal standardD
12、 DI IG GE E 流流程程图图凝凝胶胶内内差差异异显显示示电电泳泳24整理pptCy2-labeled internal standardCy3-labeled controlCy5-labeled disease第三步、凝胶内蛋白质差异分析 25整理pptDeCyder softwarelDesigned to detect and match fluorescent 2D images lLoad up to 18 image pairs.lDeCyder software automatically:Co-detects image pairsRemoves backgroundR
13、emoves dust particlesNormalises imagesMatches up to 18 image pairst-test and ANOVA calculated for each spot setData displayed as Trend analysis graph26整理ppt27整理pptcontroldiseaseVolume ratio=2.8728整理ppt第四步、质谱鉴定第四步、质谱鉴定l质谱技术是蛋白质组学研究中最为广泛使用的蛋白质鉴定技术。其基本原理是样品分子 离子化后,根据不同离子间质荷比(M/Z)的差异来分离并确定分子质量。Atmospher
14、eVacuum SystemSample InletDetectorData SystemMass AnalyserIonisation Method29整理ppt质谱分析lMALDI-TOF-MSlLC-MS-MS30整理ppt 通过数据库的比对获取感兴趣的蛋白质通过数据库的比对获取感兴趣的蛋白质的相关研究,来进一步地进行研究!的相关研究,来进一步地进行研究!31整理ppt 蛋白质亲和层析 亲和印迹 免疫沉淀 交联 酵母双杂交 噬菌体展示 生物传感芯片质谱 蛋白质工程中的定点诱变技术 一、蛋白质蛋白质研究方法研究方法传统技术传统技术新技术新技术第五步第五步 蛋白质相互作用的研究方法蛋白质相互
15、作用的研究方法32整理ppt一、蛋白质蛋白质蛋白质相互作用的研究方法蛋白质相互作用的研究方法 1.酵母双杂交系统 2.噬菌体展示 3.生物传感芯片质谱 4.定点诱变技术33整理ppt 1.1.酵母双杂交系统酵母双杂交系统 DNA-BD具有与报告基因转录调控区特异结合的功能,DNA-AD则具有活化转录的功能。报告基因一、蛋白质蛋白质34整理pptlDNA-BD和DNA-AD分开时不能激活转录,只有当两者在空间上接近时,才能呈现转录因子的活性。l只有当蛋白质X与蛋白质Y间发生相互作用时,才能激活报告基因的转录,而当两者单独作用时均无此功能。一、蛋白质蛋白质35整理ppt2、噬菌体展示技术1、以改造
16、的噬菌体为载体。2、cDNA基因片段定向插入噬菌体外壳蛋白基因区。36整理ppt2、噬菌体展示技术3、使外源蛋白表达并展示于噬菌体表面。4、通过亲和富集法筛选表达有特异蛋白质的噬菌体。37整理pptn n抗原表位的筛选 n n蛋白相互作用筛选 n n酶的底物和拮抗剂的筛选 n n受体的激活剂和拮抗剂的筛选 2、噬菌体展示技术38整理ppt蛋白质组研究的技术路线流程图蛋白质组研究的技术路线流程图样品样品细胞、组织、体液细胞、组织、体液双向电泳双向电泳电转印到膜上电转印到膜上图像分析、数据处理图像分析、数据处理胶上原位酶切胶上原位酶切肽混合物肽混合物MALDI/TOF/MS肽质量指纹谱肽质量指纹谱
17、数据库检索数据库检索数据库检索数据库检索蛋白质鉴定蛋白质鉴定Edman降解降解氨基酸分析氨基酸分析ESI/MS/MSPSD/MALDI/TOF/MS肽序列标签肽序列标签氨基酸组成氨基酸组成N端序列端序列39整理ppt四、蛋白质组研究四、蛋白质组研究在医学中的应用在医学中的应用40整理ppt(一)用于疾病诊断的研究(一)用于疾病诊断的研究l结核病:结核杆菌的诊断结核病:结核杆菌的诊断l恶性肿瘤的诊断:确定新的肿瘤标志物恶性肿瘤的诊断:确定新的肿瘤标志物肿瘤类型肿瘤类型肿瘤相关性蛋白质肿瘤相关性蛋白质肺癌肺癌乳腺癌乳腺癌膀胱癌膀胱癌直结肠癌直结肠癌肾细胞癌肾细胞癌卵巢癌卵巢癌前列腺癌前列腺癌神经母
18、细胞癌神经母细胞癌TAO1,TAO2P50.9Psoriasin,Galectin,StratifinCalgranulin BUbiquinol,Cytochrome C reductaseOP18,PHSP60,HSP90,Calreticulin,Tropomysin-1,2Oncoprotein 18,Elongation factor 2,Glutathion S,et al.P19/nm23-HI41整理ppt(二)用于发病机制的研究(二)用于发病机制的研究l阐明肿瘤发病机制阐明肿瘤发病机制l神经科学,包括学习、记忆的机制,以神经科学,包括学习、记忆的机制,以及神经病变机制研究及神
19、经病变机制研究42整理ppt(三)用于药物开发(三)用于药物开发l开发抗肿瘤新药开发抗肿瘤新药l抗感染疫苗研究抗感染疫苗研究l药物毒理研究药物毒理研究l致病菌耐药性研究致病菌耐药性研究43整理ppt五、蛋白质组学研究中的困难五、蛋白质组学研究中的困难1.2-D电泳胶上的点只是细胞蛋白质中的一小部分,大部分不能被显示。2.难溶于水或分子量大于18万的蛋白质难于在 2-D胶上显示。3.质谱技术虽有较高的灵敏度,但对来自2-D胶上的许多低丰度的蛋白质仍不能鉴定。44整理ppt4.蛋白质的修饰对于蛋白质组蛋白质种类的确定将是一种“无限”的工作。5.蛋白质组研究任务是我们面临的“无尽挑战”。45整理pp
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 蛋白组学 蛋白组
1、咨信平台为文档C2C交易模式,即用户上传的文档直接被用户下载,收益归上传人(含作者)所有;本站仅是提供信息存储空间和展示预览,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿,我们不确定上传用户享有完全著作权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果侵犯了您的版权、权益或隐私,请联系我们,核实后会尽快下架及时删除,并可随时和客服了解处理情况,尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据,个别因单元格分列造成显示页码不一将协商解决,平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺,下载前须认真查看,确认无误后再购买,务必慎重购买;若有违法违纪将进行移交司法处理,若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传,付费前请自行鉴别,如您付费,意味着您已接受本站规则且自行承担风险,本站不进行额外附加服务,虚拟产品一经售出概不退款(未进行购买下载可退充值款),文档一经付费(服务费)、不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印,是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已,我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改,文档下载后都不会有水印标识(原文档上传前个别存留的除外),下载后原文更清晰;试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓;PPT和DOC文档可被视为“模板”,允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容;PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得,本站不作要求视为允许,下载前自行私信或留言给上传者【精****】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用;网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽--等)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题,请及时私信或留言给本站上传会员【精****】,需本站解决可联系【 微信客服】、【 QQ客服】,若有其他问题请点击或扫码反馈【 服务填表】;文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“【 版权申诉】”(推荐),意见反馈和侵权处理邮箱:1219186828@qq.com;也可以拔打客服电话:4008-655-100;投诉/维权电话:4009-655-100。