生物化学蛋白质.ppt
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1、生物化学BioChemistry杨力权 第一章第一章 蛋白质化学蛋白质化学本章重点:本章重点:蛋白质的立体结构(一、二、三、四级结构)蛋白质的立体结构(一、二、三、四级结构)蛋白质的结构和功能的关系蛋白质的结构和功能的关系第二部分第二部分 蛋白质的纯化和表征蛋白质的纯化和表征第三部分第三部分 蛋白质的立体结构蛋白质的立体结构第四部分第四部分 蛋白质的功能蛋白质的功能第三部分第三部分 蛋白质的立体结构蛋白质的立体结构一级结构指的是多肽链的氨基酸序列一级结构指的是多肽链的氨基酸序列二级结构指的是多肽链借助于氢键排列成有规二级结构指的是多肽链借助于氢键排列成有规律的、局部的结构律的、局部的结构三级结
2、构是指多肽链借助各种非共价键弯曲、三级结构是指多肽链借助各种非共价键弯曲、折叠成具有特定走向的紧密球状构象折叠成具有特定走向的紧密球状构象四级结构指的是寡聚蛋白质亚基间的结合,亚四级结构指的是寡聚蛋白质亚基间的结合,亚基间不同的排列方式会形成不同的构象。基间不同的排列方式会形成不同的构象。稳定蛋白质三维结构的作用力图示 盐键盐键 氢键氢键 疏水作用疏水作用 范德华力范德华力 二硫键二硫键螺旋(helix)1 1、右手螺旋,、右手螺旋,2、肽肽链链的的主主链链形形成成紧紧密密的的螺螺旋旋,侧侧链链伸向外侧伸向外侧3、每每圈圈螺螺旋旋占占3.6个个氨氨基基酸酸残残基基,沿沿螺螺旋旋轴轴方方向向上上
3、升升0.54nm。每每个个残残基基绕绕轴轴旋旋转转100,沿沿轴轴上上升升0.15nm。残残基基的侧链伸向外侧,的侧链伸向外侧,4、螺螺旋旋通通过过氢氢键键维维持持稳稳定定,氢氢键键的的取向几乎与螺旋轴平行。取向几乎与螺旋轴平行。5、从从N末末端端出出发发,氢氢键键是是由由每每个个肽肽基基的的C=O与与其其前前面面第第3个个肽肽基基的的NH之间形成的。之间形成的。6、由由氢氢键键封封闭闭的的环环是是13元元环环,因因此此螺旋也称为螺旋也称为3.613螺旋。螺旋。折叠片(pleated sheet)可可以以把把折折叠叠片片想想象象为为由由折折叠叠的的条条状状纸纸片片侧侧向向并并排排而而成成。每每
4、条条纸纸片片代代表表一一条条肽肽链链,肽肽链链沿沿纸纸条条成成锯锯齿齿状状,碳碳原原子子位位于于折折叠叠线线上上。侧侧链链基基团团都都垂垂直直于折叠片的平面,并交替地从平面上下二侧伸出。于折叠片的平面,并交替地从平面上下二侧伸出。氢氢键键在在股股间间形形成成。折折叠叠片片中中的的每每条条肽肽链链称称为为折折叠叠股或股或股(股(strand)。)。黑黑 C 红红 O 蓝蓝 N 白白 H 黄黄 R 基基-折叠有两种类型折叠有两种类型:平行平行-折叠折叠明显折叠更规则,明显折叠更规则,疏水侧链分两侧。疏水侧链分两侧。大结构、球状蛋白大结构、球状蛋白反平行反平行-折叠折叠转角(turn)转转角角可可以
5、以使使肽肽链链倒倒转转。在在转转角角中中,第第一一个个残残基的基的C=O与第四个残基与第四个残基NH形成氢键。形成氢键。由由于于甘甘氨氨酸酸缺缺少少侧侧链链,在在转转角角中中能能很很好好地地调调整整其其它它残残基基的的空空间间障障碍碍,因因此此甘甘氨氨酸酸是是形形成成转转角角最最合合适适的的氨氨基基酸酸。脯脯氨氨酸酸具具有有固固定定的的角角,在在一一定定程度上迫使程度上迫使转角形成。转角形成。目前发现的目前发现的转角多数处于蛋白质分子的表面。转角多数处于蛋白质分子的表面。凸起(bulge)Classic bulge G-1 bulge wide bulge 凸起可以认为是凸起可以认为是折叠股中
6、多了一个氨基酸折叠股中多了一个氨基酸残基,它的凸起使得肽链的走向发生弯曲。残基,它的凸起使得肽链的走向发生弯曲。无规卷曲(random coil)无无规规卷卷曲曲泛泛指指那那些些没没有有明明确确的的、有有规规律律的的二二级级结结构构的的肽肽链链区区段段。但但对对于于一一个个特特定定的的蛋蛋白白质质分分子子来来说说,无无规规卷卷曲曲也也是是有有一一定定的的卷卷曲结构的。曲结构的。五、纤维状蛋白质 纤纤维维状状蛋蛋白白质质可可分分为为不不溶溶性性和和可可溶溶性性两两类类,不不溶溶性性的的有有角角蛋蛋白白、胶胶原原蛋蛋白白和和弹弹性性蛋蛋白白等等,其其中中角角蛋蛋白白又又分分为为角角蛋蛋白白和和角角
7、蛋蛋白白;可可溶溶性性的的有肌球蛋白和血纤维蛋白原等。有肌球蛋白和血纤维蛋白原等。角蛋白(keratin)角角蛋蛋白白是是毛毛发发中中的的主主要要蛋蛋白白,角角蛋蛋白白亚亚基基由由富富含含螺螺旋旋的的中中央央棒棒状状区区(长长度度为为311314个个氨氨基基酸酸残残基基)及及两两端端的的非非螺螺旋旋区区组组成成。三三个个这这样样的的亚亚基基结结合合成成左左手手螺螺旋旋的的初初原原纤纤维维,直直径径2nm;11根根初初原原纤纤维维以以92的的形形式式结结合合成成微微原原纤纤维维,直直径径8nm;成成百百根根微微原原纤纤维维再再结结合合成成不不规规则则的的纤纤维维束束,称称为为大大原原纤纤维维,直
8、直径径200nm。很很多多大大原原纤纤维维存存在在于于没没有有生生命命的的细细胞胞当当中中,这这些些细细胞胞组组成成毛毛发发的的核核心心,毛毛发发的的外外层层是是皮皮层层细细胞胞和和鳞鳞状细胞。状细胞。-角蛋白及毛发的结构N-terminal Rod C-terminal domain domain domain左手超螺旋右手螺旋原纤丝初原纤维毛发的结构直径直径2 2nm直径直径8 8nm直径直径200200nm毛发的结构角蛋白的若干性质 角角蛋蛋白白的的伸伸缩缩性性很很强强,一一根根毛毛发发纤纤维维在在湿湿热热时时可可以以拉拉长长到到原原有有长长度度的的2倍倍,这这时时螺螺旋旋被被撑撑开开,
9、各各圈圈的的氢氢键被破坏,转变成键被破坏,转变成构象。构象。螺螺旋旋之之间间有有许许多多二二硫硫键键连连接接,一一般般认认为为每每4个个螺螺圈圈就有一个二硫键。二硫键的数目越多,纤维的刚性越强。就有一个二硫键。二硫键的数目越多,纤维的刚性越强。根根据据含含硫硫量量的的大大小小,角角蛋蛋白白可可以以分分成成硬硬角角蛋蛋白白和和软软角角蛋蛋白白两两种种类类型型。蹄蹄、爪爪、角角、甲甲中中的的角角蛋蛋白白是是高高硫硫硬硬角角蛋白,皮肤和胼胝中的角蛋白是低硫软角蛋白。蛋白,皮肤和胼胝中的角蛋白是低硫软角蛋白。丝丝心心蛋蛋白白是是反反平平行行的的折折叠叠片片堆堆积积成成的的多多层层结结构构,链链间间主主
10、要要以以氢氢键键连连接接,层层间间主主要要以以范范德德华华力力结结合合。丝丝心心蛋蛋白白的的一一级级结结构构分分析析表表明明,它它主主要要是是由由具具有有小小侧侧链链基基团团的的甘甘氨氨酸酸、丝丝氨氨酸酸和和丙丙氨氨酸酸组组成成,在在一一级级结结构构上上每每隔隔1个个残残基基就就是是甘甘氨氨酸酸残残基基,所所以以所所有有的的甘甘氨氨酸酸都都位位于于折折叠叠片片平平面面的的一一侧侧,丝丝氨氨酸酸和和丙丙氨氨酸酸的的侧链基团位于折叠片平面的另一侧。侧链基团位于折叠片平面的另一侧。丝心蛋白丝心蛋白的结构 丝丝心心蛋蛋白白是是蚕蚕丝丝和和蜘蜘蛛蛛丝丝中中的的一一种种蛋蛋白白质质,属属于于角角蛋蛋白白。
11、丝丝心心蛋蛋白白抗抗张张强强度度高高,质质地地柔柔软软。但但不能拉伸。不能拉伸。堆积的折叠片的三维结构丝心蛋白层间距离示意图蜘蛛排丝胶原蛋白 胶胶原原蛋蛋白白(胶胶原原)是是很很多多脊脊椎椎动动物物体体内内含含量量最最丰丰富富的的蛋白质,它是一种结构蛋白。蛋白质,它是一种结构蛋白。胶原蛋白是糖蛋白,包括多种类型。胶原蛋白是糖蛋白,包括多种类型。在在体体内内胶胶原原蛋蛋白白以以胶胶原原原原纤纤维维的的形形式式存存在在,胶胶原原原原纤纤维维的的基基本本结结构构单单位位是是原原胶胶原原,原原胶胶原原分分子子是是由由三三股股多多肽肽链链缠缠绕绕成成具具有有四四级级结结构构的的右右手手超超螺螺旋旋缆缆,
12、称称为为三三股股螺螺旋。旋。每股螺旋本身是一种左手螺旋。每股螺旋本身是一种左手螺旋。胶胶原原三三螺螺旋旋只只存存在在于于胶胶原原纤纤维维中中。至至今今没没有有在在球球状状蛋白质中发现。具有很高的抗张强度。蛋白质中发现。具有很高的抗张强度。胶原纤维的结构胶原纤维胶原纤维 原胶原分子原胶原分子六、超二级结构和结构域v若干相邻的二级结构元件组合在一起,彼此相互作若干相邻的二级结构元件组合在一起,彼此相互作用,形成种类不多、有规则、稳定的二级结构组合用,形成种类不多、有规则、稳定的二级结构组合或二级结构串,称为超二级结构。或二级结构串,称为超二级结构。v在球状蛋白质中特别常见。在球状蛋白质中特别常见。
13、v(super-secondary structure,folding motif,folding unit)超二级结构Rossman折叠折叠 发夹发夹曲折曲折希腊钥匙结构希腊钥匙结构亲水面朝亲水面朝向观察者向观察者超螺旋结构中两股螺旋链的非极性边缘的疏水作用 在在超超螺螺旋旋中中,每每7 7个个氨氨基基酸酸残残基基形形成成一一个个周周期期,其其中中第第1个个和和第第4个个残残基基的的侧侧链链是是疏疏水水基基团团,两两个这样的个这样的螺旋靠疏水作用结合。螺旋靠疏水作用结合。单元中的右手交叉发夹连接发夹连接右手交叉连接右手交叉连接左手交叉连接左手交叉连接右手扭曲的天然倾向及由此形成右手扭曲的天然
14、倾向及由此形成的的右手交叉连接右手交叉连接结构域 结结构构域域(domain)是是多多肽肽链链在在二二级级结结构构或或超超二二级级结结构构的的基基础础上上形形成成三三级级结结构构的的局局部部折折叠叠区区,它它是是相对独立的紧密球状实体。相对独立的紧密球状实体。结结构构域域是是球球状状蛋蛋白白质质的的独独立立折折叠叠单单位位。有有些些单单体体蛋蛋白白质质或或寡寡聚聚蛋蛋白白质质的的亚亚基基只只有有一一个个结结构构域域,有有些些具具有有两两个个以以上上的的结结构构域域,结结构构域域之之间间由由相相对对柔柔性性的肽链连接。的肽链连接。结构域的分类 结结构构域域大大体体可可分分为为 4 类类:反反平平
15、行行螺螺旋旋结结构构域域(全全结结构构),平平行行或或混混合合型型折折叠叠片片结结构构域域(,结结构构),反反平平行行折折叠叠片片结结构构域域(全全结结构构),富富含含金金属属或或二二硫硫键键结结构构域域(不不规规则则小小蛋蛋白白结结构构)。酶酶的的活活性性中中心心往往往往处处于于两两个个结结构构域域之之间。间。己糖激酶的两个结构域Active sitecleftHexokinase molecule免疫球蛋白的多结构域(共有(共有4 4个亚基)个亚基)七、球状蛋白质与三级结构球状蛋白质球状蛋白质全全-结结构(反平行螺旋)构(反平行螺旋),-结结构(平行或构(平行或混合型混合型-折叠)折叠)全
16、全 折叠(反平行折叠(反平行 折叠片)折叠片)富含金属或二硫键富含金属或二硫键(小的不规则)(小的不规则)球状蛋白的分类球状蛋白的分类球状蛋白质的分类全结构(反平行螺旋束)TMV外壳蛋白外壳蛋白结构,以结构,以螺旋为主,螺旋为主,螺旋一顺一反地排列。螺旋一顺一反地排列。蚯蚓血红蛋白蚯蚓血红蛋白球状蛋白质的分类平行折叠片结构域(平行桶)磷酸丙糖异构酶(侧面)磷酸丙糖异构酶(侧面)丙酮酸激酶(侧面)丙酮酸激酶(侧面)磷酸丙糖异构酶(顶面)磷酸丙糖异构酶(顶面)平平行行桶桶:结结构构,呈呈右右手手交交叉叉,平平行行折折叠叠片片在在内内形形成成一一个个桶桶状状,外外侧侧是是螺螺旋旋。也也叫叫单单绕绕平
17、平行行桶桶。高高度度对称性。对称性。结结构构,呈呈右右手手交交叉叉,肽肽链链从从折折叠叠片片中中开开始始向向一一个个方方向向卷卷绕绕成成Rossman折折叠叠,螺螺旋旋覆覆盖盖在在折折叠叠片片的的一一侧侧,然然后后改改变变方方向向回回到到折折叠叠片片的的中中部部向向相相反反的的方方向向卷卷绕绕再再形形成成Rossman折折叠叠,此此时时螺螺旋旋覆覆盖盖在在折折叠叠片片的的另另一一侧侧。所所以以也也叫叫双双绕绕平平行行折折叠叠片片。有有时时有有发发夹夹连连接接的的反反平平行行折折叠叠股股混混杂杂在在平平行行折叠股之间,形成混合型折叠股之间,形成混合型折叠片蛋白质。折叠片蛋白质。球状蛋白质的分类平
18、行折叠片结构域(马鞍形扭曲片)球状蛋白质的分类平行折叠片结构域(马鞍形扭曲片)乳酸脱氢酶结构域乳酸脱氢酶结构域1(侧面)(侧面)磷酸甘油激酶结构域磷酸甘油激酶结构域2乳酸脱氢酶结构域乳酸脱氢酶结构域1(顶面)(顶面)球状蛋白质的分类反平行折叠片结构域CuZn超氧化物歧化酶超氧化物歧化酶 免疫球蛋白免疫球蛋白 VL 结构域结构域 两层两层折叠片结构,折叠片结构,疏水面相对,疏水面相对,亲水面朝外。亲水面朝外。反平行桶 反反平平行行桶桶也也叫叫上上下下型型桶桶,属属于于结结构构,以以折折叠叠片片为为主主,反反平平行行折折叠叠片片一一面面是是亲亲水水基基团团,另一侧是疏水基团。另一侧是疏水基团。球状
19、蛋白质的分类反平行折叠片结构域(露面夹心结构)链霉菌枯草蛋白酶抑制剂链霉菌枯草蛋白酶抑制剂 谷胱甘肽还原酶结构域谷胱甘肽还原酶结构域3 只只有有一一片片反反平平行行折折叠叠片片,亲亲水水一一侧侧朝朝外外,疏疏水水一一侧侧有有螺螺旋旋和和回回环环(属属无无规规卷曲)覆盖。卷曲)覆盖。球状蛋白质的分类富含二硫键蛋白质胰岛素胰岛素 二节荠蛋白二节荠蛋白球状蛋白质的分类富含金属蛋白质高氧还势铁蛋白高氧还势铁蛋白 铁氧还蛋白铁氧还蛋白球状蛋白质的特征1 1球状蛋白质含有多种二级结构元件。球状蛋白质含有多种二级结构元件。2 2球球状状蛋蛋白白质质具具有有明明显显的的折折叠叠层层次次。先先折折叠叠出出二二级
20、级结结构构,然然后后形形成成超超二二级级结结构构,再再装装配配成成相相对对独独立立的的球球状状实实体体结结构构域域或或三三级级结结构构。如如果果是是寡寡聚聚蛋蛋白白质质,则再缔合成四级结构。则再缔合成四级结构。3 3疏水部分在内,亲水部分在外。疏水部分在内,亲水部分在外。4 4折折叠叠紧紧密密。以以一一个个蛋蛋白白质质的的组组成成氨氨基基酸酸的的范范德德华华体体积积总总和和除除以以蛋蛋白白质质所所占占的的总总体体积积,即即得得到到装装配配密密度度,装配密度一般为装配密度一般为0.720.720.770.77。5 5分子表面有一个空穴或裂沟,是与配体结合的部位。分子表面有一个空穴或裂沟,是与配体
21、结合的部位。鸡卵清溶菌酶的三级结构(示各种二级结构元件)(示各种二级结构元件)折叠折叠转角转角螺旋螺旋无规卷曲无规卷曲 蛋白质的四级结构指的是具有三级结构蛋白质的四级结构指的是具有三级结构的多肽链按一定的空间排列方式通过非共价的多肽链按一定的空间排列方式通过非共价键缔合形成的蛋白质大分子。键缔合形成的蛋白质大分子。很多蛋白质是以三级结构的球状蛋白质很多蛋白质是以三级结构的球状蛋白质的聚集体(的聚集体(aggregate)形式存在的。这些)形式存在的。这些球状蛋白质通过非共价键彼此缔合在一起。球状蛋白质通过非共价键彼此缔合在一起。这样的聚集体称为蛋白质的四级结构。这样的聚集体称为蛋白质的四级结构
22、。四级结构的蛋白质(四级结构的蛋白质(quaternary protein)中每个球状蛋白质称为亚基或亚单)中每个球状蛋白质称为亚基或亚单位(位(subunit)。)。八、蛋白质的四级结构(亚基缔合与四级结构)血红蛋白的立体结构(四级结构)11221122v也也可可以以这这样样说说,蛋蛋白白质质的的四四级级结结构构就就是是指指蛋蛋白白质质分分子子中中亚亚基基的的立立体体排排布布,亚亚基基间间的的相相互互作用与接触部位的布局。作用与接触部位的布局。v亚亚基基(subunit)就就是是指指参参与与构构成成蛋蛋白白质质四四级级结结构的、每条具有三级结构的多肽链。构的、每条具有三级结构的多肽链。若若干
23、干个个亚亚基基通通过过非非共共价价键键聚聚集集成成一一个个多多亚亚基基蛋白质,这种蛋白质叫蛋白质,这种蛋白质叫寡聚蛋白质或多聚蛋白质,寡聚蛋白质或多聚蛋白质,由由两两个个亚亚基基组组成成的的蛋蛋白白质质称称为为二二聚聚体体蛋蛋白白质质,由四个亚基组成的蛋白质称为四聚体蛋白质。由四个亚基组成的蛋白质称为四聚体蛋白质。有有些些多多聚聚蛋蛋白白质质只只由由一一种种亚亚基基组组成成,称称为为同同多多聚聚蛋蛋白白质质;有有些些由由两两种种以以上上的的亚亚基基组组成成,称称为为杂多聚蛋白质杂多聚蛋白质。单体和原体 亚亚基基有有时时也也称称为为单单体体(monomer),对对于于杂杂多多聚聚蛋蛋白白质质来来
24、说说,不不同同种种类类的的一一套套亚亚基基组组成成一一个个不不对对称称结结构构,称称为为原原体体(protomer),若若干干个个原原体体再再组组成成对对称称的的多多聚聚蛋蛋白白质质。对对于于同同多多聚聚蛋蛋白白质质来来说说,一一个个单单体体也也就就是是一一个个原原体体。比比如如血血红红蛋蛋白白,由由4个个亚亚基基组组成成,两两个个亚亚基基,两两个个亚亚基基。其其中中就就是是一一个个原原体体,一一共两个原体。共两个原体。四级缔合的驱动力 主主要要是是疏疏水水作作用用使使亚亚基基缔缔合合在在一一起起,还还有有极极性性基基团团之之间间的的作作用用。极极性性基基团团之之间间的的作作用用决决定定亚亚基
25、基间间缔缔合合的的专专一一性性。虽虽说说亚亚基基间间的的缔缔合合是是非非共共价价键键,但但也也有有很很多多亚亚基基间间有有共共价价键键交交联联的的情情况况,主主要要是是亚亚基基间间形形成成二二硫硫键键,形形成成二二硫硫键键可可以以增增加加亚亚基基间间的的稳稳定定性。性。四级结构的对称性 由由于于多多肽肽链链的的所所有有碳碳是是不不对对称称的的,并并且且多多肽肽链链几几乎乎总总是是折折叠叠成成不不对对称称或或低低对对称称的的结结构构,因因此此单单体体蛋蛋白白质质和和亚亚基基都都是是手手性性分分子子,而而大大多多数数寡寡聚聚蛋蛋白白质质的的亚亚基基排排列列是是对对称称的的。对对称称性性是是四四级级
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