基于GEO数据库的食管鳞癌核心基因SPP1和POSTN的鉴定及验证.pdf
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1、文章编号:():./.基于 数据库的食管鳞癌核心基因 和 的鉴定及验证张 峰张卫国摘 要:目的 鉴定并验证食管鳞癌()的核心基因探讨 和 表达与食管癌患者临床病理特征和预后的关系 方法 数据库下载数据集 和 语言筛选差异表达基因()数据库做 富集分析及 通路分析 数据库构建蛋白质相互作用()网络 软件鉴定核心基因()数据库验证核心基因在食管癌(包含但不限于)和正常食管组织中差异表达并评估其预后价值免疫组化技术进一步验证 和 在 和癌旁组织中差异表达 收集患者临床数据分析 和 表达与 患者临床病理特征(性别、年龄、肿瘤分化程度、淋巴转移、分期、肿瘤浸润深度及肿瘤最大径)的相关性及其预后价值 结果
2、 个 中 个上调基因 个下调基因 分析主要富集于钙离子结合、细胞质、胞外基质分配等方面 通路分析主要富集在蛋白质消化吸收和细胞外基质()受体相互作用 筛选出 个核心基因 数据库验证 个核心基因在食管癌组织均高表达()其中、高表达与食管癌患者预后差相关性大()免疫组化显示 和 蛋白在 组织中的表达水平较癌旁组织高(分别为 和)其中 蛋白高表达与 患者的 分期、肿瘤大小、浸润深度(均)相关性大 蛋白高表达与 患者的 分期、浸润深度(均)相关性大 和 高表达 患者具有更差的无病生存()期(分别为 和)结论 和 蛋白在 组织中的表达水平高于癌旁组织且 和 高表达食管癌患者预后更差关键词:食管鳞状细胞癌
3、差异表达基因 数据库核心基因中图分类号:.文献标志码:():().().().().收稿日期:作者单位:河南科技大学临床医学院河南科技大学第一附属医院中国洛阳作者简介:张峰()男河南南阳人住院医师从事肿瘤学研究工作 .(食管疾病 年 月 第 卷 第 期 ).()().().(.)(.)().:食管癌()是我国常见的消化道恶性肿瘤之一据 年全球癌症负担报告全球食管癌新发病例 万例死亡病例 万例而中国食管癌新增病例和死亡病例分别占全球总数的 和 其 中 食 管 鳞 癌()是主要的组织学亚型占病例总数的 以上 因早期症状隐匿多数患者确诊时已是中晚期 生存率约 早期诊断是提高诊疗效果的关键而寻找有效的
4、肿瘤标记物对食管癌早期诊断、提前预警意义重大 本研究采用生物信息学方法鉴定并验证与 发生、发展可能相关的核心基因为 的早期诊断及预后判断提供潜在靶点现报道如下 材料与方法.基因芯片数据获取登录 数据库下载数据集 和 数据集包括 例 样本和 例正常 食 管 组 织 样 本 平 台 号 为 数据集选取 例 样本和 例正常食管组织样本平台号为.组织切片及试剂本研究回顾性收集 年 月至 年 月在我院行食管癌根治术且切除标本在病理科归档的 组织蜡块标本 例对照标本为对应癌旁组织标本 例(其中 例病人癌旁组织缺失)均为首次病理确诊后手术切除标本术前未做任何抗肿瘤治疗 免疫组化试剂盒及 显色试剂盒来自中杉金
5、 桥 重 组 抗 体 及 重 组 抗体来自 公司.筛选差异表达基因以 且 为筛选条件运行 软件 获 得 差 异 表 达 基 因()用 包绘制火山图用韦恩图在线分析工具获得共有.共有 的 富集分析和 信号通路分析利用 在线数据库(版)以“且”为条件进行 富集分析获得分子功能、细胞组成、生物学过程的富集结果绘制气泡图以“且”为条件进行 通路分析对分析结果绘制气泡图.构建蛋白质相互作用网络及筛选核心基因利用 在线数据库(.版本)对共有 进行蛋白质相互作用()网络分析通过 软件(版本.)中的 插件筛选出排名前 位的核心基因.基于 数据库的核心基因验证及生存分析利用 在线网站验证 个核心基因在食管癌(包
6、含但不限于)及正常食管组织中差异表达并初步探讨核心基因的预后价值.免疫组化检测选取、进行体外免疫组化实验验证其在 和癌旁组织中差异表达.临床病理特征分组与随访本研究对受检患者的临床资料信息做如下分组:性别:男性或女性年龄:岁或 岁 肿瘤分化程度:低分化或中高分化淋巴转移情况:有或无淋巴结转移 分期:期或期肿瘤浸润深度:或 肿瘤长径:或 等 其中 分期采用 年第 版/食管癌 分期标准统计各组内患者人数并统计 或 在各组患者人数中的阳性表达率卡方检验分析 和 表达水平与 患者临床病理特征的关系 通过追踪复查记录、电话回访等方式进行随访记录病情变化、消化道造影或胸部 等影像学检查结果术后复发时间及死
7、亡时间随访截至 年 月随访时间 个月中位随访时间 个月统计 和 高表达组和低表达组患者的术后、无病生存()率.统计学分析采用 软件进行统计分析 计数资料以例数表示 和 蛋白的表达水平与 患者临床病理特征之间的关系采用卡方检验进行组间比较 采用 检验分析 和 的表达水平与 患者生存状态的相关性并用 绘制生存曲线图以 表示差异有统计学意义 结果.差异表达基因分析通过 分析数据集 包含 个显著 其 中 个 上 调 个 下 调 数 据 集 包含 个显著其中 个上调 个下调(见图)两个数据集 中共有显著上调基因 个共有显著下调基因 个获得共有显著 个MPH 1 7 B MV F MPH 1 7 B MV
8、 F#MPH$MPH$:横坐标表示差异倍数纵坐标表示差异显著性蓝色点代表显著下调基因红色点代表显著上调基因灰色点代表差异不显著基因图 差异表达基因火山图.富集分析和 信号通路分析 富集分析结果显示在分子功能上富集最显著的是钙离子结合在细胞构成上富集最显著的是细胞质在生物学过程上富集最显著的胞外基质分配 信号通路分析结果中以蛋白质消化和吸收通路更为明显(见图).0$MPHQWBMVFMPHQWBMVFDPVOUDPVOU#1#1#:富集分析结果其中 表示分子功能 表示细胞组成 表示生物学过程:信号通路分析结果 横坐标代表富集倍数纵坐标代表富集条目或通路气泡大小代表富集基因数目的多少气泡越大表示富
9、集到该条目的基因数目越多气泡颜色的深浅代表差异的显著水平颜色越深代表差异性越显著图 共有 的 富集分析及 信号通路分析.蛋白互作网络及核心基因分析共有 的 网络有 个节点 条边平均节点连接度 各节点具有明显交互作用()在 中按照(连接度)排序后获得排名前 位的核心基因即、.核心基因的验证及生存分析 数据库中包含食管癌标本 例正常食管标本 例 相对于正常食管组织 个核心基因在食管癌组织中均高表达()(见图)生存分析显示、与食管癌患者预后不良相关()(见图).免疫组织化学检测结果将 例 组织标本和 例食管癌旁组织标本进行免疫组织化学染色从染色结果可以看出 及 蛋白主要定位于细胞质中在 组织及癌旁组
10、织中均有表达 与癌旁组织相比 组织中 和 蛋白表达水平明显升高 见图 食管疾病 年 月 第 卷 第 期PPPPPPPP#$%&()$0-.1 1 4 4 5/5.1-0 9$0-$0-4 1 1 n 5n/n 5n/n 5n/n 5n/n 5n/n 5n/n 5n/n 5n/:(均 )横坐标表示组织类型其中砖红色代表食管癌组织灰色代表正常食管组织纵坐标表示相对表达量图 核心基因在食管癌组织和正常食管组织中差异表达的验证P$0-O$0-OP.1n.1n#P1045/n1045/n$P5*.1n5*.1n%P-09n-09n&P$0-n$0-nP$0-n$0-n(P411n411n):():():
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