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关联申报和同期资料管理的几个新旧衔接问题
2016年6月29日，国家税务总局出台的《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号，以下简称“42号公告或本公告”）第二十七规定：本公告适用于2016年及以后的会计年度。《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发〔2009〕2号，以下简称“2号文”）第二章、第三章、第七十四条和第八十九条、《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》（国税发〔2008〕114号）同时废止。
根据以上规定，针对关联交易税务管理中的关联方关系的判定、关联交易类型的界定、关联申报的表式、是否需要准备同期资料的判定及同期资料的内容等，在2015年及以前的会计年度的应该按2号文及其相关规定执行，而2016年及以后的会计年度的应该按42号文执行。此外，尽管在42号公告的第二十七条中并没有规定“在本公告发布前实施的有关规定与本公告不一致的，以本公告为准。”但是从法理上理解应该42公告中的规定与2号文及其他相关规定中不一致或矛盾的内容应该按42号公告规定执行的，因此，亲们还需要关注以下两个方面的新旧衔接问题。
1、关联债资比例的计算问题
2号文第八十五条规定：所得税法第四十六条所称不得在计算应纳税所得额时扣除的利息支出应按以下公式计算：
不得扣除利息支出=年度实际支付的全部关联方利息×（1-标准比例/关联债资比例）其中：标准比例是指《财政部国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税〔2008〕121号）规定的比例。
关联债资比例是指根据所得税法第四十六条及所得税法实施条例第一百一十九的规定，企业从其全部关联方接受的债权性投资（以下简称关联债权投资）占企业接受的权益性投资（以下简称权益投资）的比例，关联债权投资包括关联方以各种形式提供担保的债权性投资。
同时2号文第八十六条规定：关联债资比例的具体计算方法如下：
关联债资比例＝年度各月平均关联债权投资之和/年度各月平均权益投资之和其中：
各月平均关联债权投资＝（关联债权投资月初账面余额+月末账面余额）/2各月平均权益投资＝（权益投资月初账面余额+月末账面余额）/2需要特别提醒关注的是:在42号公告新版关联申报表的《G100000中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》中新增了“200关联债资信息”这一项目，该项目中的“201年度平均关联债权投资金额”和“202年度平均权益投资金额”应根据新版关联申报表的《G107000融通资金表》和《G109000权益性投资表》的相应栏次数额填报。而在G107000表中的“年度平均关联债权投资金额”计算方法已经修改为“年度加权平均”，即该表中第N行第8列＝∑第i行第4列×第i行第5列÷365，也就是每笔借贷金额X本年实际占用天数之和÷365，而且G107000表中第N行第8列＝表G100000“201年度平均关联债权投资金额”栏；但G109000表中“平均权益投资金额”的计算方法仍然还是按“月度加权平均”，即与2号文中的上述口径保持一致。因此，2016年42号公告生效执行后，G100000表中“203债资比例＝201年度平均关联债权投资金额÷202年度平均权益投资金额”的计算公式中的分子分母口径是不一致的。
2、跟踪管理、单一功能企业亏损及监控管理同期资料提供时限问题2009年4月16日《国家税务总局关于加强转让定价跟踪管理有关问题的通知》（国税函[2009]188号）规定：2008年1月1日以后结案的转让定价调整案件，税务机关应自企业被调整的最后年度的下一年度起5年内实施跟踪管理；跟踪管理期内，涉及2008年度的转让定价调整，企业应在2009年12月31日之前向税务机关提供年度同期资料；涉及2009年及以后年度的转让定价调整，企业应在跟踪年度的次年6月20日之前向税务机关提供年度同期资料。税务机关应根据同期资料和纳税申报资料做好分析、评估工作。
2009年7月6日《国家税务总局关于强化跨境关联交易监控和调查的通知》（国税函[2009]363号）规定：跨国企业在中国境内设立的承担单一生产（来料加工或进料加工）、分销或合约研发等有限功能和风险的企业，不应承担金融危机的市场和决策等风险，按照功能风险与利润相配比的转让定价原则，应保持合理的利润水平。且上述承担有限功能和风险的企业如出现亏损，无论是否达到准备同期资料的标准，均应在亏损发生年度准备同期资料及其他相关资料，并于次年6月20日之前报送主管税务机关。
2014年8月29日《国家税务总局关于特别纳税调整监控管理有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第54号）第一条规定:税务机关通过关联申报审核、同期资料管理、前期监控和后续跟踪管理等特别纳税调整监控管理手段发现纳税人存在特别纳税调整风险的，应当向纳税人送达《税务事项通知书》，提示其存在特别纳税调整风险，并要求纳税人按照有关规定20日之内提供同期资料或者其他有关资料。
特别提醒大家关注的是：42号公告并没有废止以上三份文件，这样，符合以上三种情形的企业应按规定准备好同期资料是应在次年6月20日还是7月30日之前提供给税务机关，在实际操作中将会存争议。但根据基本法理理解应该按42号公告新规执行，即理解应在次年7月30日之前向税务机关提供同期资料并在税务机关要求提供同期资料的30日内提供。其实以上三种情形已经写入了2015年9月17日发布的2号文征求意见稿中，因此，如未来出台相关的新规定则应按相应的新规执行并应废除以上规定。