河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析.pdf
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1、:./.【基金项目】河南省省部共建重大专项()河南省科技厅和财政厅联合项目()河南省中青年卫生健康科技创新领军人才培养项目()河南省科技厅河南省疫情防控应急科研攻关项目()河南省中青年卫生健康科技创新人才培养项目()河南省疾病预防控制中心科研基金项目()【作者简介】马红霞通信作者女 年 月生博士主任技师研究方向:传染病防控河南省 年境外输入 全基因组测序分析毋碧聪宋 云卢世栋胡 晓朱 琳范 威李 懿张白帆李东晓卫海燕李金月潘静静许玉玲叶 莹黄学勇郭万申马红霞河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室 郑州 关键词 新型冠状病毒基因组序列分析河南省中图分类号.摘要 目的
2、:分析河南省 年境外输入新型冠状病毒 的全基因组特征和变异情况 方法:收集河南省 年 份境外输入 阳性标本采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序应用 软件进行变异分析应用进化分析在线平台采用邻近法构建系统发育进化树 结果:共获得 株病毒其中非关切变异株()、和 变异株占比分别为.、.、.、.和.未发现 变异株输入 非、和 病毒株累计核苷酸突变数和氨基酸突变数分别为、个和、个 株均存在、核苷酸突变和、氨基酸突变 系统发育树显示 株具有基因型多样性各 型病毒株序列形成不同的进化分支 病毒株可形成多种类型的亚分支且入境来源具有明显的地域性 结论:年河南省境外输入的 以 病毒株为
3、主基因组突变呈现随机性和多样性 :.:.:().:().新型冠状病毒 引起的新冠肺炎是以肺部病变为主的急性呼吸道传染病病毒不断变异进化传染性、致病性等特点也均发生变化 河南省自 年 月 日报告首例境外输入病例开始防范境外输入病例导致的本地扩散流行成为疫情防控的重点 年国内多地相继出现境外输入病例及阳性物品引发的本土聚集性疫情 本研究对河南省 年 份境外输入阳性标本进行了全基因组测序分析其病毒株基因组变异和遗传进化特征报道如下 对象与方法.标本来源收集 年 月至 月符合测序条件的 例河南省境外输入新冠肺炎确诊病例的鼻/咽拭子标本以及 份境外输入 阳性物品标本共获得 株病毒送至河南省疾病预防控制中
4、心进行基因测序 本研究符合 年修订的赫尔辛基宣言的要求.病毒全基因组测序及序列分析按照病毒/核酸提取试剂盒(西安天隆科技有限公司)说明书操作提取病毒总 并置于 冰箱保存备用 采用 超灵敏度 全基因组捕获试剂盒(型北京微未来公司)进行全基因组特异性扩增采用 纯化试剂盒(德国 公司)纯化 产物 应用 试剂盒(美国 公司)说明书操作构建 测序文库使用 测序平台的 测序仪进行双端测序 应用 软件对测序原始下机数据进行序列拼接并对核苷酸和氨基酸突变进行分析利用 在线分型平台(:/.?.)和 在线分析平台(:/./)进行基因组分型.生物信息学分析以 平台上的 作为参考序列应用 在线比齐工具(:/./.)基
5、于邻近法对 株病毒的全基因组序列数据构建系统进化树 值设置为 结果.病毒株的基本信息 株病毒输入来源于 个国家 根据 分型 条序列分属于个进化分支 非关切变异株()共 株(.)变 异 株 株(.)变异株 株(.)变异株 株(.)变异株 株(.)未发现 变异株 株 变异株分属 个亚分支其中.最多(株)根据 分型法 株分为、和 等 种基因型 具体见表 表 株境外输入 基本信息 分型株数()分型是否 来源国.(.)否菲律宾.(.)否俄罗斯.(.)否俄罗斯.(.)菲律宾、德国、柬埔寨、缅甸.(.)菲律宾.(.)、菲律宾、缅甸、巴基斯坦.(.)菲律宾、缅甸.(.)新加坡.(.)新加坡.(.)缅甸.(.)
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