反刍动物Toll样受体多基因家族的分子进化及表达模式分析.pdf

畜牧兽医学报 2 0 2 3,5 4(9):3 7 2 2-3 7 3 4A c t a V e t e r i n a r i a e t Z o o t e c h n i c a S i n i c ad o i:1 0.1 1 8 4 3/j.i s s n.0 3 6 6-6 9 6 4.2 0 2 3.0 9.0 1 3开放科学(资源服务)标识码(O S I D):反刍动物T o l l样受体多基因家族的分子进化及表达模式分析马淑娟1,徐祎洁2,何 珂2,马瑞丰1,朱 英1*(1.西南民族大学青藏高原研究院,成都 6 1 0 0 4 1;2.浙江农林大学动物科技学院/动物医学院,杭州 3 1 1 3 0 0)摘 要:为了了解T o l l样受体(T o l l-l i k e r e c e p t o r s,T L R s)多基因家族在反刍动物中的分子进化关系及表达分析。本研究基于6个科5 3种反刍动物基因组,利用同源基因对反刍动物T L R1-1 0基因进行系统鉴定,分析其染色体定位和基因结构、进化关系、选择压力(),并结合转录组数据明晰T L R基因在各组织的表达模式。研究结果表明:1)反刍动物的T L R1-1 0均为单拷贝基因,按进化关系分为T L R1(T L R1/6/1 0)、T L R2、T L R4、T L R3(T L R3/5)、T L R7(T L R7/8/9)亚家族。2)反刍动物1 0个T L R基因整体上经受了纯化选择作用(1),但共有3 5个氨基酸位点受到强烈的正选择作用;牛科比鹿科具有更高的值和更高比例的正选择位点,非病毒性T L R s比病毒性T L R s具有更高的和更多的正选择位点,提示鹿科T L R以及病毒性的T L R受到较强的进化约束力。3)在绵羊中,1 0个T L R s基因在免疫组织中均有所表达,其中T L R2和T L R9在外周血单个核细胞(P BMC)中存在高度表达。结果提示,反刍动物T L R s基因家族在进化水平上是相对保守的,均受到强烈的纯化选择作用,T L R2和T L R9在P BMC组织起主要的免疫作用。关键词:T o l l样受体;反刍动物;系统进化;选择压力;表达模式中图分类号:S 8 1 3.2 文献标志码:A 文章编号:0 3 6 6-6 9 6 4(2 0 2 3)0 9-3 7 2 2-1 3收稿日期:2 0 2 3-0 3-1 4基金项目:西南民族大学中央高校优秀学生培养工程项目(2 0 2 2 NY X X S 0 4 4);西南民族大学中央高校基本科研业务费专项资金(2 0 2 1 NY B 0 6);西南民族大学科研启动金资助项目(R Q D 2 0 2 1 0 4 9)作者简介:马淑娟(1 9 9 6-),女,四川泸州人,硕士生,主要从事动物生态学研究,E-m a i l:m s j 1 1 9 1 3 7 5 4 4 21 6 3.c o m*通信作者:朱 英,主要从事野生动物保护基因组学研究,E-m a i l:y z h u s w u n.e d u.c n M o l e c u l a r E v o l u t i o n a n d E x p r e s s i o n P a t t e r n s o f a M u l t i g e n e F a m i l y o f T o l l-l i k e R e c e p t o r s i n R u m i n a n t sMA S h u j u a n1,XU Y i j i e2,HE K e2,MA R u i f e n g1,Z HU Y i n g1*(1.Q i n g h a i-T i b e t a n P l a t e a u R e s e a r c h I n s t i t u t e,S o u t h w e s t M i n z u U n i v e r s i t y,C h e n g d u 6 1 0 0 4 1,C h i n a;2.C o l l e g e o f A n i m a l S c i e n c e a n d T e c h n o l o g y/C o l l e g e o f V e t e r i n a r y M e d i c i n e,Z h e j i a n g A g r i c u l t u r e a n d F o r e s t r y U n i v e r s i t y,H a n g z h o u 3 1 1 3 0 0,C h i n a)A b s t r a c t:T h e s t u d y a i m e d t o u n d e r s t a n d t h e m o l e c u l a r e v o l u t i o n a r y r e l a t i o n s h i p s a n d e x p r e s s i o n a n a l y s i s o f t h e m u l t i g e n e f a m i l y o f T o l l-l i k e r e c e p t o r s(T L R s)i n r u m i n a n t s.T h e T L R1-1 0 g e n e s w a s s y s t e m a t i c a l l y i d e n t i f i e d i n r u m i n a n t s b a s e d o n t h e g e n o m e s o f 5 3 r u m i n a n t s p e c i e s f r o m 6 f a m i l i e s,t h e i r c h r o m o s o m a l l o c a l i z a t i o n a n d g e n e s t r u c t u r e,e v o l u t i o n a r y r e l a t i o n s h i p s,s e l e c t i o n p r e s s u r e()w a s a n a l y z e d,a n d t h e e x p r e s s i o n p a t t e r n s o f T L R g e n e s w a s c l a r i f i e d c o m b i n e d w i t h t r a n s c r i p t o m i c d a t a i n v a r i o u s t i s s u e s.T h e r e s u l t s s h o w e d t h a t:1)T L R1-1 0 i n r u m i n a n t s w e r e a l l s i n g l e-c o p y g e n e s,w h i c h w e r e c l a s s i f i e d i n t o T L R1(T L R1/6/1 0),T L R2,T L R4,T L R3(T L R3/5)a n d T L R7(T L R7/8/9)s u b f a m i l i e s a c c o r d i n g t o e v o l u t i o n a r y r e l a t i o n s h i p s.9期马淑娟等:反刍动物T o l l样受体多基因家族的分子进化及表达模式分析2)T h e 1 0 T L R g e n e s i n r u m i n a n t s a s a w h o l e u n d e r w e n t p u r i f y i n g s e l e c t i o n(1时,表示受到正选择(p o s i-t i v e s e l e c t i o n);=1时,为中性选择(n e u t r a l s e l e c-t i o n);1受到纯化选择(p u r i f y i n g s e l e c t i o n)。采用ME GA X2 6计算。对于每个T L R基因的正选择位点,采用在线网站(d a t a m o n k e y a d a p t i v e e v o l u-t i o n s e r v e r(h t t p:/www.d a t a m o n k e y.o r g/)中的MEME(m i x e d e f f e c t s m o d e l o f e v o l u t i o n)、S L A C(s i n g l e-l i k e l i h o o d a n c e s t o r c o u n t i n g)、F E L(f i x e d e f f e c t s l i k e l i h o o d)、F U B A R(f a s t u n c o n s t r a i n e d b a y e s i a n a p p r o x i m a t i o n)4种方法进行预测。使用MEME、S L A C、F E L方法筛选正选择和纯化选择的标准是P-v a l u e0.9进行筛选。在上述基础上,本研究检测牛科和鹿科,病毒性和非病毒性T L R这两组的和正选择位点数目(p o s i t i v e l y s e l e c t e d s i t e s,P S S)是否存在显著差异。利用R 4.1.2的s h a p i r o.t e s t和v a r.t e s t函数分别进行正态分布和方差齐性检验2 9-3 0,对于符合条件的数据采用独立样本T检验,反之则采用k r u s k a l检验3 1。1.6 T L R s基因家族在不同组织的表达模式分析本研究根据反刍动物基因组数据库(h t t p:/a n i m a l.n w s u a f.e d u.c n/c o d e/i n d e x.p h p/R u m i n a n-t i a)中的R NA s e q数据分析T L R s基因家族在不同组织的表达模式。反刍动物基因组数据库包含多个物种的R NA s e q数据,由于绵羊(O v i s a r i e s)具有丰富的组织表达数据,故本研究采用绵羊的R NA s e q进行后续分析。使用T B t o o l s软件绘制其内分泌系统、免疫系统、神经系统、呼吸系统、消化系统共2 5个组织的表达模式热图。2 结 果2.1 反刍动物T L R s基因家族的数量对5 3个反刍动物的全基因组进行T L R鉴定,得到5 3种反刍动物(鼷鹿科 1个、叉角羚科 1个、长颈鹿科2个、鹿科 1 1个、麝科 2个、牛科 3 6个,表1和图1)共5 3 0条T L R基 因 序 列。对 于 每 一 个T L R基因都仅鉴定出1条T L R序列,不存在多拷贝现 象。通 过 去 除 短 序 列(6 7条)、假 基 因 序 列(4 2条),剩 余4 2 1条T L R真 基 因 序 列,T L R1-T L R1 0的1 0个基因分别有3 9、4 0、4 5、4 3、4 4、3 6、4 3、4 1、4 4、4 6条序列(表1)。在科水平上,鼷鹿科共鉴定到8个T L R基因(无T L R3、T L R1 0),叉角羚4273 9期马淑娟等:反刍动物T o l l样受体多基因家族的分子进化及表达模式分析表1 反刍动物T L R s基因组数据信息T a b l e 1 G e n o m i c d a t a i n f o r m a t i o n o f r u m i n a n t T L R s中文名C h i n e s e n a m e拉丁名L a t i n n a m e属G e n u s科F a m i l y登录号A s s e m b l yT L R 1(2 2 7 1 b p)T L R 2(2 3 5 5 b p)T L R 3(2 7 2 1 b p)T L R 4(2 8 5 8 b p)T L R 5(2 6 9 0 b p)T L R 6(2 5 0 0 b p)T L R 7(3 4 1 1 b p)T L R 8(3 2 3 8 b p)T L R 9(3 1 7 9 b p)T L R 1 0(2 6 4 8 b p)A l l*鼷鹿T r a g u l u s k a n c h i lT r a g u l u sT RAGU L I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 6 5 5.1111a111111b8叉角羚A n t i l o c a p r a a m e r i c a n aA n t i l o c a p r aANT I L O C A P R I DA E G C A 0 0 4 0 2 7 5 1 5.211111111b119犭 霍犭加狓O k a p i a j o h n s t o n iO k a p i aG I RA F F I DA EG C A 0 0 1 6 6 0 8 3 5.111111111111 0马赛长颈鹿G i r a f f a t i p p e l s k i r c h iG i r a f f aG I RA F F I DA EG C A 0 0 1 6 5 1 2 3 5.111111111111 0驼鹿A l c e s a l c e sA l c e sC E RV I DA EG C A 0 1 5 8 3 2 4 9 5.1111111b1b1118豚鹿A x i s p o r c i n u sA x i sC E RV I DA EG C A 0 0 3 7 9 8 5 4 5.111111111111 0东方狍C a p r e o l u s p y g a r g u sC a p r e o l u sC E RV I DA EG C A 0 1 2 9 2 2 9 6 5.111b111111119马鹿C e r v u s c a n a d e n s i sC e r v u sC E RV I DA EG C A 0 1 9 3 2 0 0 6 5.111111111111 0欧洲马鹿C e r v u s e l a p h u sC e r v u sC E RV I DA EG C A 9 1 0 5 9 3 8 0 5.11b1111111119麋鹿E l a p h u r u s d a v i d i a n u sE l a p h u r u sC E RV I DA EG C A 0 0 2 4 4 3 0 7 5.111111111111 0獐H y d r o p o t e s i n e r m i sH y d r o p o t e sC E RV I DA EG C A 0 0 6 4 5 9 1 0 5.111111111111 0黑麂M u n t i a c u s c r i n i f r o n sM u n t i a c u sC E RV I DA EG C A 0 2 0 2 7 6 6 6 5.111111111111 0小麂M u n t i a c u s r e e v e s iM u n t i a c u sC E RV I DA EG C A 0 0 8 7 8 7 4 0 5.211111111111 0白尾鹿O d o c o i l e u s v i r g i n i a n u sO d o c o i l e u sC E RV I DA EG C A 0 0 0 1 9 1 6 2 5.111b11b1b1a111b15驯鹿R a n g i f e r t a r a n d u sR a n g i f e rC E RV I DA EG C A 0 0 4 0 2 6 5 6 5.11a111a1111118林麝M o s c h u s b e r e z o v s k i iM o s c h u sMO S CH I DA EG C A 0 0 6 4 5 9 0 8 5.111111111111 0马麝M o s c h u s c h r y s o g a s t e rM o s c h u sMO S CH I DA EG C A 0 0 6 4 6 1 7 2 5.11a1a1a1a1a1a1a1a11a1旋角羚A d d a x n a s o m a c u l a t u sA d d a xB OV I DA EG C A 0 1 9 5 9 3 5 2 5.11111a1111119高角羚A e p y c e r o s m e l a mp u sA e p y c e r o sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 6 9 5.11b1b1b1b1b1b1b1b1b1b0狷羚A l c e l a p h u s b u s e l a p h u sA l c e l a p h u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 5 4 5.11a1a1a1a1a1a11a1a12髯羊Amm o t r a g u s l e r v i aAmm o t r a g u sB OV I DA EG C A 0 0 2 2 0 1 7 7 5.111111111111 0跳羚A n t i d o r c a s m a r s u p i a l i sA n t i d o r c a sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 5 8 5.111111111111 0亨氏牛羚B e a t r a g u s h u n t e r iB e a t r a g u sB OV I DA EG C A 0 0 4 0 2 7 4 9 5.111111111111 0白肢野牛B o s f r o n t a l i sB o sB OV I DA EG C A 0 0 7 8 4 4 8 3 5.1111a1a11a111a16印度野牛B o s g a u r u sB o sB OV I DA EG C A 0 1 4 1 8 2 9 1 5.211111111a119家牦牛B o s g r u n n i e n sB o sB OV I DA EG C A 0 0 5 8 8 7 5 1 5.21b111111111b8家牛B o s t a u r u sB o sB OV I DA EG C A 0 0 2 2 6 3 7 9 5.211111111111 0水牛B u b a l u s b u b a l i sB u b a l u sB OV I DA EG C A 0 0 3 1 2 1 3 9 5.111111111111 0山羊C a p r a h i r c u sC a p r aB OV I DA EG C A 0 0 1 7 0 4 4 1 5.1111111111b19黑斑牛羚C o n n o c h a e t e s t a u r i n u sC o n n o c h a e t e sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 6 1 5.111111111111 0转角牛羚D a m a l i s c u s l u n a t u sD a m a l i s c u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 5 0 5.111111111111 0汤氏瞪羚E u d o r c a s t h o m s o n i iE u d o r c a sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 7 5 5.111111111b119马羚H i p p o t r a g u s e q u i n u sH i p p o t r a g u sB OV I DA EG C A 0 1 6 4 3 3 0 9 5.11a11111a11118水羚K o b u s e l l i p s i p r y m n u sK o b u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 6 5 5.111111111111 0(转下页 C a r r i e d f o r w a r d)5273畜 牧 兽 医 学 报5 4卷(续表1 C o n t i n u e d)中文名C h i n e s e n a m e拉丁名L a t i n n a m e属G e n u s科F a m i l y登录号A s s e m b l yT L R 1(2 2 7 1 b p)T L R 2(2 3 5 5 b p)T L R 3(2 7 2 1 b p)T L R 4(2 8 5 8 b p)T L R 5(2 6 9 0 b p)T L R 6(2 5 0 0 b p)T L R 7(3 4 1 1 b p)T L R 8(3 2 3 8 b p)T L R 9(3 1 7 9 b p)T L R 1 0(2 6 4 8 b p)A l l*长颈羚L i t o c r a n i u s w a l l e r iL i t o c r a n i u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 5 3 5.111111111a119柯氏犬羚M a d o q u a k i r k i iM a d o q u aB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 6 7 5.11b1a1b1b1b1b1b1b1b1b0葛氏苍羚N a n g e r g r a n t iN a n g e rB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 6 3 5.111a11a1a1a1a1a114皇家岛羚N e o t r a g u s p y gm a e u sN e o t r a g u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 8 7 5.11a1a1a111111a16雪羊O r e a m n o s a m e r i c a n u sO r e a m n o sB OV I DA EG C A 0 0 9 7 5 8 0 5 5.11a11111a11118山羚O r e o t r a g u s o r e o t r a g u sO r e o t r a g u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 6 7 5.111111111111 0弯角剑羚O r y x d a mm a hO r y xB OV I DA EG C A 0 1 4 7 5 4 4 2 5.211111111111 0侏羚O u r e b i a o u r e b iO u r e b i aB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 7 2 7 5.11b1111a1a11117绵羊O v i s a r i e sO v i sB OV I DA EG C A 0 1 6 7 7 2 0 4 5.111111111111 0藏羚P a n t h o l o p s h o d g s o n i iP a n t h o l o p sB OV I DA EG C A 0 0 0 4 0 0 8 3 5.111111111111 0褐麂羚P h i l a n t o m b a m a x w e l l i i P h i l a n t o m b aB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 6 9 5.111a1111a1a111a6普氏原羚P r o c a p r a p r z e w a l s k i iP r o c a p r aB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 5 1 5.111b1111a1b1b116岩羊P s e u d o i s n a y a u rP s e u d o i sB OV I DA EG C A 0 0 3 1 8 2 5 7 5.11b1111111119小岩羚R a p h i c e r u s c a mp e s t r i sR a p h i c e r u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 7 3 5.111a1a11111118苇羚R e d u n c a r e d u n c aR e d u n c aB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 0 9 3 5.111111a11b11a17高鼻羚羊S a i g a t a t a r i c aS a i g aB OV I DA EG C A 0 0 4 0 2 4 9 8 5.11b11111a1a1a1a15普通小羚羊S y l v i c a p r a g r i mm i aS y l v i c a p r aB OV I DA EG C A 0 0 6 4 0 8 7 3 5.111a1111a1a1a116非洲野水牛S y n c e r u s c a f f e rS y n c e r u sB OV I DA EG C A 9 0 2 8 2 5 1 0 5.111111b1b11118林羚T r a g e l a p h u s s p e k i iT r a g e l a p h u sB OV I DA EG C A 0 0 6 4 1 1 0 1 5.11a1a11a11a1111a5总计 T o t a l3 94 04 54 34 43 64 34 14 44 64 2 1括号里面的数字为牛T L R基因的长度;a表示T L R序列短而被剔除的序列,b为提前终止子剔除的序列;*表示每个物种T L R真基因的总数T h e n u m b e r s i n p a r e n t h e s e s a r e t h e l e n g t h s o f T L R g e n e s i n c a t t l e;a i n d i c a t e s s e q u e n c e s w i t h s h o r t T L R s e q u e n c e s a n d w e r e e x c l u d e d i n t h i s s t u d y,b s h o w s s e q u e n c e s w i t h p r e m a t u r e t e r m i n a t i o n c o d o n a n d w e r e e x c l u d e d i n t h i s s t u d y;*i n d i c a t e s t h e t o t a l n u m b e r o f T L R t r u e g e n e s p e r s p e c i e s6273 9期马淑娟等:反刍动物T o l l样受体多基因家族的分子进化及表达模式分析进化树改自文献1 4 的图1P h y l o g e n e t i c t r e e w a s m o d i f i e d f r o m f i g u r e 1 i n r e f e r e n c e 1 4图1 反刍动物的T L R基因数目F i g.1 T L R g e n e s n u m b e r o f r u m i n a n t s科鉴定到9个T L R基因(无T L R8),长颈鹿科、鹿科、麝科、牛科都鉴定到1 0个T L R基因(表1和图1)。在物种水平上,通过剔除短序列和假基因之后,鉴定到的T L R基因数目为01 0个。牛科的高 角 羚(A e p y c e r o s m e l a mp u s)和 柯 氏 犬 羚(M a d o q u a k i r k i i)鉴定到的T L R真基因数目为零。2.2 反刍动物T L R s的染色体定位、基因结构水牛和马鹿的T L R s家族成员在染色体上的定位不同、基因结构不同(图2)。水牛T L R1、T L R6、T L R1 0连锁,并位于7号染色体,T L R7和T L R8连锁,位于X染色体,T L R2、T L R3、T L R4、T L R5、T L R9分别分布于1 7、1、3、5、2 1号染色体上(图2 a)。马鹿T L R1、T L R6、T L R1 0位于1 9号染色体,T L R7和T L R8位于X染色体,T L R2、T L R3、T L R4、T L R5、T L R9分别分布于染色体1、3 1、3 0、1 3、2 2上(图2 b)。水牛和马鹿的C D S全长是保守的,但基因结构分析表明,水牛和马鹿在外显子数目、基因长度存在差异(图2 c,图2 d)。水牛的T L R基因含有25个外显子,其中T L R3基因有最多的外显子数目,水牛的T L R基因长度位于7 8 2 8(T L R9)3 3 8 8 3 b p(T L R1 0)之间(图2 c)。马鹿T L R基因含有27个外显子,其中T L R7基因具有最多的外显子。马鹿T L R基 因 基 因 长 度 在5 1 1 9(T L R9)1 3 6 0 3 0 b p(T L R2)之间(图2 d)。不同基因的长度差异来自于内含子长度的差异上。2.3 反刍动物的T L R s的分类以蓝鲸和人类T L R s基因作为外类群,与4 2 1条7273畜 牧 兽 医 学 报5 4卷 a.水牛T L R s基因在染色体上的定位;b.马鹿T L R s基因在染色体上的定位;c.水牛T L R s基因结构;d.马鹿T L R s基因结构a.C h r o m o s o m a l l o c a l i z a t i o n o f T L R g e n e s i n B u b a l u s b u b a l i s;b.C h r o m o s o m a l l o c a l i z a t i o n o f T L R g e n e s i n C e r v u s c a n a-d e n s i s;c.T L R g e n e s s t r u c t u r e o f B u b a l u s b u b a l i s;d.T L R g e n e s s t r u c t u r e o f C e r v u s c a n a d e n s i s图2 水牛和马鹿T L R s基因在染色体上的定位和基因结构F i g.2 C h r o m o s o m a l l o c a l i z a t i o n a n d g e n e s t r u c t u r e o f T L R s i n B u b a l u s b u b a l i s a n d C e r v u s c a n a d e n s i s反刍动物T L R s基因序列构建的ML系统发育树(图3)表明,反刍动物T L R序列聚成5个基因簇,分别是T L R1(T L R1/6/1 0)、T L R2、T L R4、T L R3(T L R3/5)、T L R7(T L R7/8/9)亚家族。T L R1和T L R7亚家族拥有最多的T L R家族成员,T L R2和T L R4仅有1个直系同源基因。在每个T L R基因家族成员内部,T L R基因序列按照科聚类,叉角羚科和长颈鹿科、麝科和牛科各自形成姐妹群(图3)。2.4 反刍动物T L R s自然选择压力本研究检测了5 3种动物1 0个T L R基因的自然选择压力模式和强度,非同义替换率(d N)和同义替换率(d S)的比值()表明所有的T L R基因均受到纯化选择作用(表2),值从T L R8的0.1 2 1到T L R6的0.3 6 9,提示反刍动物的T L R基因受到一定的功能约束。尽管反刍动物的T L R基因整体受到明显的纯化选择作用,但是在除了T L R7外的其他的T L R基因中均检测到了显著的正选择位点(1 9 3个),其中3 5个是4种方法均鉴定到的(表2),提示这些位点受到强烈的正选择作用。不同T L R基因的正选择位点数目差异明显,从T L R7的0到T L R1的6.8 0。在所有的直系同源T L R基因中,T L R8和T L R7分别拥有最低的值和最低比例的正选 择位点,提示这两个基因受到的选择约束高于其他直系同源T L R基因。牛科和鹿科均小于1,都受到强烈的纯化选择,但是相比于鹿科,牛科具有更高的值和更高比例的正选择位点,提示鹿科T L R基因受到的约束力高于牛科(图4 a-b,表2;牛科=0.2 5 3,鹿 科=0.2 1 8,2=7.3 0 3,d f=1,P=0.0 0 7;牛科P S S比例为0.2 5 3,鹿科P S S比例为0.2 1 8,2=0,d f=1,P0.0 5)。在所有反刍动物的T L R基因中,非病毒性T L R s(T L R1/2/4/5/6/1 0)比病毒性T L R s(T L R3/7/8/9)具有更高的和更多的正选择位点数目(图4 c-d,病毒性=0.1 8 8,非病毒性=0.2 6 4,t=1.6 5 0,d f=8,P=0.1 3 8;病毒性P S S比例为2.6 7,非病毒性P S S比例为5.2 0,t=2.5 8 6,d f=8,P=0.0 3 2)。2.5 绵羊T L R s基因家族在不同组织的表达模式本研究对绵羊1 0个T L R s基因家族成员在不同系统和组织中的组织表达量计算算术平均值,通过表达量热图发现几乎所有T L R基因都在免疫组织器官上表达(图5,灰色色块颜色所示)。T L R2/9/1/4在免疫组织的表达量整体高于T L R3/7/5/8/6/1 0,T L R2和T L R9基因在外周血单个核细胞(p e r i p h e r a l b l o o d m o n o n u c l e a r c e l l,P BMC)中存在高水平的表达。8273 9期马淑娟等:反刍动物T o l l样受体多基因家族的分子进化及表达模式分析自展值大于7 0%的用*表示B o o t s t r a p v a l u e s l a r g e r t h a n 7 0%a r e d e n o t e d b y*图3 反刍动物T L R基因的最大似然树F i g.3 ML t r e e o f r u m i n a n t T L R g e n e s3 讨 论反刍动物对于人类社会具有重要的价值及生物学意义,对于反刍动物的T L R家族研究有助于理解反刍动物免疫系统的进化机制。在已报道文献中,通过P C R扩增的方法确定牦牛、山羊、牛、绵羊1 2,1 8-1 9,3 2具有T L R1-T L R1 0 1 0个T L R基因,这些研究仅包含了1 3种反刍动物,约占反刍动物总数的5.6%(1 3/2 3 3)。本研究借助于N C B I中丰富的反刍亚目基因组数据,通过B L A S T对反刍亚目的6个科,4 7个属(约占6 5.8%),5 3个物种(约占物种总数的2 2.7%)的T L R基因家族进行了鉴定。较以往研究,本研究的物种覆盖了反刍亚目全部6个科及一半以上的