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    盐胁迫下小偃麦酵母双杂交文库构建及TtLEA2-1互作蛋白筛选.pdf

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    盐胁迫下小偃麦酵母双杂交文库构建及TtLEA2-1互作蛋白筛选.pdf

    1、54卷南 方 农 业 学 报 1018盐胁迫下小偃麦酵母双杂交文库构建及TtLEA2-1互作蛋白筛选张菊1,杨志芬1,2,穆远杭1,石鹿溪1,张庆勤1,张素勤1,3*(1贵州大学农学院,贵州贵阳550025;2贵阳市乡村振兴服务中心,贵州贵阳550081;3国家小麦改良中心贵州分中心,贵州贵阳550025)摘要:【目的】构建小偃麦酵母双杂交(Y2H)文库,筛选胚胎发育晚期丰富蛋白(TtLEA2-1)的互作蛋白,为探究该基因的功能和表达调控机理提供理论参考。【方法】以小偃麦Y1805为材料,经提取RNA、分离mRNA、cDNA合成和均一化(DSN)处理后进行BP(attB和attP位点)重组反应

    2、,把重组产物转化大肠杆菌DH10B感受态细胞,构建cDNA初级文库。抽提初级文库质粒,以pGADT7-DEST载体进行LR(attL或attR位点)重组反应,再转化大肠杆菌DH10B感受态细胞,构建Y2H文库。【结果】对初级文库和Y2H文库进行质量分析,其滴度分别是3.98106CFU/mL和6.14106CFU/mL,库容量分别为7.96106CFU和1.23107CFU,重组率均为100%。从Y2H文库中挑取的24个单克隆的插入片段长度为8504000 bp,平均片段长度大于1000 bp。采用Y2H技术和回转验证试验,从小偃麦Y2H文库中筛选了48个可能与TtLEA2-1互作的蛋白。48

    3、个TtLEA2-1互作蛋白中,有7个互作蛋白富集在遗传信息处理通路,4个蛋白富集在蛋白质家族:遗传信息过程通路,4个蛋白富集在核苷酸代谢通路,3个蛋白富集在甘氨酸生物合成和代谢通路,2个蛋白富集在碳水化合物代谢通路;富集在蛋白质家族:代谢、细胞过程、环境信息处理、氨基酸代谢通路的蛋白各有1个。【结论】构建的Y2H文库质量高、完整性好和覆盖面广,成功用于小偃麦盐胁迫响应基因互作蛋白的筛选试验,也为新基因发掘及其表达调控机理研究提供高效、便捷途径。关键词:小偃麦;酵母双杂交(Y2H);TtLEA2-1;互作蛋白;盐胁迫中图分类号:S512.103.53文献标志码:A文章编号:2095-1191(2

    4、023)04-1018-11收稿日期:2023-02-24基金项目:国家自然科学基金项目(32160442)通讯作者:张素勤(1974-),https:/orcid.org/0000-0001-9129-4937,教授,主要从事麦类作物遗传育种研究工作,E-mail:第一作者:张菊(1996-),https:/orcid.org/0009-0004-8649-1329,研究方向为小麦遗传育种,E-mail:南方农业学报Journal of Southern Agriculture2023,54(4):1018-1028ISSN 2095-1191;CODEN NNXAABhttp:/DOI:1

    5、0.3969/j.issn.2095-1191.2023.04.006Constructionofyeasttwo-hybridlibraryandscreeningofproteinsinteractingwithTtLEA2-1undersaltstressinTritipyrumZHANG Ju1,YANG Zhi-fen1,2,MU Yuan-hang1,SHI Lu-xi1,ZHANG Qing-qin1,ZHANG Su-qin1,3*(1College ofAgriculture,Guizhou University,Guiyang,Guizhou 550025,China;2G

    6、uiyang Rural Revitalization ServiceCenter,Guiyang,Guizhou 550081,China;3Guizhou Subcenter of National Wheat Improvement Center,Guiyang,Guizhou 550025,China)Abstract:【Objective】The purpose of the study was to construct Tritipyrum yeast two-hybrid(Y2H)library andscreen proteins interacting with late e

    7、mbryogenesis-abundant protein(TtLEA2-1),so as to provide theoretical referencefor exploring the function and expression regulation mechanism of this gene.【Method】Using Tritipyrum Y1805 as thematerial,after RNA extraction,mRNA isolation,cDNA synthesis,and normalization(DSN)treatment,BP(attB andattP s

    8、ites)recombination reaction were carried out,which was transformed into Escherichia coli DH10B competent cellsto construct a cDNA primary library.The primary library plasmid was extracted,and the pGADT7-DEST vector was usedfor LR(attL or attR sites)recombination reaction,and transformed into E.coli

    9、DH10B competent cells to construct aY2H library.【Result】Quality analysis of primary library and Y2H library showed that their titers were 3.98106CFU/mLand 6.14106CFU/mL repectively,and their library capacity were 7.96106CFU and 1.23107CFU respectively,andtheir recombination rate was 100%.The inserti

    10、on fragments of 24 single clones selected from the Y2H library were 850-4期10190引言【研究意义】小麦(Triticum aestivum L.)是世界上重要的粮食作物之一,其生产力受到土壤盐渍化的严重影响。偃麦草属(Thinopyrum)为多年生禾本科草本植物,遗传基础丰富,具有诸多优良农艺性状,如耐盐、抗旱、耐寒、繁殖能力强等,是小麦的三级基因库(罗小军等,2019)。偃麦草属植物与小麦的染色体组比较相近,与小麦杂交易形成易位系、代换系和附加系等小麦新种质,是小麦优良基因的重要来源,在小麦遗传改良中具有重要价值(董

    11、玉琛,2001)。小偃麦Y1805为普通小麦和长穗偃麦草(Thinopyrum elongatum)的远缘杂交种,兼具长穗偃麦草的耐盐和普通小麦的丰产等优点。植物胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA)基因在多种组织中的诱导表达可增强耐盐碱性和抗旱性,以保护植物正常的生长周期及代谢(Battaglia et al.,2008;Liu et al.,2013)。酵母双杂交(Y2H)技术用于研究蛋白质之间的相互作用和生物大分子的调控机制,是一种重要的分子生物学手段,使用该技术的前提是构建高质量的均一化cDNA文库,有效提高文库中低丰度mRNA的相对含量,使mRNA丰度趋于一致和降低冗余率(宴慧君等,2006

    12、)。构建盐胁迫下小偃麦Y1805的高质量Y2H文库,筛选其LEA2-1蛋白(TtLEA2-1)的互作蛋白,以期了解该基因功能和表达调控机理,对小麦耐盐性改良及选育具有重要的意义。【前人研究进展】秘彩莉等(2006)利用SMART(Switching mechanismat 5 end of the RNA transcript)技术,构建盐胁迫72 h的耐盐小麦98-160 cDNA文库,用于筛选和克隆小麦的耐盐基因。何晓兰等(2013)构建栽培大豆高盐胁迫下根部组织的Y2H文库,总独立克隆数为5.61106CFU,文库滴度为3.41010CFU/mL,重组率大于90%。杨梦丹等(2018)构

    13、建高质量的丹参Y2H文库,从中筛选出丹参DnaJ和UBQ的互作蛋白。雷海英等(2018)以玉米自交系郑58幼苗为材料,构建玉米幼苗Y2H文库,经过测序、序列比对和共转验证后,得到与诱饵蛋白ZmCEN互作的28个蛋白。王珍等(2020)构建甘蓝型油菜混合Y2H文库,利用共转化法筛选与BnMAPK1互作的蛋白,初步提出BnMAPK1参与调控生长周期及提高植物抗逆性的分子机制。赵怀印等(2020)以pGBKT7-SlHSP17.7诱饵载体,从番茄成熟期果实Y2H文库中筛选出与SlCCX1-like互作的蛋白。张竹君等(2021)构建月季干旱胁迫下Y2H文库,并利用重组诱饵蛋白pGB-KT7-RhRD

    14、22从中筛选出7个与其互作的蛋白,以此研究RhRD22参与干旱胁迫的分子调控机制。王巧慧等(2021)构建白粉病菌侵染条件下小麦Y2H文库,从中筛选出2个与热休克蛋白HSP40-70互作的蛋白,分别是DnzJ类(DnzJ-like)蛋白和E3泛素蛋白连接酶AIP2(AIP)。陈玉婷等(2021)构建花生受青枯菌诱导的根部组织Y2H文库,从中筛选获得花生NBS-LRR类抗青枯病相关蛋白AhRRS5的12个互作蛋白,可用于研究AhRRS5及其互作蛋白在花生青枯病防御的作用机制。全芮萍等(2021)构建苎麻叶片Y2H文库,从中鉴定出螯合肽合成酶(BnPCS1)的2个互作蛋白,分别为Clpb3蛋白和前

    15、体mRNA加工因子39。孙一丁等(2021)构建稻瘟病诱导下水稻Y2H文库,从中筛选出1个能与PID2胞内结构域互作的U-box类E3泛素连接酶,可用于揭示由PID2介导的稻瘟病抗病信号传导机制。王菲菲等(2022)以耐盐大麦品种泰兴9425为材料构建Y2H文库,并筛选获得22个候选互作蛋白。非生物胁迫下,LEA蛋白家族能螯合金属离子,抑制活性氧、自由基的产生,故该家族具有减少细胞损伤、保护细胞的重要功能(Debnath et al.,2011;Rahman et al.,2011)。由于LEA蛋白具有高度的亲水性和热稳定性,盐胁迫和干旱胁迫可诱导LEA家族基因表达,从而提高多种植物对盐胁迫和

    16、干旱胁迫的耐受性。研究发现,将大麦LEA过表达基因(HVA7)转入水稻中,可显著提4000 bp in length,and the average fragment length was more than 1000 bp.Using Y2H technology and reversion verifica-tion tests,48 proteins that might interact with TtLEA2-1 were screened from Tritipyrum Y2H library.Among the 48TtLEA2-1 interacting proteins,7

    17、interacting proteins were enriched in the genetic information processing pathway,4 pro-teins were enriched in the protein family:genetic information process pathway,4 proteins were enriched in the nucleotidemetabolism pathway,3 proteins were enriched in the glycine biosynthesis and metabolism pathwa

    18、y,2 proteins wereenriched in the carbohydrate metabolism pathway;and 1 protein was enriched in each of the protein family:metabolism,cellular process,environmental information processing,and amino acid metabolism pathways.【Conclusion】The con-structed Y2H library is of high quality,good integrity and

    19、 wide coverage,which is successfully used for the screen test ofsalt stress responsive genes interacting proteins in Tritipyrum,and also provides an efficient and convenient way for theresearch on the discovery of new genes and their expression regulation mechanism.Key words:Tritipyrum;yeast two-hyb

    20、rid(Y2H);TtLEA2-1;interacting proteins;salt stressFoundation items:National Natural Science Foundation of China(32160442)张菊等:盐胁迫下小偃麦酵母双杂交文库构建及TtLEA2-1互作蛋白筛选54卷南 方 农 业 学 报 1020高株系对干旱和盐的耐受性(Xu et al.,1996);将小麦LEA过表达基因(DHN-5)转入拟南芥中,转基因植株对渗透胁迫的敏感性大幅度提高(Brini et al.,2011)。【本研究切入点】耐盐八倍体小偃麦Y1805是普通小麦与长穗偃麦草

    21、远缘杂交种,具有小麦亲本的A、B、D组染色体,以及长穗偃麦草的E组染色体(杨锐,2021)。目前,鲜见关于盐胁迫下小偃麦酵母杂交文库及TtLEA2-1互作蛋白的研究报道。【拟解决的关键问题】采用SMART cDNA合成和DSN(Du-plex-specific nuclease)均一化技术构建高质量的小偃麦Y2H文库,对其质量进行鉴定后,利用Y2H技术筛选小偃麦TtLEA2-1的互作蛋白,为深入研究TtLEA2-1基因功能及表达调控机理提供理论参考。1材料与方法1.1试验材料所用材料为耐盐八倍体小偃麦Y1805(Tritipy-rum,AABBDDEE)。Y1805具有耐盐、早熟、抗小麦白粉病

    22、、叶锈病、条锈病和秆锈病等优点。主要试剂:PureLinkHiPure Plasmid Filter Midiprep Kit、LRClonaseTMII Enzyme Mix、ElectroMAXTMDH10BTMT1 Phage Resistant Cells均购于Life公司;超纯RNA提取试剂盒购自康为世纪生物科技股份有限公司;NucleoTrap mRNA试剂盒购自Clontech公司;Clone-MinerTM cDNA Library Construction Kit试剂盒、GatewayBP Clonase Enzyme Mix 试 剂 盒、PureLinkHiPurePlas

    23、mid Filter Midiprep Kit试剂盒均购自Invitrogen 公司;大肠杆菌DH10B和诱饵载体pGBKT7购自宝生物工程(大连)有限公司;SD/Leu/Trp(DDO)培养基和SD/Ade/His/Leu/Trp(QDO)培养基购自北京酷来搏科技有限公司。主要仪器设备:台式高速冷冻离心机(Thermo,美国)、智能人工气候箱(浙江托普云农科技股份有限公司)和Nano-Drop one微量分光光度计(赛默飞世尔公司,美国)。1.2总RNA提取及mRNA分离用75%酒精对饱满且大小一致的Y1805种子消毒,浸泡1 min后,再用蒸馏水冲洗,将种子整齐摆放在铺有2层滤纸的透明PV

    24、C胶板中,置于相对湿度75%,昼夜温度20/15 的光照培养箱中发芽。然后将幼苗定植在漂浮板上,倒入1/2 Hoagland营养液,每3 d更换一次培养液,光照/黑暗周期16 h/8 h,湿度、温度与发芽培养相同,光照强度为400 mol/(m2s)。在幼苗培养第14 d(2叶期)时,用1/2 Hoa-gland溶液+250 mmol/L NaCl进行盐胁迫,盐胁迫处理5 h时进行小麦根的取样。用液氮将适量Y1805根组织研成粉末后,转入50 mL RNasefree离心管中,再利用超纯RNA试剂盒提取总RNA,用1%琼脂糖凝胶电泳和NanoDrop one超微量分光光度计测定RNA浓度和纯度

    25、。按照NucleoTrap mRNA试剂盒操作步骤进行mRNA分离和纯化。1.3cDNA合成及均一化处理以mRNA为模板合成cDNA,具体步骤按照SMART cDNA Library Construction Kit试剂盒说明进行。使用Trimer-Direct cDNA归一试剂盒对双链cDNA进行归一化,加入生物素-DSN-attB2/attB1引物,构建cDNA文库。1.4cDNA初级文库构建将cDNA分级分离和收集后用于BP(attB和attP位点)重组反应。通过电转化法将重组产物转化大肠杆菌DH10B感受态细胞,并转移至加入2 mL SOC培养基的电泳杯,将菌液吸至15 mL离心管中,

    26、放在37 摇床振荡培养1 h,即为小偃麦cDNA初级文库菌液。取0.001 L细菌培养液涂布于LB平板,放于37 的培养箱中过夜培养。向剩余的细菌培养物中加入1/2体积的60%甘油,-80 冰箱保存备用。通过观察平板并计数菌落个数,挑24个单克隆进行菌液PCR验证,Primer5设计的正向和反向引物分别为pDONR222-F(5-TCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTCTT-3)和pDONR222-R(5-AGAGCTGCCAGGAAACAGCTATGACCATGTAATACGACTC-3)。反应体系20.0 L:2.0 L 10PCR Buffer,10 mmmo

    27、l/L dNTP 0.5 L,50 mmol/L MgCl21.0 L,20 mol/L正、反向引物各0.5 L,5 U/L DNA 聚合酶0.3 L,ddH2O补齐至20.0 L。扩增程序:94 预变性5 min;94 30 s,58 30 s,72 2 min,进行35个循环;72 延伸5 min。扩增产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测。根据以下公式计算文库的滴度、重组率和库容量:文库滴度(CFU/mL)=平板上的克隆数/涂板体积n1000 L(n为稀释倍数)文库重组率(%)=插入片段的克隆数/克隆总数100文库容量(CFU)=文库滴度(CFU/mL)文库菌液总体积(mL)1.5Y2H文库构建吸

    28、取包含51061107个阳性克隆的初级文库菌液,接种到100 mL肉汤培养基(含50 g/mL卡那霉素),置于在30、250 r/min摇床上摇至OD600为1.0。使用PureLinkHiPure Plasmid Filter Midiprep4期1021Kit试剂盒提取文库质粒,以pGADT7-DEST为目的载体进行LR(attL和attR位点)重组反应后电转化至大肠杆菌DH10B感受态细胞中,然后向电转杯中加入2 mL的SOC培养基,并吸至15 mL离心管,于37、225250 r/min摇床振荡1 h。取50 L稀释1000倍菌液进行涂板后过夜培养和计数;剩余培养物为酵母文库菌液,加甘

    29、油至终浓度为20%,混匀后-80 保存。随机挑取24个克隆,采用Primer5设计正向引物ADR(5-GTGAACTTGCGGGGTTTTTCAGTATCTACGATT-3)和反向引物T7(5-TAATACGACTCACTATAGGGCGAGCGCCGCCATG-3)进行PCR鉴定,用1%琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物。1.6TtLEA2-1互作蛋白筛选将TtLEA2-1基因全长序列插入诱饵载体pGBKT7中,利用聚乙二醇/LiAc法将重组体导入酵母菌株Y2H Gold,并对其进行自激活和毒性测试。利用DDO培养基和QDO培养基筛选单克隆菌落(2 mm),将菌落置于DDO液体培养基中振荡培养(29

    30、,200 r/min,20 h)至对数生长期,然后涂布于QDO培养基上,在DDO和QDO培养基上筛选阳性克隆,并进一步对阳性克隆进行测序、序列比对和反转验证。2结果与分析2.1总RNA提取以及mRNA分离NanoDrop one微量分光光度计检测结果显示,提取小偃麦盐胁迫根组织的总RNA OD260/OD280=2.13,OD260/OD230=2.08。电泳检测结果显示,提取的总RNA存在明显且清晰的18S rRNA和28S rRNA条带,且条带无拖尾现象(图1-A),说明rRNA的稳定性好,无污染且完整性良好。总RNA经分离和纯化后获得mRNA,电泳检测结果显示,其为均匀的弥散条带,mRN

    31、A长度大于650 bp,弥散状高亮度区集中在1000 bp以上区域(图1-B),可满足后续建库需求。2.2均一化cDNA初级文库构建及质量鉴定结果DSN处理前和处理后比较,如图2所示。均一化后的cDNA的亮带已基本消失,条带为10004000bp,说明DSN处理后高丰度cDNA减少,mRNA未发生降解,不同转录物的拷贝数均一化,可进行后续试验。以纯化后的mRNA为模板,反转录生产成cDNA,并进行BP重组反应。将反应产物电转至大肠杆菌DH10B,获得小偃麦cDNA初级文库菌液。取10 L初级文库菌液稀释1000倍,涂布50 L稀释液于LB培养基,37 过夜培养,结果如图3所示。LB培养基克隆数

    32、为199个,计算出初级文库滴度=199个/50L1000倍1000 L=3.98106CFU/mL,初级文库容量=文库滴度文库菌液总体积=3.98106CFU/mL2 mL=7.96106CFU。从初级文库中随机挑选24个单菌落进行PCR扩增,结果(图4)发现,24个单菌落均扩增出清晰的片段,且片段大小差异明显,插入片段大小为5002000 bp,平均插入片段长度大于1000 bp,重组率为100%,说明文库的插入片段多态性较好和信息丰图 1小偃麦总RNA提取(A)及mRNA分离(B)电泳检测结果Fig.1ElectrophoreticdetectionoftotalRNAextraction

    33、(A)andmRNAisolation(B)in Tritipyrum图 2小偃麦cDNA均一化处理结果Fig.2cDNAnormalization treatment in TritipyrumA:未均一化处理;B:均一化处理A:Before normalization treatment;B:After normalization treatmentABAB4000 bp1500 bp500 bp4000 bp2000 bp1000 bp650 bp500 bp4000 bp1500 bp500 bp28S rRNA18S rRNA图 3小偃麦初级文库容量鉴定Fig.3Identifica

    34、tion of primary library capacity in Tritipyrum张菊等:盐胁迫下小偃麦酵母双杂交文库构建及TtLEA2-1互作蛋白筛选54卷南 方 农 业 学 报 1022富,达到初级文库的质量需求。2.3Y2H文库构建及质量鉴定结果经BP重组反应,提取初级文库质粒与pGADT7-DEST混合后进行LR重组反应,并转化大肠杆菌DH10B感受态细胞获得酵母文库菌液。涂板按初级文库的方法,稀释好的菌液涂布于LB培养基后28 培养4872 h。LB培养基长出平均酵母菌克隆数为307个(图5),经计算得文库滴度为6.14106CFU/mL,库容量为1.23107CFU。在Y

    35、2H文库中随机挑选24个单克隆进行PCR扩增,结果如图6所示。24个单克隆均为阳性,重组率为100%,条带长度为8504000 bp,插入片段均高于850 bp,平均长度大于1000 bp,表明文库的中长片段所占比重较大。由此证明,构建的Y2H文库完整度和覆盖性均良好,符合次级文库cDNA的要求,可进行下一步的试验。2.4TtLEA2-1互作蛋白筛选结果将pGBKT7-TtLEA2-1载体转化Y2H Gold酵母感受态细胞,筛选出在DDO培养基上生长良好的单克隆。DDO培养基上有白色斑块,QDO培养基上无菌斑,说明TtLEA2-1是一种无毒、非自激活蛋白(图7),可进行筛库试验。将pGBKT7

    36、-TtLEA2-1和pGADT7-cDNA质粒共转入酵母细胞。从DDO培养基上初步筛选同时含DNA结合结构域和转录激活结构域的杂交菌株,再用QDO培养基筛选出与TtLEA2-1互作的蛋白;再对其测序结果进行数据库比对,最终获得与TtLEA2-1互作的48个蛋白。经反转验证试验发现,DDO和QDO营养缺陷培养基筛选出48个TtLEA2-1互作蛋白(图8),其测序数据和相似性比对结果见表1。图 4小偃麦初级文库插入片段重组率鉴定Fig.4Recombination rate identification of primary library insert fragment in Tritipyru

    37、mM:1 kb Plus DNALadder:124:单克隆;M:1 kb Plus DNALadder;1-24:Single clone图 5小偃麦Y2H文库容量鉴定Fig.5IdentificationofthecapacityofY2HlibraryinTritipyrum123456789101112M1314 151617 18192021222324图 6Y2H文库插入片段重组率鉴定Fig.6Recombination rate identification of insert fragment of Y2H libraryM:1 kb Plus DNAladder;124:单克

    38、隆M:1 kb Plus DNAladder;1-24:Single clone123456789101112M1314 151617 181920212223244期1023图 7无毒、非自激活TtLEA2-1蛋白的验证Fig.7Identification of non-toxic and non-self-activating TtLEA2-1 proteinDDO和QDO培养基均无菌斑块,说明TtLEA2-1蛋白具有毒性。DDO和QDO培养基均有斑块,说明TtLEA2-1蛋白具有自激活活性。DDO培养基有斑块,QDO培养基无斑块,说明TtLEA2-1蛋白无自激活活性Both DDO a

    39、nd QDO media were free of plaques,indicating that TtLEA2-1 protein was toxic.Both DDO and QDO media had plaques,indicating thatTtLEA2-1 protein had self-activating activity.DDO medium had plaques and QDO medium had no plaques,indicating that TtLEA2-1 protein had noself-activating activityDDOQDOpGADT

    40、7/pGBKT7-TtLEA2-1pGADT7-LargeT/pGBKT7-LaminCpGADT7-LargeT/pGBKT7-p53图 8TtLEA2-1互作蛋白的反转验证Fig.8Reversion verification of proteins interacting with TtLEA2-1148:与TtLEA2-1互作的48个蛋白;49:阳性对照(pGBKT7-p53);50:阴性对照(pGBKT7-laminC)。蓝色斑块表示蛋白质间存在互作1-48:48 proteins interacting with TtLEA2-1;49:Positive control(pGBKT

    41、7-p53);50:Negative control(pGBKT7-laminC).Blue plaques indicatedproteins with strong interaction2.5TtLEA2-1互作蛋白的KEGG信号通路富集分析结果对48个TtLEA2-1互作蛋白进行KEGG信号通路分析,结果发现有24个互作蛋白富集到信号通路上,结果如图9所示。有7个互作蛋白富集在遗传信息处理通路;4个蛋白富集在蛋白质家族:遗传信息过程通路;4个蛋白富集在核苷酸代谢通路;3个蛋白富集在甘氨酸生物合成和代谢通路;2个蛋白富集在碳水化合物代谢通路;富集在蛋白质家族:代谢、细胞过程、环境信息处理

    42、、氨基酸代谢通路的蛋白各有1个。其他24个蛋白未被富集到KEGG信号通路,可能是由于TtLEA2-1互作蛋白的数目较少,并且有些蛋白功能未知的缘故。3讨论建立高质量、具备完整信息的Y2H文库是大规模筛选候选蛋白的基础,文库的质量将决定后续试验是否成功(储昭晖等,2002;段翠芳等,2007;Costaet al.,2013)。Y2H技术可在酵母体内分析蛋白间互作或者蛋白与核酸互作,是高灵敏度的分子生物学技术(李舒文等,2021)。文库质量主要从2个指标进行评价,分别是cDNA文库的库容量和重组序列完张菊等:盐胁迫下小偃麦酵母双杂交文库构建及TtLEA2-1互作蛋白筛选54卷南 方 农 业 学

    43、报 1024序号Number123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748序列Sequence IDXR_005142845.1XM_037581531.1XM_037579058.1XM_020322626.2XM_037592288.1XM_020338808.2-XM_020340878.2XM_037630273.1X56781.1XM_037563643.1XM_037563643.1XM_020338808.2AK449245.1XM_020340878.

    44、2XM_037623634.1-XM_037620472.1XM_020314869.2AK448184.1XM_037625954.1-XM_020340878.2XM_037619955.1XM_037627772.1XM_037563643.1XM_020340878.2AK446347.1XR_002231657.2XM_037567547.1XM_037616978.1AK448184.1XM_020295141.2XM_020334938.1XM_037564592.1XM_037632392.1XM_037594579.1XM_037629077.1XM_020320794.2X

    45、M_020305119.2XM_037617044.1XM_020310636.2XR_005173757.1XM_037620472.1XM_037574670.1XM_020295141.2XM_037559258.1长度(bp)Length740535979998998998999999998110299899899889911185527749989989987129799799987969998969989799795289989986629981153999998574717998998991979998998672998BLAST预测结果Predicted result by B

    46、LAST analysisT.dicoccoides uncharacterized LOC119292067,transcript variant X5,misc_RNAT.dicoccoides probable apyrase 3(LOC119304351),transcript variant X2,mRNAT.dicoccoides ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 3 protein(LOC119302041),mRNAAegilops tauschii subsp.strangulata S-adenosylmethionine synthase 1(LOC

    47、109763766),mRNAT.dicoccoides glutamine synthetase-like(LOC119317792),mRNAAegilops tauschii subsp.strangulata uric acid degradation bifunctional protein TTL(LOC109780227),transcript variant X1,mRNANo significant similarity foundA.tauschii subsp.strangulata protein SRC2(LOC109782277),mRNAT.dicoccoides

    48、 chitinase 4-like(LOC119364754),mRNAT.aestivum 1a-17 gene for HBP-1a(leucine zipper type transcription factor)T.dicoccoides 40S ribosomal protein Sa-2-like(LOC119284523),mRNAT.dicoccoides 40S ribosomal protein Sa-2-like(LOC119284523),mRNAA.tauschii subsp.strangulata uric acid degradation bifunctiona

    49、l protein TTL(LOC109780227),transcript variant X1,mRNAT.aestivum mRNA,clone:tplb0026i01,cultivar Chinese SpringA.tauschii subsp.strangulata protein SRC2(LOC109782277),mRNAT.dicoccoides 40S ribosomal protein S20(LOC119356651),mRNANo significant similarity foundT.dicoccoides 40S ribosomal protein Sa-2

    50、-like(LOC119353792),mRNAA.tauschii subsp.strangulata FKBP12-interacting protein of 37 kD(LOC109755997),mRNAT.aestivum mRNA,clone:tplb0050b16,cultivar Chinese SpringT.dicoccoides histone H2A.2.2(LOC119360208),mRNANo significant similarity foundNo significant similarity foundA.tauschii subsp.strangula


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