SangerSolexa测序原理和流程教育课件.ppt
SangerSolexa测序原理和流程教育课件.ppt
- 配套讲稿：
如PPT文件的首页显示word图标，表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制：
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片，仅作为作品整体效果示例展示，禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词：
- SangerSolexa 原理 流程 教育 课件
- 资源描述：
-
,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,Sanger&Solexa测序原理和流程PPT讲座,引物和,PCR,传统测序法,Sanger,法,新一代测序法,solexa,引物和,PCR,什么是引物,一小段单链,DNA,，用来引发,PCR,反应,什么是,PCR,Polymerase Chain Reaction,聚合酶链式反应，是复制,DNA,的反应。,做,PCR,的目的是什么,扩增,。由,DNA,链上的已知片段向特定的区域延伸，从而得到,特定区域,的,DNA,。,变性,5,3,5,3,3,5,3,5,引物复性,3,5,3,5,5,3,3,5,P1,P2,延伸,3,5,3,5,5,3,3,5,P1,P2,再变性,首轮扩增结束,再复性,P1,P1,P2,P2,再延伸,P1,P1,P2,P2,第二轮扩增结束,P1,P1,P1,P1,P2,P2,P2,P2,第三轮扩增结束,轮次,长片段数量,目标片段数量,1,2,0,2,4,2,3,6,8,4,8,22,5,10,52,6,12,114,通过不断扩增延伸，长片段线性增长，而目标片段指数增长，最终反应主产物是目标片段,PCR,扩增,NGF,基因（大鼠）,rat beta-nerve growth factor sequence,5,-,301,gttctacact ctgatcacag cgttttt,gat cggcgtacag,gcagaac,cgt acacagagat,361,caatgtccca gagggagact ctgtccctga agaccactgg actaaacttc agcattccct,421,ctgacacagc cctacgcaga gcccgcagtg cccctgctga accaatagct gcccgtgtga,481,agggacgacc cgcaacatca ctgtggaccc caaactgttt aagaaacg,ga,gactccgttc,541,accccgcg,tg ctgtttagca cccagcctcc caaactgttt aagaaacgga gactccgttc,-,3,Primer 1:(5,)gat cgg cgt aca ggc aga ac(3,)328-347,Primer 2:(3,)cgc ggg gtg aac gga gtc tc(5,)529-548,预期扩增长度：220,bp,DNA Marker,NGF,2000,bp,1000,bp,750,bp,500,bp,250,bp,100,bp,220,bp,通过胶图验证,PCR,是否成功,PCR,的特点和用途,灵敏度高,、,特异性强,1、获取,DNA,2、验证,引物设计的基本原则,有效：能结合到模板上,引物自身没有消耗,唯一：一定范围内不错配,引物的自身消耗,发夹结构：,5-ACATGAGGTACCAGCCCCATGT-3,5-ACATGAGGTAC,|,3-TGTACCCCGAC,引物二聚体结构：,引物,1,：,TACCGAACTCAGGGAACAGC,|,引物,2,：,GACTCCATTGCCTAGCCTGG,引物设计的通常条件,1、引物长度。1530,bp，,通常设计引物都在1827之间的范围内。太短则特异性降低容易引起错配，太长则结合能量过高，不易结合。,2、引物的3,端比5,端重要，5,端如果有个别碱基错配仍可结合，3,端如果有错配则不可结合。3,端尽量不要出现连续相同碱基。,3、,GC,含量。通常在40%60%之间容易进行,PCR,反应，过高或者过低都会增加反应难度。,PCR,的上下游引物,GC,含量不能相差太大。,4、,PCR,的,Tm,值（退火温度）一般在5570 之间。（不同软件的计算差异很大，有时需要摸索条件）,5、引物中尽量避免发夹结构和引物二聚体的出现。,Sanger,测序法,Sanger,测序技术的发展,70,年代末，,Walter Gilbert,发明化学法,Frederick Sanger,发明双脱氧链终止法,手动测序，同位素标记,80,年代中期，出现自动测序仪（应用双脱氧链终止法原理）,荧光代替同位素，计算机图象识别,90,年代中期，测序仪重大改进,集束化的毛细管电泳代替凝胶电泳,2001,年完成人类基因组框架图,链终止法的原理：,以单条,DNA,链为模板合成互补链。,在合成原料（,2,脱氧核苷酸）中掺入标记过的,2,3,双脱氧核苷酸。,合成互补链的反应会随机终止。,而得到大量终止处带有标记的,DNA,片段。,通过电泳分离这些片段来读出序列。,脱氧核苷酸和双脱氧核苷酸,链终止法的核心仍然是,PCR,通过反应的随机终止，使读取序列成为可能,峰图文件,PHD,文件,BEGIN_COMMENT,CHROMAT_FILE:rgbsda0_013779.y1.scf,ABI_THUMBPRINT:0,PHRED_VERSION:0.000925.c,CALL_METHOD:phred,QUALITY_LEVELS:99,TIME:Mon Aug 9 15:08:48 2004,TRACE_ARRAY_MIN_INDEX:0,TRACE_ARRAY_MAX_INDEX:5301,TRIM:0 648-1.00,CHEM:unknown,DYE:unknown,END_COMMENT,BEGIN_DNA,a 27 45,c 27 53,a 34 60,t 34 66,a 33 74,END_DNA,END_SEQUENCE,Sequence file(Fasta),rax_539101.y1.abd CHROMAT_FILE:rax_539101.y1.abd PHD_FILE:,rax_539101.y1.abd.phd.1 CHEM:term DYE:ET TIME:Mon Oct 30,15:10:42 2000,CCCCCCCCTCAAGTAAAATACTATCTCGGAACGACATAACGTTTTAGATT,CGTCATAGTCTTTCCTGTACAACTCATTGAGCCTCACGCCGTTGTCCATT,TGCTGTTTGCCATTTAGTCGTACGTCGGTGGGACAGGGGAGTCGGATGTA,TAGCAGGTTCTTTACAATATTGCAGCACCATGGGTTCGCCAGAGAGTTGT,GGGTCTTCTATTGATCATAGATATCTAGCGATGCCTAAGTGCATGGTTTA,TCTTCTGAGAATATATTCTTTCATAGTGAGGGGTCATTCACCGTAATTAG,TTCTGGACTCTTTTGGAGAATTATTAAATTATTTGATGACCTTGAAATAT,TTTGCCATTATTCAATGTGCTCATAATAATATTAAGATTTATGTCTACCA,TGCTTGAATAATTGATATTAACATCATAAGATTTTAAATAAGATTTATAT,TTTTAGATACACCTTAGAAACACTTCCATAATATATCATTTCGCTAACTT,Quality file(Fasta),203c04_0102.g1.abi 682 17 430 ABI,21 21 29 26 26 26 32 33 47 48 48 51 51 51 46 42 42,32 33 47 48 48 51 51 51 46 42 35 34 34 34 34 34 42,42 42 56 56 56 56 48 48 44 44 42 42 42 42 42 42 35,31 31 31 31 35 42 48 56 51 51 42 42 42 42 40 45 37,37 40 36 45 35 35 35 32 45 45 42 42 37 37 37 37 44,44 56 56 42 42 36 35 35 35 35 35 37 37 37 40 51 51,51 51 56 56 56 56 56 56 42 44 46 43 42 40 40 45 45,35 35 35 29 29 17 29 31 40 39 45 40 42 40 42 37 35,35 35 35 37 42 42 44 46 43 43 43 42 42 42 42 42 42,42 37 42 44 44 56 37 37 37 37 37 37 46 51 44 43 42,42 35 36 30 33 33 38 38 36 36 36 36 42 42 44 37 37,37 37 37 31 29 29 29 24 24 28 28 28 36 42 44 42 42,42 35 29 29 29 29 29 29 42 29 35 29 25 25 32 27 25,16 17 17 24 24 29 29 23 29 33 40 40 40 40 25 25,目前华大的,Sanger,测序仪有以下两种：,Megabace,96,孔板，读长,500bps,，,scf,格式峰图,3730/3700,384,孔板，读长,700bps,以上，,ab1,格式,质量的控制,用质量值,Q,来判断结果的可靠性,Q=-10*logX (X,是单碱基错误率,),Trim,掉低质量序列，使用高质量序列,一些问题,为什么,GC,过高或过低的,DNA,会造成测序困难？,高质量的测序结果一定可信吗？,引物在测序模板上的结合位置不唯一会导致什么后果？,测序模板本身不唯一会导致什么后果？,新兴的测序方法,solexa,Solexa,测序方法是由,solexa,公司（目前已被,illumina,兼并）开发的低成本高通量的测序方法。于,2006,年发布。,目前,solexa,测序的主要用途是重测序和表达分析，全基因组测序组装尚处在试验过程。,反应单位：,cluster,A C,T G,Cycle N,Solexa,的优缺点,优点,通量大，成本低（,sanger,法的,1/100,）,shotgun,测序的覆盖度和随机性相对较好,缺点,目前技术尚不成熟,读长太短，拼接难度大,Solexa,数据,读长：,3575bps,时间：,3days/SE36run,通量：,1G/run,质量：理想情况下接近,Q40,标准,GC,敏感度：相对低,为什么说,solexa,是,“,下一代,”,测序技术,反应模板的承载方式的改变,从孔到簇,从游离态到固态,反应控制方式的改变,从个体控制转为进程控制,最终结果是通量的飞跃,从点到面,测序的发展方向,质量,读长,通量,成本,展开阅读全文
咨信网温馨提示：1、咨信平台为文档C2C交易模式，即用户上传的文档直接被用户下载，收益归上传人（含作者）所有；本站仅是提供信息存储空间和展示预览，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对上载内容不做任何修改或编辑。所展示的作品文档包括内容和图片全部来源于网络用户和作者上传投稿，我们不确定上传用户享有完全著作权，根据《信息网络传播权保护条例》，如果侵犯了您的版权、权益或隐私，请联系我们，核实后会尽快下架及时删除，并可随时和客服了解处理情况，尊重保护知识产权我们共同努力。
2、文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确)，网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为仲裁依据，个别因单元格分列造成显示页码不一将协商解决，平台无法对文档的真实性、完整性、权威性、准确性、专业性及其观点立场做任何保证或承诺，下载前须认真查看，确认无误后再购买，务必慎重购买；若有违法违纪将进行移交司法处理，若涉侵权平台将进行基本处罚并下架。
3、本站所有内容均由用户上传，付费前请自行鉴别，如您付费，意味着您已接受本站规则且自行承担风险，本站不进行额外附加服务，虚拟产品一经售出概不退款（未进行购买下载可退充值款），文档一经付费（服务费）、不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
4、如你看到网页展示的文档有www.zixin.com.cn水印，是因预览和防盗链等技术需要对页面进行转换压缩成图而已，我们并不对上传的文档进行任何编辑或修改，文档下载后都不会有水印标识（原文档上传前个别存留的除外），下载后原文更清晰；试题试卷类文档，如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案，请知晓；PPT和DOC文档可被视为“模板”，允许上传人保留章节、目录结构的情况下删减部份的内容；PDF文档不管是原文档转换或图片扫描而得，本站不作要求视为允许，下载前可先查看【教您几个在下载文档中可以更好的避免被坑】。
5、本文档所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权，请谨慎使用；网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽－－等)目的在于配合国家政策宣传，仅限个人学习分享使用，禁止用于任何广告和商用目的。
6、文档遇到问题，请及时联系平台进行协调解决，联系【微信客服】、【QQ客服】，若有其他问题请点击或扫码反馈【服务填表】；文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“【版权申诉】”，意见反馈和侵权处理邮箱：1219186828@qq.com；也可以拔打客服电话：0574-28810668；投诉电话：18658249818。
实名认证
平台协调中心【客服】
自信AI助手
微信客服
客服QQ
发送邮件
意见反馈
链接地址：https://www.zixin.com.cn/doc/12816667.html